Le territoire communal a été occupé à la Préhistoire, comme l'atteste la grotte de Maldidier[1]., puis à l'époque gallo-romaine[2].

Au Moyen Âge, La Roque Gageac était une ville close avec fortifications[2] et a compté jusqu'à 1 500 habitants[1]. À l'époque, la Dordogne faisait vivre pêcheurs et gabariers du port, où se négociaient le bois, le fer, le sel et le vin[1]. De cette période demeure l'église recouverte de lauzes. Non loin se dresse, flanqué d'une tour ronde, le manoir de la famille Tarde, amie de Galilée. Pendant la guerre de Cent Ans, La Roque Gageac accueillit les évêques de Sarlat. Leur résidence, à l'extrémité du village, a été conservée. Dominant les maisons, les vestiges du fort de la Roque défient encore le temps.

Au XVIIIe siècle, le port recevai annuellement deux cents gabarres[1].

Le 17 janvier 1957, un pan de la falaise s'éboule sur une partie du village, tuant trois personnes en détruisant six maisons et une grange, coupant la route et terminant sa course dans la Dordogne[3]. En 2007, une stèle et une plaque ont été implantées au pied de la falaise à la mémoire des victimes de 1957[3].

Le 9 janvier 2010, un pan du plafond du fort troglodytique s'effondre entraînant la chute d'une partie du mur de courtine du fort, accroché à la paroi de la falaise depuis le XIIe siècle, sur le côté du bâtiment d'accueil du site. Le 3 juin 2010, au début de la saison touristique, à la suite de la menace d'un rocher de 320 tonnes de s'effondrer sur le village et aux conclusions d'experts d'un danger imminent, la route départementale 703, traversant le village et surplombée par la falaise, est fermée pendant cinq semaines, avec évacuation des personnes les plus menacées. Des travaux de protection, notamment avec la pose de filets, sont effectués pour protéger les vies. À la suite de ces travaux, la RD 703 est rouverte le 10 juillet 2010 et les personnes évacuées ont pu regagner leur domicile.

À la suite de l'effondrement du plafond du fort troglodytique, le site n'a plus été visitable pendant les dix années de travaux qui ont été nécessaires pour le remettre en état. Il a pu rouvrir ses portes en 2020[4],[5].

À compter de novembre 2013, la route départementale 703 est fermée dans sa traversée du bourg de La Roque-Gageac pour une période de cinq mois, nécessaire à la création de voies piétonnes sécurisées de chaque côté de la route[6].