En 1907, il existait encore un petit mur en pierres sèches et les restes d'un foyer sur le sol du talus détritique du gouffre. Armand Viré pensait que ces vestiges avaient été laissés par des vaincus de la guerre de Cent Ans. Des cendres, des charbons, des débris de cuisine et des armes y ont été trouvés et furent par la suite exposés au public dans une vitrine à l'entrée du gouffre. Il fut habité à la fin du XIVe siècle ainsi qu'en fin du XVIe siècle.

En 1595, d'après François de Chalvet de Rochemonteix, les hommes profitent des conditions climatiques du lieu pour en extraire « un fort bon salpêtre »[1].

En 1867, la justice fit remonter le corps d'une jeune fille assassinée[2].

Édouard-Alfred Martel rapporte que vers 1865 - 1870, M. le comte Murat et M. de Salvagnac descendirent dans le puits d'entrée dans un grand panier retenu par des cordes. Le fils de M. de Salvagnac confia à Martel que son père y était descendu par curiosité ou à la suite d'un pari. Mais ils ne remarquèrent pas le petit orifice qui conduit à la grande galerie où s'écoule la rivière souterraine[1].

En 1889, le spéléologue Édouard-Alfred Martel fut le découvreur de la rivière souterraine du gouffre de Padirac.