Secondo le cronache antiche, l'edificio originale sarebbe stato eretto nel tardo VIII secolo dalle famiglie degli Artigeri e degli Scoparii ed era inizialmente intitolato a San Vittore. Il Sansovino riporta l'anno 796, senza tuttavia basarsi su una fonte sicura. Sin dall'inizio sembra essere divenuta parrocchiale, ma notizie esplicite sui pievani si hanno solo dal XII secolo

Nel 947 la chiesa fu riedificata da Moisè Valier e per sua volontà fu consacrata al personaggio biblico di cui portava il nome. La chiesa fu ancora ricostruita nel 1105, dopo il noto incendio che aveva devastato Venezia, e infine nel 1632.

Nel 1810, a causa degli editti napoleonici, la parrocchia fu soppressa e venne inglobata a San Marco. La parrocchia di San Moisè fu ricostituita nel 1967 quando la basilica venne riservata al capitolo patriarcale[1]. Il suo attuale territorio comprende le chiese officiate di Santa Maria del Giglio (rettoriale), San Fantin (vicariale) e Santa Croce degli Armeni, dove si svolge il rito armeno-cattolico.