Els primers esments, documentals d'Illa són de l'any 884 (ad Yla), en una confrontació del monestir de Sant Climent de Reglella, i del 898 (villa Insula), en un privilegi de Carles el Calb a favor d'alguns fidels servents seus. Al segle x fou el monestir de Sant Miquel de Cuixà qui rebé una trentena de donacions d'alous en el terme d'Illa.

Entre els segles XI i XIV es té constància de l'existència d'una família cognomenada Illa, però des del 1224 la senyoria d'Illa era en mans de Galceran II d'Urtx, parent dels vescomtes de Cerdanya i de Conflent. Galceran III, fill de l'anterior, deixà aquesta senyoria en mans de la seva filla Gueraula, casada amb Arnau de Cortsaví. El 1297 el castell i la vila, amb els seus termes, foren venuts a Pere de Saissac-Fenollet, cosí germà de Galceran III. Pere de Saissac-Fenollet fou instituït vescomte d'Illa el 1314 pel rei Sanç I de Mallorca. El seu fill, Pere II d'Illa, casà amb Esclarmonda de Canet, filla de Guillem I de Canet, també vescomte, amb la qual cosa uní al vescomtat d'Illa el de Canet. La història dels dos vescomtats quedà ja lligada fins a la Revolució Francesa.

Durant la Guerra dels Segadors, del 23 al 29 de setembre de 1640 fou assetjada per les tropes castellanes de Juan de Garay Otañez, que foren derrotades pels 600 soldats francesos de George Stuart, el senyor d'Aubigny-sur-Nère [1] amb l'ajut dels vilatans, mentre s'aixecava[2] el sometent.

Cal destacar que la població d'Illa i els seus voltants aturà un projecte del 1977 que pretenia explotar l'urani que, en quantitats febles, existeix en el massís de Montalbà amb grans excavacions a la terrassa de la Tet, i que anava a alterar profundament els sistemes de rec agraris del Riberal. L'ampli moviment que s'organitzà, amb arguments tant ecològics com econòmics, aturà el projecte.