Al lloc de la Pedra es va trobar un important jaciment del Neolític, tal com sembla que indica el topònim, amb importants mostres[1] del neolític.

El lloc d'Eus pertanyia la primera meitat del segle ix a Berà I de Barcelona i de Rasès, però ja al segle següent va esdevenir possessió dels comtes de Cerdanya, els quals hi construïren el castell, important per la seva situació estratègica a la mateixa frontera prop dels límits del comtat pel nord, i ran de la Tet. El castell s'esmenta per primer cop el 1094 en el testament de Guillem Ramon de Cerdanya, que, entre d'altres, llega el seu castrum de Ylice al seu fill Guillem Jordà. A començaments del segle xii el castrum de Elz fou infeudat a Berenguer Arnau d'Illa, del qual s'ha conservat el jurament i l'homenatge. Durant un segle els seus descendents dominaren el lloc d'Eus, fins que Jaume I l'infeudà una altra vegada, ara a Guillem de So, a qui també atribuí els llocs d'Estavar, Èvol, Puigbalador i Saorra. Al cap de 50 anys fou Sanç I qui feu una nova atribució feudal, en aquest cas a Pere de Fenollet, els descendents del qual, els vescomtes d'Illa, en mantingueren el feu fins al segle xv. Dins d'aquest període, i en el marc del conflicte entre el rei de Mallorca i Pere III, Eus sofrí un setge important l'any 1344, conclòs amb presa del castell i saqueig de la població, per les tropes del monarca mallorquí comandades per Joan de So, vescomte d'Èvol; el vescomte d'Illa s'havia decantat per la causa de Pere III. Un any abans el castell havia estat venut a Ramon I de Perellós, avi de l'escriptor i vescomte Ramon de Perellós. El 1364 Eus obtingué un sistema d'administració municipal avançat, per a aquella època: dos cònsols s'ocupaven d'aquesta administració.

Ja dins de l'edat moderna, Eus fou atacat l'any 1598 pels exèrcits francesos en el seu frustrat intent d'invasió del Rosselló; i encara 200 anys més tard, després de la definitiva ocupació francesa de la Catalunya del Nord, el general espanyol Antonio Ricardos atacà Eus el 1793, en el marc del conflicte bèl·lic entre França i el rei castellà anomenat Guerra Gran.