Venne costruita a partire dal 1721 su progetto di Gerolamo Frigimelica (cui si deve anche il progetto del Palazzo Pisani in campo Francesco Morosini o Santo Stefano a Venezia, attuale sede del Conservatorio) e Francesco Maria Preti per la nobile famiglia veneziana dei Pisani di Santo Stefano. Al suo interno sono visibili l'affresco del salone delle feste, che celebra l'Apoteosi della famiglia Pisani[1] di Giambattista Tiepolo. Nelle altre sale vi sono opere di Giambattista Crosato, Giuseppe Zais, Jacopo Guarana, Giovanni Carlo Bevilacqua, Francesco Simonini, Jacopo Amigoni e Andrea Urbani.

All'inizio si trattava di una semplice costruzione tardo cinquecentesca, ammodernata nel Seicento, e poi completamente ristrutturata dopo il 1720, anno in cui la famiglia iniziò a costruire la maestosa villa sul Brenta.

I Pisani[2], dopo aver acquisito i terreni adiacenti alla villa già esistente, nel 1720 effettuarono alcuni cambiamenti e, sulla base del progetto di Frigimelica, realizzano i primi padiglioni del giardino[3]. L'architetto morì nel 1732 e, dopo la sua scomparsa, Alvise Pisani (uno dei 6 fratelli della famiglia), volenteroso di concludere i lavori della villa di Stra e forse intenzionato anche a competere con le più grandi realizzazioni europee, incaricò per il progetto il nobile architetto Francesco Maria Preti, la cui fama lo precedeva[4].

Il progetto e la sua realizzazione vennero compiuti in tempi relativamente brevi tanto che nel 1756 i lavori vennero completati. La progettazione degli spazi e della facciata del palazzo evidenziano il nuovo rigore architettonico neopalladiano[5]. La famiglia tendeva ad una vita gioiosa della villeggiatura, come infatti lo dimostrano i lussuosi ricevimenti, le feste e gli eventi che le cronache dell'epoca riportavano[6]. I Pisani, inoltre, davano importanza all'efficacia e alla produttività nella conduzione del giardino oltre che la cultura e le arti nella vita in villa. Infatti, Marina Sagredo, moglie di Andrea Pisani e madre di Almorò e Alvise, fonderà una Accademia di Pittura Pisani, che incentivava una costante attività di pittori e artisti famosi in ambito veneto che con opere, che realizzavano, arricchivano gli ambienti della villa[7].

Però il Settecento, a causa della Rivoluzione francese, si chiuse con una perdita di importanza economica e politica di Venezia, che determinò l'impoverimento delle casse dei Pisani: esse ricevettero un temporaneo sollievo dal ricavato della vendita della villa di Stra, che verrà comperata[8], nel luglio del 1807, da Napoleone I Bonaparte.

 

 

 

La villa venne presto incamerata tra i beni della Corona francese e ceduta a Eugenio Beauharnais e alla sua consorte che ne disposero un repentino rinnovamento[9]. Così verrà sistemata per rispondere alle nuove esigenze e ideali degli attuali proprietari che vedevano superate le decorazioni della residenza e del suo giardino settecentesco. Dal punto di vista distributivo del palazzo le trasformazioni non saranno eccezionali, ma tutta la serie di decori delle sue stanze verranno completamente adattati al nuovo gusto imperiale[10]. Ancora più estremo sarà l'intervento sul parco, nel quale l'immagine e il carattere del giardino verranno fortemente modificati[11]. In soli 7 anni lo slancio e l'entusiasmo dei napoleonici trasformerà l'aspetto scenografico della villeggiatura dogale, non privandola però di autorevolezza.

Nel 1814 la villa diventò proprietà degli Asburgo e assegnata al Governatorato Generale Civile e Militare del Lombardo veneto che la utilizzò come sede di rappresentanza; ribattezzata "Villa Reale" come luogo di villeggiatura, accolse diversi monarchi e membri di famiglie reali: tra gli ospiti vi furono Carlo IV di Spagna, Maria Luigia d'Austria, Maria Anna Carolina di Savoia, lo zar Alessandro I e Ferdinando II di Borbone, re di Napoli.[senza fonte]

Nel 1866, durante la terza guerra d'indipendenza, la Villa ospita lo stato maggiore dell'esercito italiano; in quell'occasione probabilmente vi si tenne anche un incontro di Vittorio Emanuele II con la moglie morganatica Rosa Vercellana, di cui resta memoria nelle attuali "Sale Savoia". Dopo l'annessione del Veneto al regno d'Italia, nel 1868 villa Pisani divenne proprietà dello Stato, perdendo la funzione di rappresentanza[12] e diventando, nel 1884, museo.

Tra il 1874 e il 1882, la villa fu messa più volte, inutilmente, all'asta. La perdita d'interesse per la villa da parte del nuovo governo determinerà in poco tempo la diminuzione dei fondi per la manutenzione che metteranno a rischio l'integrità dei padiglioni del giardino oltre che i raccolti botanici e di agrumi[13]. Fu inevitabile, nel 1882, l'affidamento della sua gestione all'Ufficio Regionale per i Monumenti del Veneto che segna il passaggio al nuovo secolo della dismessa residenza dogale.

Nei primi del Novecento la villa riceve la visita del poeta Gabriele D'Annunzio e della Duse. L'atmosfera di decadenza degli ambienti abbandonati e del parco inselvatichito è puntualmente descritta da Gabriele d'Annunzio nel romanzo Il Fuoco.

Nel 1909 una parte del piano terra della villa verrà concesso all'Istituto per le ricerche idrotecniche della vicina Università di Padova, responsabile, insieme al Magistrato delle acque, della creazione della vasca nel parterre centrale, ideata per realizzare esperimenti idraulici. Negli anni 20 la villa senza avere ormai un uso specifico ospiterà gli studenti di Accademia per “soggiorni temporanei” e dopo una scuola di pomologia e floricoltura. Nel 1938 la villa diviene Azienda Autonoma continuamente in rosso nonostante gli introiti delle vendite dei prodotti del giardino, che all'indomani della seconda guerra mondiale subirà altri forti cambiamenti colturali.

Fra il 1885 e il 1954 il panorama dell'area su cui si affacciava la villa era caratterizzato dalla presenza del binario e dei convogli della tranvia Padova-Malcontenta-Fusina.

Nel 1934 la villa viene parzialmente restaurata, per ospitare il primo incontro ufficiale tra Mussolini e Hitler[14].

Nel 1947 la villa venne data in gestione alla locale Soprintendenza ai monumenti[15], che tuttora è responsabile dei restauri e della conduzione del complesso museale. Nel secondo dopo guerra il declino sembrava ormai incontenibile e dagli anni 50 agli anni 60 il complesso viveva un lungo periodo di abbandono e disinteresse fino alla chiusura di quasi tutte le sale e alla cancellazione di molti ambienti del giardino. Dalla metà degli anni 80 si ebbero numerosi restauri che hanno ridato dignità ed evidenza a molti ambiti del parco e ad alcuni della villa[16].