Las investigaciones arqueológicas señalan que en el sector del Inga, una hacienda ubicada cerca del monte Ilaló, alrededor del año 1030 a. C. vivieron pueblos nómadas que se dedicaban a la caza, la pesca y la recolección de alimentos.[1]​ Robert Bell, quien fue el primer científico que estudió esa zona, determinó que la roca obsidiana usada para la creación de herramientas databa del 7080 a. C., posteriormente se estableció su edad en más de 12 milenios de antigüedad, como se lo reconoce actualmente.[1]​ Debido a ello, por ahora, es considerado como el lugar con el asentamiento humano más antiguo del país.[1]​ Este primer emplazamiento pertenece al período paleolítico ecuatoriano, el cual se caracterizó por el amplio uso de los habitantes de aquel material ígneo del que se han encontrado cerca de 80 000 piezas.

En el año 900 a. C.,durante el período de desarrollo regional, la civilización de los cotocollaos (descubiertos por el Padre Porras en 1973[2]​) se estableció entre las montañas Casitagua y Pichincha.[3]​ Esa sociedad fue sedentaria, basó su desarrollo tanto en la agricultura por el cultivo del maíz, la quinua, el chocho, la calabaza; por la cacería, siendo muy importante la presencia del venado, el conejo, y los camélidos; así como también por el comercio, el cual llegó a lugares distantes para la época como la región costera del país. Debido a ello la cerámica de los cotocollao compartió semejanzas, tanto en su decoración como en estilo, con las culturas Chorrera y Machalilla.[4]​[5]​ Aproximadamente en el año 500 a. C. este pueblo desapareció a causa de las erupciones del volcán Pululahua.[5]​

El yacimiento arqueológico de Rumipamba (1500 a. C. hasta el 900 d. C.), una aldea y necrópolis ubicada en la parroquia homónima de la ciudad la cual fue abandonada en varias ocasiones debido a las erupciones de los volcanes Pululahua y Guagua Pichincha,[6]​ es uno de los pocos vestigios remanentes que pertenecen a la cultura Quitu. Durante este período ( Integración) se da uno de los capítulos más controversiales de la historia de la urbe, El Reino de Quito, mencionado por el Padre jesuita Juan de Velasco en su «Historia del Reyno de Quito» publicada en el siglo XVIII.[7]​

En ella se habla de un supuesto Reino (palabra que se utilizaba en aquella época para definir al país de Quito por los españoles)[8]​ conformado por las etnias Quitu y Caras, las cuales integraron un extenso territorio en la sierra central y norteña ecuatoriana. La historia fue negada aproximadamente un siglo atrás por el historiador González Suárez.[9]​ Pese a las controversias, se sabe que una importante confederación como los Quitu, se asentaron en las laderas del Pichincha y habitaron la zona antes de la llegada de los incas.

La conquista Inca de esta región fue iniciada en el siglo XV por Túpac Inca Yupanqui, hijo de Pachacútec el fundador del Imperio incaico. Su hijo, Huayna Cápac, fue el primer soberano nacido en el actual territorio ecuatoriano y el que estableció su residencia en tierras cañaris en Tomebamba, la actual ciudad de Cuenca. Conquistaría el territorio de los Quitus, y luego mediante cruentas guerras libradas en los territorios caranguis (actualmente Pichincha e Imbabura) lograría su victoria definitiva, la batalla definitiva se dio en la laguna de Yaguarcocha («lago de sangre», en quichua).[10]​[11]​ La importancia de la ciudad fue estratégica tanto en lo militar como en lo económico, así pues desde Quito el emperador Huayna Capac conquistó a los Caranquis. Algunos estudiosos apuntan a que Atahualpa nació en Cuzco o Caranqui (en este último solo un cronista) aproximadamente en el año 1500 d. C.

Cuando llegaron los españoles al Tahuantinsuyo, el imperio inca estaba sumergido en una guerra civil provocada por la pugna de poder entre Atahualpa y su hermano Huáscar.[12]​ El primero defendía su hegemonía desde Quito, el segundo desde Cuzco. Atahualpa y su ejército vencieron a Huáscar en las cercanías del río Apurimac. Le dio a elegir a Huáscar: vivir y quedarse con el imperio de Cuzco, o morir. Huáscar, indignado por la derrota, aceptó la muerte.[12]​ Pero en el año de 1533, luego de pacificar el imperio, Atahualpa aceptó una reunión con Francisco Pizarro, en la cual fue capturado y días después asesinado por orden del español.[13]​

La conquista de los Andes septentrionales fue motivada principalmente por el rumor de que en Quito se encontraba el tesoro de Atahualpa.[14]​ Se formaron dos expediciones, la de Pedro de Alvarado, desde Guatemala, y la de Sebastián de Belalcázar procedente del sur. Fue este último el que consiguió llegar primero y quien, el 6 de diciembre de 1534, fundó la ciudad de San Francisco de Quito en las faldas orientales del volcán Pichincha. La ciudad se encontraba sobre cenizas, ya que días antes había sido incendiada por el general inca Rumiñahui con el objeto de que los españoles no encontraran nada al llegar.[15]​ En agosto, la villa había sido fundada por Diego de Almagro cerca de la ciudad de Riobamba con el nombre de Santiago de Quito.[16]​

La urbe fue establecida con aproximadamente doscientos habitantes. Inmediatamente se señalaron los límites, se estableció el cabildo, se repartieron solares y se delimitaron áreas comunales.[17]​ La fundación de la ciudad en este sitio parece haber respondido más que nada a razones estratégicas. A pesar de su topografía accidentada, su ubicación en una meseta presentaba ventajas sobre los valles aledaños, más propicios para el desarrollo urbano. Este último factor fue también el que primó en la determinación del lugar por parte de los pueblos originarios.[18]​ En el ámbito arquitectónico, empezaron a construirse los primeros monumentos de la villa, destacándose el inicio de la construcción de la iglesia de San Francisco, en 1536.[19]​

El Rey Carlos I de España, por Real Cédula, del 14 de marzo de 1541, otorgó el escudo de armas y el título ciudad a San Francisco de Quito, Pichincha (Ecuador).

Aproximadamente, siete años después de la fundación de Quito en 1541, fue un punto de paso importante para abastecer con más recursos humanos y animales a la expedición de Francisco de Orellana comandada por Gonzalo Pizarro, teniente gobernador de Quito, quienes explorarían hacía el oriente, en busca de una tierra de la que algunas leyendas auguraban encontrar el "País de la canela", un lugar cubierto por bosques de la carísima especia e incluso la cuna de El Dorado. Finalmente, Orellana navegando por sus tributarios llegaría a descubrir el gran río Amazonas el 12 de febrero de 1542.[20]​ Debido a este suceso histórico, se creó la célebre frase: "Es Gloria de Quito el Descubrimiento del Río Amazonas". El 8 de enero de 1545, el papa Alejandro Farnesio (Paulo III) fundó la diócesis de San Francisco de Quito con la finalidad de mejorar el proceso de evangelización a los indígenas, que era difícil por la extensión del territorio.[21]​

Debido a los problemas de comunicación y transporte, así como también por la explosión demográfica, el cabildo de la ciudad solicitó al rey Felipe II la creación de la Audiencia y Presidencia de Quito. El 29 de agosto de 1563, él firmó la cédula real que dio nacimiento a esta.[22]​ La jurisdicción estableció sus límites geográficos, que abarcaban una superficie cinco veces mayor que la de la actual República del Ecuador.

El virrey Pedro Mesía de la Cerda otorgó el título de presidente interino de Quito con fecha de 17 de mayo de 1766 a Juan Antonio Zelaya y Vergara, que durante este período ejerció sus responsabilidades en calidad de duque de Quito como comandante general militar y político de dicha provincia

Enriquecida por la explotación minera y la producción textil, pudo construir templos barrocos y neomudéjares adaptados con originalidad al ambiente local y los ornamentó con gran profusión de pinturas y tallas, de innegable valor didáctico religioso. Fue la época de la afamada Escuela Quiteña, obra del mestizaje indio y español.

Los geodésicos franceses del sistema decimal introdujeron en Quito el espíritu racionalista moderno y usaron la magnífica biblioteca de la Universidad Jesuita de San Gregorio. Quito alimentó la extraordinaria empresa de las misiones de Jaén y Mainas. En Quito nació y vivió Mariana de Jesús, santa y patriota. De esta ciudad salió el más ilustre de los precursores de la independencia americana, el mestizo Xavier Chusig quien cambió su nombre a Eugenio de Santa Cruz y Espejo para evitar la discriminación. Espejo fue el fundador del primer periódico de Quito. También hay otras historias como la de Manuela Sáenz, la primera mujer enrolada al ejército bolivariano quien se convirtió en la fiel compañera y novia del libertador Simón Bolívar.

Algunos de los sucesos internacionales como la Declaración de Independencia de los Estados Unidos en 1776 de Gran Bretaña y la Revolución francesa de 1789, sirvieron de ejemplo a los criollos al mostrarles que un sistema de gobierno autónomo o incluso independiente era posible. Las influencias de varios acontecimientos locales tales como la visita de los geodésicos franceses quienes impulsaron las ideas de la ilustración en la urbe,[24]​ el alto índice de empobrecimiento de la Audiencia[25]​ y los crecientes sentimientos nacionalistas, estimulados por el interés de los criollos de todo el continente por obtener el poder,[26]​ fueron también algunas de las causas principales, que motivaron el inicio del proceso revolucionario que dio fin al colonialismo español en la ciudad.

Durante la cena de Navidad, el 25 de diciembre de 1808 en la hacienda Chillo Compañía, propiedad de Juan Pío Montúfar y Larrea II Marqués de Selva Alegre, se celebró una reunión conocida como «La conspiración de Chillo» o «La Conjura Navideña» que discutió el establecimiento de una Junta Autónoma que se encargaría de gobernar la Presidencia de Quito.[27]​ A ella asistieron Juan de Dios Morales, José Riofrío, Juan Pablo Arenas, Manuel Quiroga, Nicolás de La Peña, Francisco Javier de Ascázubi y el capitán Juan de Salinas y Zenitagoya.

Meses después el complot fue descubierto por el entonces presidente de la Real Audiencia de Quito Manuel Urríez, conde Ruiz de Castilla, debido a que Salinas comentó a Andrés Torresano, sacerdote del convento de La Mercéd, el tema de la reunión. Fue apresado el primero de marzo al igual que sus compañeros Juan Pío Montufar, el día cinco y Juan de Dios Morales el seis. Pocos días después todos fueron liberados debido a que las pruebas indagatorias fueron sustraídas.[28]​

El 8 de agosto se reunieron en el hogar del Dr. Francisco Javier de Ascázubi, donde se tomó la decisión de integrar la junta el día 10. El 9 de agosto, este grupo de ilustrados criollos, se reunió nuevamente en la residencia de Manuela Cañizares. El 10 de agosto de 1809, se firmó el acta que cesó en sus funciones al entonces presidente de la Real Audiencia de Quito, conde Ruiz de Castilla, e instauraron en la ciudad la Primera Junta Autónoma de Gobierno,[28]​ con autoridades quiteñas y con la estrategia de las máscaras de Fernando VII que consistían en fingir lealtad al depuesto rey Fernando VII con el objetivo de mantener la autonomía.

El rechazo de adhesión a la junta de Guayaquil y Cuenca,(por decisión de sus corregidores como Melchor de Aymerich),[29]​ ocasionó que el 5 de octubre se declarase una contrarrevolución y que el 24 del mismo mes se firmara la capitulación.[28]​ Después de estos hechos, la mayoría de los miembros de la junta fueron perseguidos y encarcelados; en el Cuartel de Lima en Quito, lugar en el que entre el 2 y el 10 de agosto de 1810 fueron asesinados; alrededor de 300 ciudadanos de Quito acudieron a rescatar a los próceres, enfrentándose a las tropas reales con el objetivo de lograr este fin sin embargo en el enfrentamiento fueron derrotados y asesinados. Esta matanza de 300 personas significó en aquel momento la muerte del 1 por ciento de la población de la urbe. Una masacre de iguales características hoy, representaría cerca de 17 000 víctimas. El poder vuelve a manos del Conde Ruiz de Castilla. Los virreyes de Lima y Bogotá envían tropas para sitiar la ciudad. En 1812 llega como Comisionado Regio de España Carlos Montúfar, hijo del Marqués de Selva Alegre para pacificar a los sublevados, pero lo que ocurrió fue que este se unió a la lucha que se estaba disputando en América, esto ocasionó que en 1816 pierda la vida; defendiendo los ideales de libertad.[30]​

El 9 de octubre de 1820, Guayaquil declaró su independencia de España, marcando el inicio del proceso de emancipación. El 24 de mayo de 1822 en la denominada Batalla de Pichincha, la División Protectora de Quito creado en Guayaquil y unidos con el ejército libertador aliado bajo el mando del general Antonio José de Sucre y el coronel Andrés de Santa Cruz, enviado por el libertador José de San Martín ingresaron a la ciudad desde Chillogallo, al sur. Luego en la madrugada tuvieron que subir las laderas del Volcán Pichincha, la división de gran-colombianos estuvo formada de 1500 hombres los cuales sumados a los 1400 refuerzos de la división de peruanos, chilenos y argentinos complementaron los 6 batallones del ejército libertador con 2900 efectivos que se enfrentarían al ejército realista desde la madrugada del 24 de mayo, al frente iban 200 colombianos de la Alta Magdalena en la vanguardia y británicos de Albión en la retaguardia protegiendo el tren de municiones. En la madrugada hubo una fuerte llovizna en la subida por las laderas del volcán y a pesar de los esfuerzos de los soldados fue difícil la subida por la razón que los senderos se convirtieron en ciénagas, luego bordearon el flanco occidental de las faldas del Pichincha, para rodear a las fuerzas realistas a cargo de Melchor de Aymerich. Se dio un disputado combate, en el cual el ejército aliado gran-colombino y peruano consiguieron la liberación de la ciudad y la independencia de las provincias pertenecientes a la Real Audiencia. El 25 de mayo Melchor de Aymerich capituló y la antigua Presidencia de Quito pasó a formar parte de la Gran Colombia.

Luego de la Batalla de Pichincha, en junio de 1822 llega el Libertador Simón Bolívar para anexionar los territorios de la antigua audiencia a la República de la Gran Colombia, conformada entonces por los actuales Colombia, Ecuador, Panamá y Venezuela, con capital en la ciudad de Santa Fe de Bogotá. La Real Audiencia se transforma en Departamento del Sur o Presidencia de Quito. El 25 de junio de 1824 se funda la provincia de Pichincha, teniendo a Quito como capital. El 18 de marzo de 1826 se inaugura la Universidad Central del Ecuador.

El 13 de mayo de 1830 se crea la República del Ecuador con Quito como capital, tras separarse de la Gran Colombia. El general venezolano Juan José Flores asume el cargo de primer presidente. El 27 de agosto de 1869 se funda la Escuela Politécnica Nacional otra de las grandes universidades del Ecuador.

Otros hechos históricos que describen a Quito en la historia de este país son: el asesinato del presidente del Ecuador Gabriel García Moreno el 6 de agosto de 1875; el asesinato del presidente Eloy Alfaro cuyo cuerpo inerte fue arrastrado por las calles quiteñas e incinerado posteriormente en el Parque El Ejido el 28 de enero de 1912; la Revolución Juliana de 1925 para rescatar el estado de manos de la plutocracia bancaria; entre otros.

El 25 de junio de 1908 llegó por primera vez el tren de vapor a la Estación de Chimbacalle ubicada al sur de Quito. La obra de construcción del Ferrocarril Transandino entre Guayaquil y Quito había sido iniciada por el presidente Gabriel García Moreno, y fue terminada en época del presidente Eloy Alfaro. Un clavo de oro colocado en el último riel de la mencionada estación por América Alfaro, la hija del presidente Alfaro, selló la obra de infraestructura más grande del Ecuador en aquella época. La llegada del ferrocarril de vapor a la ciudad, produjo la necesidad de crear un medio de transporte urbano que operase entre la Estación de Chimbacalle encima del cerro al lado sur de la ciudad, y el centro comercial en el otro lado del Río Machángara. La Quito Tramways Company fue organizada en 1910 en Wilmington (Delaware) - Estados Unidos, y fue controlada por la Ecuadorian Corporation Ltda. de Londres. La QTC empezó la construcción de una línea de tranvías eléctricos en 1911 y ordenó cuatro carros de dos ejes a la J. G. Brill en Filadelfia, el 17 de febrero de 1914. La nueva línea, entre la estación del ferrocarril y el centro de la ciudad, fue inaugurada el 8 de octubre de 1914. La QTC mandó hacer a la Brill dos carros de cuatro ejes en 1915 y dos más de dos ejes en el año siguiente. La trocha de las líneas de tranvía de Quito, como del ferrocarril de vapor, era de 1.067 mm (42 pulgadas).

Durante 34 años la QTC operó los ocho mismos tranvías en dos servicios: de la estación Chimbacalle al Cementerio San Diego, y de Chimbacalle hasta la avenida Colón, cerca al Palacio de La Circasiana. El depósito de tranvías se ubicó en la avenida 18 de septiembre y Jorge Washington. En 1921 una empresa ecuatoriana, Compañía Nacional de Tranvías, construyó une línea de tranvías en las Avenidas 10 de agosto y la Prensa entre la avenida Colón y la aldea de Cotocollao. Ya que la QTC poseía los derechos exclusivos de tracción eléctrica en la ciudad, los vehículos de la CNT tenían que ser accionados por motores de gasolina. La CNT importó los chasis y la parte mecánica de sus carros de la Allgemeine Elektricitäts-Gesellschaft (AEG) en Alemania, pero montó las carrocerías en Ecuador. La línea de Cotocollao, con trocha también de 1.067 mm (42 pulgadas), abrió el 22 de junio de 1923. Alrededor del 1926 los inversores ecuatorianos reorganizaron la CNT y adquirió la QTC. Los nuevos dueños cerraron la línea de gasolina de Cotocollao en 1928 hasta 1935 y las dos líneas de tranvía eléctrico aproximadamente en 1948.

En la década de 1930, las clases altas del centro de la ciudad se desplazaron al norte. Surgieron barrios residenciales dentro del esquema de "ciudad jardín". Los espacios del centro fueron ocupados por inmigrantes de las provincias vecinas. La parte antigua de la ciudad pudo por consiguiente conservar su traza original y su arquitectura colonial enriquecida con los nuevos aportes de los siglos XIX y XX. Hacia la mitad del siglo XX, el espacio urbano estaba ya socialmente estratificado.

El 5 de julio de 1941, estalla un conflicto con Perú lo que produce la Guerra peruano-ecuatoriana, durante los días de guerra con el Perú los ferrocarriles se dirigían al sur del país llevando jóvenes soldados voluntarios para hacer frente al enemigo peruano.

El 6 de agosto de 1960 se inaugura el Aeropuerto Internacional Mariscal Sucre. El 28 de marzo de 1976 en la loma de El Panecillo, el decimoprimer arzobispo de Quito Pablo Muñoz Vega, inauguró la Virgen del Panecillo. Esta es una estatua hecha de aluminio, copiada a partir de un original de Bernardo de Legarda. El 8 de septiembre de 1978, Quito fue declarada como el Primer Patrimonio Cultural de la Humanidad por la UNESCO, con el objetivo de conservar sus conventos coloniales, iglesias y el centro histórico en general. Desde hace algunos años, el Municipio de Quito ha emprendido en un plan de salvamento arquitectónico y social del Centro Histórico.

A partir de la década de 1970, Quito se modernizó gracias al boom petrolero en Ecuador. Se convirtió en la capital petrolera y en el segundo centro bancario y financiero del país. Su modernidad se aprecia en la arquitectura del sector norte de la ciudad. Uno de los exponentes de este desarrollo es la Torre CFN, que con sus 23 pisos era el edificio más alto de ciudad. Actualmente, el récord lo ostenta la torre IQON de las firmas Bjarke Ingels/Uribe Schwarzkopf, que con sus 32 pisos y 132 m de altura promueve el crecimiento vertical de Quito, puesto que en las décadas previas no era posible construir a más de cierto límite por el funcionamiento del aeropuerto en el interior de la ciudad. Esto se solventó en 2013 gracias al traslado del Aeropuerto Internacional Mariscal Sucre hacia las inmediaciones de la urbe permitiendo la construcción de cada vez más rascacielos.

La extensión de la ciudad hacia el norte y el sur comenzó durante los años 1980, cuando la principal área turística ubicada en el centro norte de la ciudad (Quito moderno) comenzó a crecer. Actualmente es la ciudad más desarrollada del Ecuador.

El 5 de marzo de 1987, se produjo un terremoto de, aproximadamente, magnitud 7 en la escala sismológica de Richter y cuyo epicentro se localizó a 80 km de Quito. El temblor causó daños en varias edificaciones de la ciudad. El 27 de diciembre de 1993, se promulga la Ley de Régimen para el Distrito Metropolitano de Quito. El 17 de diciembre de 1995, el Municipio de Quito inaugura la primera línea de trolebuses en la ciudad y en el Ecuador con el nombre de Trolebús de Quito o Trole.

Al finalizar el siglo XX, el país entró en un periodo de inestabilidad política, siendo Quito el principal escenario de los acontecimientos que sacudieron a la nación. En 1997 se dieron varias manifestaciones populares en la ciudad que pedían la salida del presidente de ese entonces Abdalá Bucaram. La manifestación más importante se dio el 5 de febrero, y tuvo como consecuencia la denominada "Noche de los tres presidentes", suscitada durante la noche del 6 de febrero y la madrugada del 7 de febrero de 1997 en Ecuador, donde Bucaram, Rosalía Arteaga y Fabián Alarcón reclamaban la presidencia de la república.[31]​ Finalmente Abdalá Bucaram fue destituido por el Congreso Nacional. Dos años más tarde, Ecuador sufrió una severa crisis financiera, teniendo como principal problema el "feriado bancario", esta situación volvió a crear grandes manifestaciones sociales en la capital que desembocaron en el golpe de Estado del 2000, cuando el 21 de enero las Fuerzas Armadas del Ecuador le retiraron su apoyo luego de que los miembros de la Confederación de Nacionalidades Indígenas del Ecuador, (CONAIE), se tomaran las calles de Quito y avanzaran al Congreso Nacional, apoyados por un grupo de coroneles de las Fuerzas Armadas quienes actuaban de manera independiente a la institución militar.[32]​ Así, Mahuad también fue derrocado.

Para el año 2001, la ciudad llegó a 1'399.814 habitantes, mientras la conurbación de Quito se aproximaba a los 2 millones. En el 2002, el alcalde Paco Moncayo inició la recuperación del centro histórico, mientras suscribió un contrato para la construcción de un nuevo aeropuerto, en el sector que se venía planteando desde mediados del siglo XX. La construcción empezó en enero de 2006, durante el segundo periodo de Moncayo frente al Municipio. Además, entre 2003 y 2004 se construyó la línea de BRT MetrobusQ que atraviesa la ciudad de norte a sur, también se ampliaron las avenidas y se construyeron pasos deprimidos y reformas geométricas con la finalidad de dar mayor fluidez al tránsito. Para 2005 se terminó la recuperación del sector de La Mariscal, antiguamente una zona roja, creando una gran cantidad de restaurantes, calles peatonales, piletas, cafés, bares; siendo desde entonces la zona rosa de la urbe. El 2 de julio de 2005, se inauguró una línea de teleféricos turísticos en Cruz Loma con el nombre de TelefériQo.

Entre febrero y abril de 2005, los quiteños protagonizaron la "Rebelión de los forajidos", que derrocó al presidente Lucio Gutiérrez. Las protestas se realizaron en las noches, utilizando símbolos como los cacerolazos. El 20 de abril, la fuerza pública se plegó a los manifestantes, quitando su respaldo a Gutiérrez, quien fue finalmente derrocado, huyendo del Palacio de Carondelet en helicóptero.

En 2010, el alcalde Augusto Barrera inició la obra más grande de la historia de la ciudad: el Metro de Quito.[33]​ El 1 de noviembre de 2012, se adjudicó la construcción de la primera fase del Metro a la empresa española Acciona Infraestructuras. Mientras tanto, la obra del nuevo aeropuerto fue entregada el 11 de octubre de 2012, y el 19 de febrero de 2013 se cerraron las operaciones en el antiguo aeropuerto de Quito; esa misma noche fue inaugurada la nueva terminal con una ceremonia presidida por el presidente Rafael Correa.

Quito fue el epicentro de las manifestaciones de octubre de 2019. A la capital arribaron miles de manifestantes indígenas, a quienes se sumaron estudiantes, trabajadores, maestros, sindicatos, entre otros sectores, quienes protestaban contra las medidas económicas neoliberales del gobierno de Lenín Moreno. La situación se fue tornando más crítica con el pasar de los días, por lo que el gobierno decretó traslado temporal de la sede de gobierno a Guayaquil. Las protestas fueron duramente reprimidas,[34]​[35]​[36]​[37]​[38]​ lo que ocasionó 11 fallecidos, 1340 heridos[39]​ y 1192 detenidos. El 13 de octubre se llevó a cabo una reunión mediada por la ONU y la Iglesia Católica, donde los dirigentes de la Conaie y el gobierno llegaron a un acuerdo que finalizó con el conflicto.[40]​

En 2022, nuevamente la urbe capitalina fue escenario de una nueva ola de protestas. Esta vez, el Paro Nacional de 2022 se dio por las políticas neoliberales del gobierno de Guillermo Lasso.[41]​ Entre el 13 y el 30 de junio, la Conaie, junto con varias organizaciones indígenas, estudiantiles, sindicales, y gran parte de la población quiteña, se tomaron las calles de Quito. Lasso reprimió la movilización social,[42]​[43]​[44]​ dejando un saldo de 7 manifestantes fallecidos,[45]​ 331 heridos[46]​ y 158 detenidos.[47]​

Si bien la segunda fase de la construcción del metro arrancó el 19 de enero de 2016,[48]​ el avance de la obra sufrió varios retrasos, principalmente durante la pandemia de COVID-19. En junio de 2023, el alcalde Pabel Muñoz, dio a conocer varias irregularidades en los contratos de la obra, fruto de las administraciones anteriores.[49]​ Finalmente, el metro fue inaugurado en diciembre de 2023.[50]​