Va ser fundat[1] per l'arxipreste Protasi l'any 878. Va ser amb els abats Garí i Oliba quan va esdevenir un dels centres espirituals i culturals més importants de Catalunya en temps feudals. És el monument més interessant de l'arquitectura preromànica o del romànic inicial.

L'abadia de Cuixà deu el seu origen a l'abadia de Sant Andreu d'Eixalada, avui desapareguda, fundada cap al 840 i situada al capdamunt de la vall de la Tet, dins de l'actual terme comunal de Nyer.

A la tardor del 878, any de la incorporació del Rosselló i el Vallespir als territoris governats per Miró el Vell, una forta crescuda del riu Tet va destruir el monestir (situat prop de la llera del riu) i va obligar els monjos a refugiar-se als voltants. L'aiguat s'emportà l'església, alguns monjos i la documentació. La comunitat va ser transferida a Cuixà, en un petit cenobi dedicat a sant Germà i propietat del pare Protasi. En crear-se el nou monestir, Protasi en va ser nomenat abat el 879.

El 29 de juny del 879, Protasi i Miró el Vell van signar l'acta de la fundació del nou monestir, en què Cuixà ampliava el seu patrimoni amb l'aportat pel monestir d'Eixalada. El nou monestir, Sant Germà de Cuixà, incloïa un total de trenta-cinc monjos i Protasi com a primer abat. El seu successor fou Gondefred I, en temps del qual l'abadia era sota la protecció de Miró II, si bé el poc que se sap del seu govern el mostra com un home poc inclinat a ocupar-se de monestirs.

En el seu nou emplaçament, l'abadia va continuar beneficiant-se de la protecció dels comtes de Cerdanya i Conflent, territori que estava sota el domini de la família de Guifré el Pilós, comte de Barcelona, el 870. La consagració de la nova església tingué lloc el 953, pel bisbe d'Elna Riculf II i en presència de l'abat Gondefred II, la comtessa Ava, els seus fills Sunifred i Oliba i molts clergues i monjos.[2]

Pels volts del 940, per iniciativa del comte Sunifred, primogènit de Miró II, es va construir una nova església dedicada a Sant Miquel. S'aixecà al sector oest de la de Sant Germà i, a partir d'aquest moment, el monestir és conegut com a Sant Miquel i Sant Germà de Cuixà. Tres anys després, el comte Sunifred i l'abat Ponç iniciaven la reconstrucció de l'església de Sant Miquel, que fou acabada pels comtes Oliba Cabreta i Miró, germans de Sunifred.

Durant tot el segle x, les possessions de Cuixà van créixer considerablement, tant pel que fa a terres i dominis com a esglésies que en depenien. D'aquesta manera, si per una banda els dominis llunyans adquirits estenien la resplendor espiritual de l'abadia, les seves possessions del Conflent, la Cerdanya i el Rosselló li asseguraven la puixança territorial indispensable per a un progrés continuat. L'extensió i la varietat de terrenys li proporcionaven un veritable equilibri econòmic: pastures, boscos, conreus alimentaris, vinyes, molins, explotacions salines i segurament mines de ferro. A mitjan segle x disposava ja d'un extens patrimoni alodial, amb més d'una vintena d'esglésies parroquials, des del comtat de Tolosa al d'Osona, del qual ofereixen un inventari detallat les butlles d'Agapit II (950) i Joan XIII (968) i els preceptes dels reis francs Lluís d'Ultramar (952) i Lotari (958). Per mitjà d'aquests instruments, li eren confirmats tots els béns adquirits fins aleshores i obtenia ensems el doble privilegi d'exempció —el primer concedit a un monestir català— i d'immunitat.

El 956, es reconstrueix l'edifici per fer-lo més sumptuós; l'altar major és consagrat el 30 de setembre del 974 per Garí, monjo procedent de Cluny i que estava al capdavant de cinc abadies meridionals, i que fou un dels abats més importants del cenobi. El mateix any van adquirir els alous al Rasès, al comtat d'aquest nom. Havia estat un col·laborador destacat dels abats Aimard i Maiol a Sant Pere de Cluny i, probablement, degué introduir a Cuixà la reforma cluniacenca. Aquesta vinculació amb l'abat Garí, implicat en la gran política de l'època, va propiciar el retir, a Cuixà, del dux de Venècia, Pere Orsèol, que va abdicar el 978 i va morir a l'abadia en olor de santedat el 987. El cenobi també va acollir Romuald de Ravenna, futur fundador de l'orde camaldulenc i sant.

El 1008, Oliba, tercer fill del comte Oliba Cabreta, és triat abat de Ripoll i de Cuixà, i el 1017 serà nomenat bisbe de Vic i posteriorment fundà Montserrat. L'activitat constructora d'Oliba fou encara més important que la del seu predecessor. Afegí a la façana posterior del temple de Garí dos corredors i tres absidioles, de manera que formessin una mena de deambulatori entorn del presbiteri, i aixecà damunt l'altar major un cimbori, adornat amb les figures de l'anyell i dels evangelistes, sostingut per quatre columnes de marbre rosa i els corresponents capitells de marbre blanc. Edificà, a més, la cripta circular dita de la Nativitat o del Pessebre, amb un pilar central molt gros, on es venerava la imatge romànica de la Mare de Déu del Pessebre, i també la capella sobreposada de la Trinitat i els dos campanars llombards, a l'extrem dels braços del creuer de la basílica, de quaranta metres d'alçada, dels quals solament es conserva actualment el del costat sud. Oliba va viatjar a Roma i va proclamar la Treva de Déu a la diòcesi d'Elna el 1026. Va morir a Cuixà el 1046.

L'existència d'un escriptori, bressol de la historiografia catalana, dona, d'altra banda, testimoni de l'alt nivell cultural assolit pel monestir d'aquella època. Hi foren redactats uns annals continuats poc temps després del 985 a Ripoll (Cronicó Rivipul·lense I), l'opuscle sobre Cuixà del monjo Garcies (1040-1046), la vida de Pere Orsèol (cap a la fi del segle ix) i la versió primitiva dels Gesta comitum Barchinonensium (1162-1184). Possiblement, hi fou també composta la famosa Cançó de Santa Fe, en llengua romànica, vers el 1060.

El comte Guillem de Cerdanya va unir Cuixà a l'abadia de Sant Víctor de Marsella (1091), i no va recobrar la independència fins a la segona meitat del segle xii, quan es convertí en un monestir de tipus feudal, amb extensos dominis senyorials i àmplies atribucions civils i eclesiàstiques, atorgades als seus abats, esdevinguts comendataris des del 1473.

L'apogeu de riquesa i de potència del monestir tingué lloc a la primera meitat del segle xii, quan es van construir un imponent claustre de marbre rosat, amb una extensa decoració escultòrica, i el cor alt occidental o tribuna, també de marbre esculpit, per iniciativa de l'abat Gregori (1120 - 1146), que va ser nomenat arquebisbe de Tarragona el 1136. A la segona meitat del segle, començà un període de decadència espiritual i material només compensat, en part, durant el govern de l'abat Gausbert de Castellnou, que restablí el bon ordre a Cuixà i obtingué privilegis de Jaume I.

Els períodes següents de l'edat mitjana no són pròspers per a Cuixà i no es renoven els edificis de l'abadia. No obstant això, la riquesa de l'abadia és evident, amb un domini territorial realment important i una jurisdicció "quasi episcopal" sobre una quinzena de parròquies repartides entre les diòcesis d'Elna i d'Urgell.

Durant els segles xiv i xv, el monestir va ser regit per abats comendataris que no residien a Cuixà, i entrà en un llarg camí decadent, com altres centres religiosos del país. La reforma institucional i econòmica que va viure l'abadia el segle xvi va propiciar un canvi decisiu en l'aspecte arquitectònic. D'una comunitat monàstica es va passar a una mena de capítol, en què els diferents oficis claustrals (prior, infermer, sagristà major, cellerer, etc.) tenien residència i rendes pròpies. És probable que la necessitat d'adequar espais privats per a cadascun d'aquells dignataris alterés l'estructura medieval de l'abadia. A més, l'església es transformà afegint-hi capelles laterals, en detriment de les existents a la nau, que es construïren amb volta catalana de maó. L'habitatge del sagristà major s'edifica a la capella de la Trinitat que, el segle xv, segons alguns indicis arqueològics, estava en condicions ruïnoses, a punt d'esfondrar-se.

Després d'haver format part de la província benedictina de Narbona, en virtut de la butlla Summi Magistri dignatio de Benet XII (1336), Climent VIII l'agregà a la Congregació Claustral Tarraconense (1592), a la qual va pertànyer fins a la seva extinció, l'any 1793.

La vida monàstica, encara que en precari, continuà fins a la Revolució francesa. L'abadia desaparegué: els seus edificis foren venuts i s'hi instal·laren naus industrials i agrícoles. El campanar nord s'esfondrà l'hivern del 1829. Al llarg d'aquest segle, els edificis del voltant de l'església es van anar malmetent a poc a poc; el claustre fou venut, capitell a capitell, el mateix que la font, als antiquaris i als amants del col·leccionisme. El 1908, no en quedaven més que dotze columnes.

El 1913, un escultor estatunidenc, George Grey Barnard, que ja havia comprat algunes escultures de Cuixà a un antiquari parisenc, es desplaçà fins al Conflent i adquirí moltes de les obres que es trobaven disseminades pels encontorns. Aquestes adquisicions van donar origen a la reconstrucció del claustre al museu The Cloisters de Nova York. No obstant això, Barnard no va poder comprar les peces que adornaven l'edifici dels banys de Prada, ja que van comportar la mobilització del poble per tal de conservar-les: "les havien comprat ells i pertanyien a França". Aquests capitells van ser utilitzats per a la reconstrucció de la meitat del claustre el 1955.

El 1919, Ferran Trullès va comprar l'abadia i hi va reallotjar els cistercencs de Fontfreda, que havien abandonat l'estat francès a l'època de les lleis sobre les congregacions. Els cistercencs s'hi van instal·lar i van ser substituïts, el 1965 i a petició d'ells, per una reduïda comunitat benedictina procedent de Montserrat. A la dècada del 1920, l'abadia va ser objecte de diverses campanyes de restauració dutes a terme pels serveis dels Monuments Històrics. El 1938, les obres foren dirigides per l'arquitecte i arqueòleg Josep Puig i Cadafalch, obligat a fugir de Catalunya durant la Guerra Civil. Es descobrí en aquesta etapa la cripta del Pessebre. El 1952, sota les construccions de l'habitatge del sagristà major, es descobrí i reconstruí l'església de la Trinitat. El 1954, Pau Casals, en aquesta església que encara no tenia sostre, inaugurà el Festival de Música Clàssica de Prada. El monestir es va cobrir el 1957. El 1969, fou recuperada l'ara de marbre, romànica, de l'altar major, conservada en una casa de Vinçà.