Il est vraisemblable que l'occupation de cet escarpement rocheux surplombant la rive gauche du Lot, face à un cirque de falaises, a tenté les hommes dès l'époque gallo-romaine.

La terre de Saint-Cirq appartenait vraisemblablement aux Gourdon et à la famille éponyme des Lapopie, peut-être branche cadette des Gourdon ou simples châtelains. Les Catdaillac (de la branche de Bioule) deviennent coseigneurs à la faveur de la croisade albigeoise (confiscation et rachat des biens des Castelnau-Saint-Cirq) et par alliance matrimoniale avec les Gourdon. En 1229, Bertrand de Cardaillac rendit hommage à Raymond VII, comte de Toulouse pour cette terre. Un de ses descendants, nommé lui aussi Bertrand, reçut en 1395 le château et la terre de Saint-Cirq. Il fut la source des barons de Cardaillac-Saint-Cirq[1]

Pendant la guerre de Cent Ans, Hugues IV de Cardaillac se rangea dans le camp français. Il fut un grand technicien de l'artillerie[2].

Par mariage avec Marguerite de LaPopie, les Hébrard de Saint-Sulpice accèdent à la coseigneurie de Saint-Cirq au début du XVe siècle, non sans problèmes avec les Cardaillac.

La division entre seigneuries resta conflictuelle à l'époque des guerres de religion : un Cardaillac devint le chef des protestants du Languedoc, tandis qu'un Saint-Sulpice restait catholique.

Amis cependant, ils s'entendirent pour interdire toute violence dans leur cité commune, mais en 1580, rompant la trêve, les huguenots s'emparèrent du château d'en haut, qu'Henri de Navarre fit démolir[réf. nécessaire].

La coseigneurie permit dès le milieu du XIIIe siècle une large autonomie villageoise avec l'existence d'un consulat et l'obtention de coutumes. Les consuls jouissaient de nombreux privilèges dont le contrôle du port sur le Lot et l'exercice de la justice sous l'autorité nominale des coseigneurs.

Vers 1920 le peintre post-impressionniste Henri Martin qui s'était installé dans le Lot "découvrit" le village et le représenta dans deux de ses tableaux, le faisant ainsi connaître des artistes et amateurs d'art. Le village commença alors à attirer les touristes. Après sa rupture avec le Parti Communiste Français, le militant marxiste Charles Rappoport se retira à Saint-Cirq-Lapopie où il fut d'abord inhumé après sa mort en 1941 avant que sa dépouille soit envoyée au cimetière du Montparnasse. Dans les années 1950, le poète et écrivain André Breton établit pendant quelque temps sa résidence estivale dans l'ancienne demeure d'Henri Martin, L'auberge des Mariniers, décrivant son « coup de foudre » pour « Saint-Cirq embrasée aux feux de Bengale (...) apparue comme une rose impossible dans la nuit »[3].