durante las excavaciones arqueológicas en el espacio que ocupa el Patio de Banderas han aparecido fragmento de vasija de estilo campaniforme, momento tardío o final del Calcolítico, con fechas probables entre 2100 y 1900 a. C. ligado a yacimientos de Valencina de la Concepción, así como trozo de vasija decorada con un cordón externo en relieve que a su vez lleva impresiones de pequeños segmentos, tal vez realizados con las uñas, datado en el milenio VI-V a. C. Han aparecido en la zona restos de cerámica del bronce tardío igual a las encontradas en la zona de la iglesia de San Isidoro y Cuesta del Rosario, que indicaría que es zona urbana ocupada desde el siglo VIII a. C. no se sabe si son restos de población asentada en la zona o son elementos que contenía la tierra que procedería del entorno, usada para construcción; los restos nos muestran que es un poblamiento costero, posiblemente ganadero

A unos 6 metros de profundidad se han encontrado fosas de cocinas (fondo de cabaña) con restos de alimentos procesados con aceite (moluscos guisados con aceite de oliva) y cerámicas. estos restos corresponde sobre todo a la ocupación fenicia, al comienzo de la historia de la ciudad

Se han encontrado restos de un edificio romano del siglo II a. C. o siglo I a. C., un gran horreus, posiblemente para grano o con más seguridad para aceite, a unos 4 metros de profundidad.

También ha aparecido un criptopórtico, que puede pertenecer a un gran templo dedicado a la diosa Isis, diosa ligada al comercio, cuya imagen se encontró en el siglo XVII, actualmente desaparecida, así como lápidas de mármol con dedicatorias a dicha divinidad. En un relleno de época almohade de la primitiva puerta del Alcázar ha aparecido una estela romana del periodo imperial, ara romana dedicada a Minerva, diosa protectora del colegio de olearios, encontrada como parte del relleno almohade; este ara romana está dedicada a Minerva, diosa protectora del colegio de olearios de Hispalis: “A Minerva, Valeria, hija de Quinto Valerio Valens, hizo obras para el culto de parte de su extraordinario padre. Dio un donativo en honor del cuerpo de los olearios”. La dedicación a Minerva tiene paralelos en otras localidades como Italica, Carmo, Tomares… como diosa oficial del estado dentro de la tríada capitolina, con amplia devoción en el sur de la península; el personaje de Q. Valeri Valentis está documentado en Roma en el gobierno de Antonino Pio, parece ser un miembro destacado del cuerpo de olearios; la inscripción sería bien de un templo a Minerva o bien de alguna obra en el interior del colegio de olearios; este ara fue reutilizada como cimacio para una columna de una posible iglesia de época del siglo IV, vinculada a un monasterio fundado por Santa Florentina en el s.VI y dedicado a San Honorato, como lo demuestra la huella es una cruz retallada, además presenta un motivo decorativo de origen germánico formado por círculos con estrellas, como los que presenta la lápida del obispo Honorato, encontrado en el Alcázar, hoy en la Catedral; ambas piezas, encontradas en esta misma zona en épocas diferentes, nos hablaría de la posible ubicación en la zona de la basílica de San Vicente.[1]​

De en torno al siglo III d. C. es datado un estrato de arena y restos marinos hallados intercalados en las paredes y estructuras del edificio romano dedicado al puerto y su destrucción. los arqueólogos denominan este nivel “un evento de alta energía”, y puede ser una fuerte tormenta o un tsunami. Parece que la ciudad casi desapareció, al menos su puerto, lo que explicaría la decadencia de la ciudad durante ese siglo

la zona sería abandonada a partir del s.III d. C., en el s.IV-V d. C. pasa a tener un uso religioso cristiano, posiblemente la basílica de San Vicente, necrópolis, y también aparecen hornos de cerámica

una posible pileta poligonal descubierta en 1976 por Bendala y Negueruela fue identificada como un posible baptisterio paleocristiano, pero hoy sabemos que no lo es

Con posterioridad aparece identificado un edificio tardoantiguo, datado sobre los siglos IV-V d. C., que se ha estimado que pudiera ser un monasterio

el último estudio arqueológico ha demostrado la presencia de un arrabal del s.XI d. C., previo a la construcción del alcázar, con una duración muy breve, a penas unos decenios

el conjunto del alcázar es fruto de la unión de varios recintos palatinos de épocas diversas; el recinto más antiguo es de en torno a mediados o finales del siglo XI, correspondiente a la zona del actual Patio de Banderas, aparece así el conocido como Recinto I, bien con Almutamid o bien con los almorávides. El recinto es cuadrangular, ocupando el actual Patio de Banderas y casas aledañas, posiblemente se empieza con Almutamid, usando material procedente de la antigua muralla romana y otras construcciones de la zona e incluso de lejos; el acceso al Recinto I sería directo, entre dos grandes torreones

A finales del siglo XI o principios del siglo XI se produce una ampliación formando un rectángulo y una nueva puerta de acceso. La única puerta de acceso conocida a esta alcazaba se encontraba a la altura del número 16 del patio de Banderas y de la que se conserva la jamba norte de un arco.[2]​ Es un acceso en recodo, y otro directo, ambos a su vez comunicados, entendiéndose la puerta de herradura que se conserva en la actual calle Romero Murube como un acceso a la ciudad no del Alcázar. Se conforma así el conocido como Recinto II.

En el interior del actual Patio de Banderas, en las casas n.º 7-8 y n.º 1-2, apareció en una intervención arqueológica restos de un palacio de finales del s.XI, bien lo construye Almutamid al final de su reinado o bien los Almorávides en sus primeros momentos. Es el palacio más antiguo del recinto. Puede que sea el primitivo Alcázar de la Bendición (Al-Mubarak).[2]​

En 2009 se realizó la prueba del carbono 14 a la muralla del Alcázar. Esta prueba dio el año 1090 como el más aproximado a la fecha de construcción, estimando un margen de error +/- 40 años. Es decir, la muralla del Alcázar conservada sería de tiempos de la taifa de Sevilla o comienzos del periodo almorávide.[3]​

En el siglo XII el río se había desplazando hacia el oeste, de tal modo que el recinto palatino creció con los almohades sobre un antiguo arrabal y puerto, creándose una nueva mezquita mayor; el nuevo acceso será en la zona de la Giralda, y el antiguo quedaría sin uso progresivamente. En el siglo XII los almohades reformaron por completo todo este espacio. Crearon un sistema de murallas que unía el Alcázar con otras fortificaciones hasta el cauce del Guadalquivir. El Alcázar llegaba hasta la torre de Abd el Aziz, situada en la actual avenida de la Constitución. En el interior se construyeron una decena de edificios nuevos y de mayor tamaño.[2]​ Las murallas del Alcázar pasaron, además, a ser parte de unas nuevas y reformadas fortificaciones para la defensa de la ciudad. Estas obras defensivas culminaron a comienzos del siglo XIII con la construcción de la torre del Oro.[2]​

Tras la conquista de la ciudad en 1248, Fernando III no realizó ninguna actualización en el alcázar. La corte cristiana se estableció durante décadas en los antiguos espacios almohades.[2]​ Entre 1252 y 1260 Alfonso X aprovechó el espacio del edificio principal para construir el palacio Gótico.[4]​ Los demás edificios del Alcázar almohade fueron reformados para su posterior uso.[2]​ En el siglo XIV, tras el terremoto sucedido en 1356, que afectó gravemente a la ciudad, el rey Pedro I ordenó el derribo de tres edificios palatinos almohades para construir el palacio Mudéjar, que se adosó al palacio Gótico alfonsí.[2]​ La construcción comenzó el mismo año 1356[5]​ y, según las inscripciones del propio Alcázar, finalizó en 1364.[6]​

En 1366 comenzó la primera guerra civil castellana que enfrentó a Pedro I con su hermanastro Enrique II,[7]​ que terminó con la muerte de Pedro en 1369, por lo que no parece que hubiera podido vivir en él por mucho tiempo.[8]​

A lo largo de la historia, el Alcázar ha sido el escenario de diversos acontecimientos relacionados con la Corona española. Entre 1363 y 1365, como sede de la corte castellana, fue visitado por los diplomáticos de la corte de Granada Ibn Jaldún, filósofo, e Ibn al-Jatib, cronista y poeta, para firmar un tratado de paz con el rey don Pedro.[9]​ En 1367 el príncipe de Gales envió a los diplomáticos ingleses Neil Loring, Richard Punchardoun y Thomas Balastre a este Alcázar para encontrarse con don Pedro y cobrar unos pagos.[10]​

El 28 de julio de 1477 los Reyes Católicos llegaron a Sevilla, utilizando el recinto como aposento luego de diez años sin que un rey pisara la ciudad. La reina Isabel I de Castilla al observar el mal estado del edificio dispuso intervenciones y medidas para la recuperación material y funcional del sitio.[11]​

Un año después, el 30 de junio de 1478, nació en el palacio su segundo hijo, el príncipe Juan. Se conoce que este parto real fue asistido por una partera sevillana conocida como "la Herradera" y que contó con la presencia, como testigos designados por el rey Fernando, de Garci Téllez, Alonso Melgarejo, Fernando de Abrejo y Juan de Pineda, según marcaban las normas castellanas, para disipar la menor duda de que el hijo era de la reina.[12]​ En 1526 se celebró en el Alcázar la boda de Carlos I con su prima Isabel de Portugal.[13]​

Entre 1729 y 1733 se estableció la Corte en el Alcázar de Sevilla. En él vivieron Felipe V, Isabel de Farnesio y el futuro Carlos III.[14]​

Durante la Guerra de la Independencia, se reunió aquí la junta sevillana[15]​ y, posteriormente, la Junta Suprema Central.[16]​

Entre el 13 y el 16 de septiembre de 1816 se alojaron aquí la reina consorte María Isabel de Braganza y su hermana María Francisca.[17]​

En 1823, con motivo de la intervención militar de los Cien Mil Hijos de San Luis el gobierno y las Cortes decidieron trasladar a la familia real, con Fernando VII a la cabeza, a Sevilla.[18]​ Llegaron el 10 de abril de 1823.[19]​ El 17 de abril de 1823 nació en el Alcázar el infante Enrique de Borbón y Borbón-Dos Sicilias, hijo del infante Francisco de Paula de Borbón y Luisa Carlota de Borbón-Dos Sicilias, y al que el rey le concedió, dos días después de su nacimiento, el título de duque de Sevilla.[20]​ Ante el avance de las tropas francesas, las Cortes, reunidas en la iglesia del antiguo Convento de San Hermenegildo, y el gobierno decidieron trasladar a la familia real a Cádiz.[21]​ Se fueron de Sevilla el 12 de junio.[22]​ Restaurado el absolutismo, Fernando VII y su familia emprendieron el camino de Cádiz a Madrid, deteniéndose en Sevilla entre el 8 y el 23 de octubre de 1823.[23]​

En el siglo XIX, Joaquín Domínguez Bécquer vivió durante años en una casa del patio de Banderas. Tenía su taller de pintura en el Apeadero. Trabajó como restaurador en el Alcázar y fue pintor de cámara honorario de la Casa Real.[24]​[25]​

En 1848 se instalaron aquí el duque de Montpensier y la infanta María Luisa,[26]​ trasladándose al Palacio de San Telmo al año siguiente.[27]​

Reinando Alfonso XII, su madre, Isabel II, con las infantas Paz, Eulalia y Pilar, se instalaron aquí el 16 de octubre de 1876. Las relaciones de Isabel II y el duque de Montpensier, que vivía en el cercano Palacio de San Telmo, eran tensas, sobre todo por el noviazgo entre Alfonso XII y María de las Mercedes, hija de este duque. Por esto, Isabel II abandonó el Alcázar de Sevilla con sus hijas el 8 de septiembre de 1877 para instalarse en el Monasterio de San Lorenzo de El Escorial.[28]​

Alfonso XII estuvo en Sevilla con Isabel II entre el 26 y el 31 de marzo de 1877[29]​ y luego, sin su madre, entre el 22 de diciembre de 1877 y el 8 de enero de 1878.[30]​ En ambas estancias se encontró con María de las Mercedes.[31]​ Alfonso XII visitaría Sevilla una vez más, entre el 29 de abril y el 1 de mayo de 1879. Fue una visita de luto con motivo del fallecimiento de su prima, Cristina de Orleans.[32]​

Alfonso XIII y su esposa Victoria Eugenia de Battenberg viajaron numerosas veces a Sevilla. Este rey era aficionado a los deportes e hizo construir en el patio de la Alcubilla una pista de tenis, que fue de las primeras de España, pero que actualmente no se conserva.[33]​

Por decreto de 22 de abril de 1931, el Gobierno de la II República española, a propuesta de su ministro de Hacienda, Indalecio Prieto, cedió el Alcázar y sus jardines al municipio de Sevilla.[34]​

El 2 de abril de 1976, durante la Transición Española, tuvo lugar aquí una reunión del Consejo de Ministros, presidida por Juan Carlos I.[35]​ El Consejo de Ministros volvió a reunirse en el Alcázar el 19 de marzo de 2010, esta vez sin la presencia del monarca.[36]​

El 18 de marzo de 1995 se celebró en este lugar un almuerzo y recepción con motivo de la boda de la infanta Elena de Borbón, hija del rey Juan Carlos I, con Jaime de Marichalar.[37]​

El 20 de octubre de 1988 la reina Isabel II de Inglaterra asistió a un espectáculo de flamenco en el Alcázar.[38]​ También ha sido visitado por otras personalidades que pasaron por la ciudad, como el príncipe de Gales en 2012,[39]​ Harrison Ford en 2016,[40]​ Barack Obama en 2019[41]​ o Hillary Clinton en 2024.[42]​