Die Umstände der Gründung sind unbekannt. Nach einer Legende flohen im 6. Jahrhundert Mönche angesichts der germanischen Bedrohung aus Rom an die katalanische Küste. Sie hatten dabei Reliquien des Hl. Petrus mitgenommen, um sie auf diese Weise in Sicherheit zu bringen. Papst Bonifatius IV. (608–615) habe ihnen den Auftrag gegeben, an Ort und Stelle ein Kloster zu errichten.

In der Tat wurden bei Grabungen Fundamente eines Gebäudes aus dem 6. Jahrhundert gefunden, dessen Funktion nicht bekannt ist. Die erste urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahre 878, als zwei Abteien Ansprüche auf die hiesige „cella“ geltend machten. Erst für 945 ist eine eigenständige Benediktiner-Abtei unter der Leitung eines Abtes nachgewiesen. Der erste Abt war Hildesind, Sohn des Adligen Tassi, der mit seiner Gemahlin Hildegund umfangreiche Schenkungen an das Kloster getätigt hatte.[1]

Die Blütezeit des Klosters lag im 11. und 12. Jahrhundert. In dieser Zeit wurde auch die heutige Kirche erbaut. Das einzig bekannte Weihedatum stammt aus dem Jahr 1022, bezieht sich wohl aber nur auf den Chorraum. Durch die zahlreichen Pilger und durch Überschreibungen von Ländereien wuchs das Ansehen und der Reichtum der Abtei. Bedeutende Künstler – wie der Meister von Cabestany – wurden mit Verschönerungsarbeiten beauftragt. Dennoch zeigt die geringe Größe des Refektoriums, dass vermutlich nie mehr als 20 Mönche in der Abtei gelebt haben.

Der Niedergang begann bereits im 14. Jahrhundert. Zu Problemen innerhalb des Ordens traten Angriffe von außen. Aufgrund der exponierten Lage hoch über dem Meer war die Abtei immer wieder Überfällen und Plünderungen ausgesetzt. 1409 besuchte der Gegenpapst Benedikt XIII. das Kloster. 1520 wurde im Keller des Abtpalastes 658 Goldmünzen versteckt, die erst 1989 wiederentdeckt wurden.[2]

1798 gaben die Benediktiner das Kloster endgültig auf und siedelten nach Vila Sacra bei Figueres um. 1818 erfolgte der Umzug in ein neues Kloster in Figueres. 1835 kam das endgültige Ende der Mönchsgemeinschaft. Die Güter des Klosters wurden enteignet und versteigert. Das Kloster verfiel, ebenso wie die unweit des Klosters gelegene Kirche Santa Helena de Rodes.

1930 wurde es zum historischen Nationaldenkmal erklärt und die ersten Restaurierungsarbeiten begannen. Das Gelände mit dem Kloster ging in den Besitz der katalanischen Regierung über. 1999 wurden die 1989 begonnenen Restaurierungsarbeiten abgeschlossen.