In der Folge des Dreißigjährigen Krieges wurden im Pyrenäenfrieden von 1660 die katalanischen Grafschaften nördlich und teils in den Pyrenäen dem König von Frankreich zugesprochen.

Als Ersatz für die weiter nördlich gelegenen und nun zu Frankreich gehörenden ehemaligen spanischen Befestigungen wurde erst fast 100 Jahre später durch den spanischen Bourbonen-König Ferdinand VI. im Jahr 1753, mitten in der Aufklärungszeit, mit dem Bau der Festung Castell de Sant Ferran, unter anderem von den Militärarchitekten Pedro Martín Cermeño und Juan Martín Cermeño, begonnen. Sie sollte nun zum Schutz gegen die Franzosen dienen. Es waren ca. 4.000 Arbeiter auf der Baustelle beschäftigt. Nach 13-jähriger Bauzeit war die Festung nahezu fertiggestellt und wurde nach König Ferdinand dem Heiligen benannt. Nach dem Tod des Königs verlief der weitere Ausbau schleppend und die Gebäude im inneren der Festung wurden überwiegend erst Ende des 18. Jahrhunderts fertiggestellt. Einige, wie die Kirche, wurden nie beendet. Erst im Jahr 1792 bezog erstmals eine Garnison die Festung.

Im Pyrenäenkrieg von 1793 bis 1795 war die Festung ein Stützpunkt der militärischen Operationen und diente als geschütztes, logistisches Versorgungslager.

Zu Beginn des Napoleonischen Krieges im Jahr 1808 wurde die Festung von einer Streitmacht von 25.000 französischen Soldaten belagert und musste sich ergeben. Der als Held der Region geltende vormalige Verteidiger Gironas, General Álvarez de Castro, starb innerhalb der Festung in Napoleonischer Gefangenschaft. Im Jahr 1811 gelang einer katalanischen Miliz, den sog. Miqueles, in einem Handstreich die Eroberung der Festung, welche danach für 4 Monate gegen französische Kräfte gehalten werden konnte. Am Ende des Krieges wurde die Festung von spanischen Truppen zurückerobert.

Es folgten viele ruhige Jahre, in denen die Festung als rein militärischer Stützpunkt diente.

Zu Beginn des Spanischen Bürgerkriegs von 1936 bis 1939 errichteten die Internationalen Brigaden in der Festung ein logistisches Munitionslager und Depot für Kunstwerke. Auch zahlreiche Kunstwerke aus dem Prado in Madrid wurden während des Bürgerkrieges innerhalb der Festungsmauern untergebracht, um sie vor der möglichen Zerstörung zu bewahren.

Am Ende des Bürgerkrieges wurde die Festung für einige Wochen der letzte Sitz der Regierung der spanischen Republik und im Februar 1939 fand die letzte Sitzung des bereits arg dezimierten republikanischen Parlaments statt, dessen Mitglieder sich bereits auf der Flucht vor Francos Truppen befanden.

Als die Franquisten in Richtung auf Figueres vorrückten, wurden die beiden großen Munitionsdepots der Festung von den sich zurückziehenden Republikanern gesprengt, um ihnen die Munition nicht zu überlassen; dabei wurden das eigentliche, in der südöstlichen Kurtinenmauer gelegene, Haupttor der Festung sowie das Hospital und auch die nordöstlichen Hälfte der unterirdischen Stallungen vollständig zerstört, wodurch der innere Ring gebrochen und die Festung als militärisches Bollwerk unbrauchbar wurde. Da man massive Auswirkungen auf die Stadt Figueres erwartet hatte, war diese geräumt worden und tatsächlich flogen die Mauersteine und Felsstücke weit bis in das Stadtgebiet und verursachten Schäden.

Nach Ende des Bürgerkrieges wurde die Festungsanlage durch das Franco-Regime übernommen und als militärische Ausbildungseinrichtung, Stützpunkt für die Grenzschutztruppen sowie Munitionsdepot genutzt. Dabei wurde nach der Besetzung durch die Franquisten die Kurtinenmauern ausgebessert, doch die zerstörten Stallungen, das Hospital und das Haupttor wurden nicht wieder aufgebaut. Einige Steine des Tores liegen noch heute im Graben davor.

Seit 1966 wird das Castell de Sant Ferran nicht mehr primär militärisch genutzt und diente zwischenzeitlich unter anderem als Gefängnis. Die Verantwortlichen des Militärputsches vom 23. Februar 1981 wurden hier inhaftiert.

1991 wurde das Gefängnis geschlossen und die Festung nicht weiter genutzt. Die Anlage begann in der Folgezeit zu verfallen.