Le monastère dans son environnement.

On ignore l'origine du monastère, ce qui donna lieu dans le passé aux spéculations et aux légendes comme celle de sa fondation par des moines qui y seraient venus avec les restes de saint Pierre et d'autres saints qu'ils voulaient protéger de la profanation par les hordes barbares qui arrivaient sur Rome. Le danger des envahisseurs passé, le pape Boniface IV aurait alors ordonné de construire le temple[réf. souhaitée].

La première documentation officielle de l'existence du bâtiment date cependant de l'année 878. Il est mentionné une cellule monastique simple consacrée à saint Pierre. Il faut attendre l'année 945 pour que le lieu soit considéré comme un monastère bénédictin indépendant. Il atteint son apogée entre les XIe et XIIe siècles. De nombreux jubilés y sont célébrés jusqu'à sa décadence au XVIIe siècle. Son importance croissante en fit un lieu de pèlerinage de l'époque.

À partir du XVIIe siècle, il est pillé et en 1793, il est abandonné par la communauté bénédictine qui part d'abord à Vila-sacra puis à Figueras en 1809, jusqu'à sa dissolution.

En 1930, il est déclaré monument national et, en 1935, le gouvernement de la Catalogne commence les premières restaurations.