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L'ancienneté du village est attestée par de nombreuses traces de l'occupation des Magdaléniens qui ont été retrouvées à Limeuil. Ils ont laissé de nombreux objets : des poinçons, des aiguilles, des hameçons, des harpons, des bâtons décorés de figures de rennes et de poissons. Un lot de gravures a été découvert, présentant des rennes, des chevaux, des cervidés, quelques bouquetins, des bœufs, des ours... L'une des gravures représente un « renne broutant » (au musée de Saint-Germain-en-Laye, mais une copie est visible au musée national de Préhistoire des Eyzies).

Le village possède sa célébrité : Isabeau de Limeuil, liée aux histoires galantes de la cour des rois Valois de la Renaissance, au XVIe siècle. Elle faisait partie de « l'escadron volant » de la reine Catherine de Médicis (ses demoiselles d'honneur, parfois libertines).

Limeuil était un important centre de la batellerie aux XVIIIe et XIXe siècles. Le village fut une cité florissante au XVIIIe et à la fin du XIXe siècle. Limeuil comptait alors près de 80 artisans. Le confluent invitait en ces temps là prospérité et richesse. Les restaurants l'Ancre de Salut et le Chai sont le témoignage de cette période. L'Ancre de Salut (de et pas du salut), s'appelle ainsi car à cause du courant, les argentas, difficilement manœuvrables, ne pouvaient aborder directement au Port. Les bateliers avaient juste le temps de "saluer" avant de s'amarrer plus bas à la cale. L'ancre de salut était aussi le bureau de déclaration et le syndic des bateliers, tandis que le Chai servait de lieu de stockage des marchandises.

Les rivières étaient navigables au printemps et à l'automne (en périodes de crues et de fonte des neiges). Les bateliers disaient alors que la rivière était marchande ou de voyage.