El cerro, llamado antiguamente "Cerrito Verde" o "Cerrito de la Culata", es el sitio -podría decirse- que originó la ciudad de Guayaquil, ya que en sus faldas occidentales que dan hacia la meseta que se llamó "de los Ciruelos" se produjo su definitivo asentamiento en 1547. Cuenta la leyenda que Nino de Lecumberri, español buscador de tesoros, invocó a Santa Ana cuando se encontraba en peligro de muerte debido a la maldición de un antiguo rey que gobernó el lugar -mucho antes que los Guancavilcas -y que fue castigado por su avaricia. En agradecimiento colocó una Cruz con la leyenda “Santa Ana” en la cima del cerro, nombre que sustituyó desde entonces al de Cerrito Verde. La ciudad al estar ubicada sobre las faldas del cerro "...no pudo adoptar un esquema de manzanas regulares alrededor de lo que se escribía como una pequeña plaza no cuadrada, lo que llevo a los cronistas a afirmar que Guayaquil tenia “mal asiento” (Fray Fernando de Lizarraga)"[1]​ Toda ciudad española tenía su iglesia y esta se conocía como Iglesia mayor que en el caso de la primitiva Guayaquil se hallaba en “... la cumbre de la loma”[2]​ que según las investigaciones realizadas se encontraba donde hoy mismo se levanta una capilla que fue producto de la regeneración que se hizo al cerro allá por la década de los 2000s. Frente a la iglesia donde hoy se levanta el faro, se encontraban las Casas del Cabildo que por el año de 1600 "...eran de madera de roble y estaban techadas con teja"[3]​ No duraría mucho aquel edificio porque sería prendido en fuego en el año de 1624 debido a la invasión piratica de Heremite. Diez años más tarde "La Casa del Cabildo se cayo de puro vieja" y se tuvo que usar la Iglesia Mayor como sede provisional "El 2 de enero de 1637, por la amplitud del local, se hizo Cabildo Abierto en la Iglesia Mayor".[4]​

Las Casas del Cabildo no se hallarían más en la cumbre del cerro, sino que pasaría a las planicies frente a la Plaza de Santa Catalina -hoy Loja y Malecón esquina norte-, no sin antes mencionar que le tomo al cabildo guayaquileño casi todo el siglo XVII para reconstruirlo en ese lugar, pasando a establecerse provisoriamente para su correcto funcionamiento a varias casas de los vecinos más prominentes que se las alquilaban al municipio. Mientras la iglesia Mayor que se salvo del incendio perpetuado por los piratas en el año de 1624 tuvo que "ser demolida en 1639 por ser ya una construcción vieja y peligrosa, fue sustituida por un galpón en el cual se celebraban los ritos"[5]​ Hasta que fue reconstruida en donde hoy se levanta el Museo del Bombero, demorando varios años su construcción "Se la termino por esta año (1687), justo a tiempo para servir de impotente testigo de la invasión de Grogniet, Picard y Hewit, en abril 20. Los asaltantes causaron grandes estragos, y el incendio que ellos iniciaron destruyo la tercera parte de la población; para celebrar su triunfo los filibusteros franceses cantaron un Te Deum en la misma Iglesia Mayor..."[6]​ Pero poco tiempo después "El 6 de diciembre de 1692 será arrasado por un incendio junto a otras construcciones de importancia".[7]​