Sus restos arqueológicos más antiguos son muy posteriores al primer poblamiento de América. Corresponden al XI milenio a. C., datación hallada en la Cueva del Guitarrero (departamento de Áncash), en la sierra nor-central del país.[1]​ A fines de la última glaciación, los primeros pobladores comenzaron el lento proceso de domesticación de la biota local (véase: revolución neolítica) y a reunirse en tribus y aldeas para formar finalmente aillus. Se han encontrado vestigios del origen de la agricultura americana en la cuenca media del río Zaña, en Nanchoc (departamento de Cajamarca) de hace nueve mil años (7600 a. C.).[2]​

 

Pirámides de Caral (III milenio a. C.), sede de la primera civilización del continente americano.

Hacia el IV milenio a. C., las comunidades aldeanas de la costa iniciaron una jerarquización que se superpuso a la organización tribal. Aparecieron entonces los primeros indicios de arquitectura organizada, con edificios públicos y ceremoniales. A comienzos del III milenio a. C., surgió en el complejo de Caral, la civilización más antigua del continente,[3]​ centro de una extensa red de intercambio comercial que iba desde Ecuador hasta la selva del Perú, de la cual participaba con la producción extensiva del algodón y con una jefatura ligada al culto ceremonial.

Caral es coetánea a las civilizaciones de China, Egipto, India y Mesopotamia;[4]​ tratándose de una zona que puede considerarse como cuna de la civilización del mundo por su antigüedad (c. 5000 años).[5]​ Más antiguo parece ser el complejo de Sechín Bajo, en el valle de Casma (Áncash), donde se han hallado restos de una edificación de 5500 años de antigüedad, que sería la más antigua del Perú y América.[6]​ Posteriormente, se difundió en la costa norte la cultura Cupisnique, que tuvo apogeo entre los años 1500 a. C. y 1000 a. C.[7]​ A finales de este período, la cultura Chavín ejerció enorme influencia cultural sobre las demás hasta su decadencia. Los petroglifos y canales de Cumbemayo, a media hora de la ciudad de Cajamarca, constituyen una obra maestra de ingeniería hidráulica.[8]​

 

Acueductos subterráneos de Cantalloc.

Se trata de unos bloques tallados por los que discurre agua en una suave pendiente, que incluye túneles y codos en zigzag para aminorar la velocidad de la corriente. Los bloques de piedra ubicados al inicio del recorrido tienen diversos planos tallados y pulidos. Uno de estos bloques, en forma de cono trunco, es conocido tradicionalmente como «piedra de los sacrificios». En el seno de las culturas Moche al norte y Nazca al sur, se desarrollaron los primeros Estados con milicias permanentes, vinculadas a las piezas de arte cerámico mejor valoradas del Antiguo Perú.[9]​

 

Machu Picchu, ícono de la arquitectura incaica.

En el extremo sur, entretanto, surgió Tiahuanaco como cultura dominante del Altiplano.[10]​ Más tarde, la cultura wari desarrolló el modelo clásico del Estado Andino con el surgimiento de las ciudades de corte imperial, modelo que se expandió por el norte hacia el siglo XVIII. A partir del siglo IX, tras el abandono de Huari, se erigieron nuevos Estados centralizadores de alcance regional a lo largo de la cordillera de los Andes, tales como Lambayeque, Chimú y Chincha, periodo conocido como el Intermedio Tardío o de los Estados regionales.[11]​

De entre estos señoríos destaca el de los incas, que hacia el siglo XV se anexionó todos los pueblos andinos entre los ríos Maule y Ancasmayo, con una extensión de dos millones de km²,[12]​ hoy ubicada en los territorios del sur de Colombia, el oeste de Ecuador, Perú, el oeste y centro sur de Bolivia, el norte de Chile y el noroeste de Argentina, conformando lo que se conoce como el Imperio incaico. Su capital fue el Cuzco, ubicada en la sierra sur peruana. Además de su poderío militar, destacó en arquitectura, con magníficas estructuras como la ciudadela de Machu Picchu. La expansión del imperio Incaico se basa en el desarrollo de un sistema agrícola eficiente, construyendo Andenes, canales de regadío, almacenes (Tambo) y usando fertilizantes naturales como el guano [13]​.

En el año 1532, el Imperio incaico o Tahuantisuyo sucumbió ante una alianza militar de Incas cusqueños, reales a Huascar, con otros reinos conquistados previamente por los Incas, como Huancas, Tallanes, Cañaris y Chachapoyas, con los españoles, quienes contaron con el refuerzo de indígenas nicaraguas que vinieron con Hernando de Soto, y Tlaxcaltecas, que acompañaron a las huestes españolas como aliados, una guerra de conquista organizada por Francisco Pizarro quien hábilmente concreto estas alianzas militares. El conquistador encontró al imperio debilitado a causa de una guerra civil iniciada en 1529 entre Huáscar y Atahualpa, los dos hermanos pretendientes al trono imperial.[14]​ En noviembre de 1532, Pizarro capturó a Atahualpa y, en julio de 1533, lo mandó ejecutar bajo el cargo de haber ordenado la muerte de su hermano Huáscar.[15]​

A la muerte del Inca Atahualpa, sus generales, como Quizquiz, Huayna Palcón (medio hermano) y Rumiñahui, iniciaron la resistencia contra los españoles y sus aliados. Algunos historiadores consideran que, en esta etapa, los españoles solo participaron como mandos militares, no como fuerza de combate, relegando en sus aliados indígenas los enfrentamientos, lo prueba el reducido número de españoles muertos, mientras que se produjo un alto índice de muertes entre sus aliados. Una vez que la alianza militar española, con los cusqueños, Cañaris y Huancas, consiguió vencer a los ejércitos de los generales de Atahualpa, se produciría la ruptura de la alianza con los cusqueños, comenzando una etapa de reconquista que encabezaría el Sapa Inca, Manco Inca, hermano de Atahualpa y Huascar, cuyas fuerzas consiguen algunas victorias sobre los españoles, y sitian las ciudades de Lima y Cuzco. Los españoles solo consiguen liberal el sitio de Lima, del 10 y 26 de agosto de 1536, gracias al refuerzo enviados por la curaca de Huaylas, Contarhuacho. La liberación del cerco de Lima y Cusco pone fin a la etapa de resistencia incaica, en las que se libraron grandes batallas. Los remanentes incas retroceden a la selva amazónica, donde mantienen por casi 40 años un foco de resistencia contra los españoles, pero ya sin poner en peligro la conquista, dando inicio al dominio español absoluto sobre el territorio del antiguo Imperio incaico, el virreinato más poderoso que España tuvo en ultramar.[16]​

 

Grabado de la Captura de Atahualpa en Cajamarca por Guamán Poma.

Tras el asesinato de Atahualpa los familiares de Huáscar se unirían a Francisco Pizarro junto con miles de hombres de etnias opositoras a los incas, así fue recibido con honores Pizarro en el Cusco y la ciudad fue ocupada sin mediar batalla, luego el conquistador fundó la ciudad de Lima. Al poco tiempo se suscitó la guerra civil entre los conquistadores por el repartimiento de las encomiendas del nuevo territorio. En 1542, se estableció el Virreinato del Perú, que en un comienzo abarcó de iure un espacio geográfico desde lo que hoy es Panamá hasta el extremo sur del continente.[17]​

El nuevo orden provocó un nuevo levantamiento conocido como la rebelión de los encomenderos.[18]​ En la década de 1570, el virrey Francisco de Toledo reorganizó el territorio pacificando el país de las guerras intestinas y culminando con la resistencia incaica.[19]​ El Imperio español significó para el Perú una profunda transformación social y económica. Se implantó un sistema mercantilista,[20]​ sostenido por la minería del oro y de la plata, principalmente, de Potosí, el monopolio comercial y la explotación de la mano de obra indígena bajo el trabajo forzoso o mita.[21]​

A partir de fines del siglo XVII e inicios del XVIII, la recaudación de la Corona se vio lentamente socavada por el declive de la minería y la consecuente diversificación económica, así como por el contrabando comercial. En este contexto, fueron impuestas las reformas borbónicas, las cuales restaron poder político a la élite limeña y afectaron económicamente al comercio interno, lo que produjo diversos levantamientos de los cuales el de mayor repercusión fue la rebelión del descendiente de los incas Túpac Amaru II;[22]​ esta última llegó a poner en peligro el gobierno virreinal en el Cusco, pero al tomar tintes raciales contra criollos indistintamente,[23]​ precipitó su derrota.

Tras la muerte de Túpac Amaru, la cultura indígena fue férreamente reprimida por las autoridades borbónicas y atrasaron los proyectos emancipatorios dado el temor a nuevas asonadas contra la élite peninsular y criolla. No cabe duda de que el Cusco era la ciudad principal de todo el Tahuantinsuyo.[24]​ Al tomarla los españoles, mermó significativamente la resistencia inca, no solo porque allí se encontraba toda la organización del imperio,[25]​ sino por el significado que tenía para los ejércitos incas ver su capital tomada y dominada por los españoles.

 

Retrato de Túpac Amaru II.

En el siglo XVIII, tuvieron lugar varios levantamientos indígenas en reacción a los abusos de los corregidores españoles, la falta de justicia, la demora en los reclamos, y el cobro indebido de los tributos, donde destacan personajes como Juan Santos Atahualpa, Túpac Amaru II y Túpac Katari. La rebelión de Túpac Amaru II fue el levantamiento de mayor repercusión social y política de esta época.[27]​ El 4 de noviembre de 1780, Túpac Amaru II consiguió preparar un movimiento revolucionario que puso en peligro el poder de la monarquía. Esa noche tomó preso al corregidor Antonio Arriaga, a quien lo obligó a entregar los fondos reales y luego lo mandó ejecutar como castigo de sus crueldades.[28]​

Luego, logró organizar un considerable ejército de indígenas; en el Cusco los corregidores cercanos se reunieron y organizaron igualmente un ejército que partió en la búsqueda de Túpac Amaru. Ambos ejércitos se encontraron en el pueblo de Sangarará, librándose una brutal y sangrienta batalla de la que Túpac Amaru II salió triunfador.[29]​ En el Cusco, el 18 de mayo de 1781, fue sometido a un juicio y condenado a morir junto con los demás cabecillas de la rebelión. Primero intentaron descuartizarlo, donde sus extremidades fueron atadas a cuatro caballos, pero al fracasar, lo mandaron decapitar.[30]​ Los levantamientos indígenas fueron controlados por la monarquía española, pero estas influenciaron a futuras luchas independentistas.

 

Acta de Independencia del Perú.

En el siglo XIX surgió la Expedición Libertadora del Perú encabezada por el general argentino José de San Martín con la misión de independizar al Perú. El 20 de agosto de 1820, partió de Valparaíso, con destino al Perú, llegando así a la bahía de Paracas después de dos semanas de navegación. A los pocos días, hubo conversaciones en Miraflores (25 de septiembre) entre representantes de San Martín y el virrey Joaquín de la Pezuela, I Marqués de Viluma para buscar la independencia de manera pacífica, pero estas fracasaron.[31]​

El general San Martín posteriormente se comunicó con el intendente de Trujillo José Bernardo de Tagle, IV Marqués de Torre Tagle quien había llegado a la ciudad ese mismo año, mediante una carta fechada el 20 de noviembre de 1820, invitándolo a unirse a la causa emancipadora.[32]​ Bernardo de Tagle se sumó a la causa patriota proclamando la Independencia de Trujillo el 29 de diciembre de 1820.[33]​ El virrey Pezuela renunció a su cargo, siendo nombrado nuevo virrey el general José de la Serna, I Conde de los Andes.

 

Juan Lepiani: San Martín proclama la Independencia del Perú (Roma, 1904)
Lima, Pinacoteca del MNAAHP.

La Serna propuso a San Martín nuevos arreglos pacíficos en las Conferencias de Punchauca, las cuales no se llegó a dar ningún acuerdo.[34]​ Ante esta situación, el virrey decidió evacuar Lima por temor a ser expuesto al ataque de San Martín, quién logró ocupar la ciudad con un batallón de patriotas. Los actos de declaración, proclamación y jura de la independencia del Perú se llevaron a cabo en la ciudad de Lima, entre los meses de julio y agosto de 1821. El primero de ellos, constituido por la firma del acta que contenía la declaración de independencia, fue realizado por el Cabildo de Lima el 15 de julio de ese año.[35]​

La proclamación fue llevada a cabo el 28 de julio de 1821, cuando el líder de la Expedición Libertadora del Perú, el general José de San Martín proclamó desde cuatro plazas públicas la independencia del Perú.[36]​ A partir del 29 del mismo mes, se realizó la juramentación por el pueblo, organizado en sus diversas instituciones. El 3 de agosto de 1821, abrigando un plan monárquico,[37]​ José de San Martín asumió "el mando político y militar de los departamentos libres del Perú" bajo el título de Protector. El 27 de diciembre de 1821, convocó a la ciudadanía con el fin de que eligiera libremente un Congreso Constituyente con el exclusivo objeto de establecer la forma de gobierno y dar la Constitución más conveniente. El primer Congreso de la República del Perú se reunió el 20 de septiembre de 1822.[38]​

 

José de la Riva-Agüero, primer Presidente de la República del Perú.

Una vez proclamada la independencia, San Martín, asumió el mando político militar de los departamentos libres del Perú, bajo el título de Protector, según decreto dado el 3 de agosto de 1821.[39]​ Las obras del Protectorado contribuyeron con la creación de la Biblioteca Nacional (a favor del conocimiento), la aprobación del Himno Nacional, y la abolición de la mita (a favor de los indígenas).[40]​ El 27 de diciembre de 1821, San Martín creó tres ministerios: Ministerio de Estado y Relaciones Exteriores, comprometiendo a Juan García del Río; Ministerio de Guerra y Marina, a Bernardo de Monteagudo; y Ministerio de Hacienda, a Hipólito Unanue.[41]​

Durante el Protectorado, el 7 de abril de 1822, la división de Domingo Tristán y Moscoso que viajó a Pisco, sufrió una desastrosa derrota del bando realista tras la batalla de Ica, perdiendo muchos soldados y gran parte de su armamento.[42]​ Con el objetivo de acelerar la independencia total del Perú en la sierra sur, San Martín viajó a Guayaquil a fin de ponerse de acuerdo con Simón Bolívar,[43]​ para pedirle ayuda militar, pero al terminar la conferencia, no se llegó a ningún acuerdo, y San Martín se retiró de Guayaquil con la decisión de abandonar al Perú. Entregó el poder ejecutivo a tres de sus miembros, que conformaron un cuerpo colegiado denominado Suprema Junta Gubernativa del Perú y cuya cabeza era el general José de La Mar.

La Junta Gubernativa quiso finalizar la guerra de la Independencia por cuenta propia y organizó la Primera Campaña de Intermedios, que culminó en fracaso.[44]​ Luego, los oficiales del Ejército se sublevaron en el llamado motín de Balconcillo y con un golpe de Estado, destituyeron a la Junta y el 28 de febrero de 1823 nombraron como Presidente del Perú a José de la Riva-Agüero. Riva-Agüero quiso también derrotar a los españoles, que aún resistían en el centro y sur del Perú, y organizó una Segunda Campaña de Intermedios, la misma que igualmente culminó en fracaso.[44]​

Luego tuvo una abierta disputa con el Congreso y se trasladó a Trujillo, donde instaló su gobierno, mientras que en Lima, el Congreso nombró como nuevo Presidente a José Bernardo de Tagle.[45]​ El Congreso, vista la crítica situación, acordó llamar a Bolívar y a su Ejército Libertador. Tras reunificar el mando del país, Bolívar instaló su cuartel general en Trujillo y organizó la campaña final de la Independencia, contando con la ayuda decisiva de los peruanos, tanto en soldados, dinero, abastecimientos y recursos de toda índole.[46]​ Tras las batallas de Junín y Ayacucho, el 6 de agosto y el 9 de diciembre de 1824 respectivamente, se logró derrotar y expulsar definitivamente del Perú a las tropas realistas.

 

El mariscal Ramón Castilla durante su segundo gobierno como Presidente del Perú.

Es solo con la primera elección de Ramón Castilla en 1845 que la República Peruana encontró una relativa paz interior y pudo organizar su vida política y económica. Le correspondió a Castilla abolir definitivamente la esclavitud y la pena de muerte.[47]​ Estableció políticas de promoción de extracción y exportación de fertilizantes naturales (guano de islas) que iniciarían una era de prosperidad en el país.[48]​ Los primeros ferrocarriles y el alumbrado a gas llegaron al Perú en este período.[48]​ Durante su segundo gobierno promulgó la Constitución de 1856 (Liberal) y la Constitución de 1860 (Conservadora), reorganizó los servicios postales y la carrera pública.

En 1864 una expedición española ocupó las Islas Chincha (productoras de guano) y desató un incidente internacional de grandes consecuencias en la política interna peruana,[49]​ que llevó a un golpe de Estado contra el presidente Juan Antonio Pezet,[50]​ el gobierno de Mariano Ignacio Prado y la declaratoria de guerra a España.[51]​ Tras el combate del Callao del 2 de mayo de 1866, la Armada Española se retiró del Perú.[52]​ El gobierno de José Balta fue pródigo en obras de infraestructura (construcción del Ferrocarril Central) aunque en él se percibieron ya las primeras muestras de exceso de gastos del gobierno.[53]​

En las postrimerías de su gobierno, la elección, por primera vez, de un presidente civil, Manuel Pardo y Lavalle, llevó a una insurrección militar que terminó en el asesinato de Balta y la furibunda reacción de la población de Lima (que ejecutó a los usurpadores), así terminó lo que Jorge Basadre llamó Primer Militarismo.[54]​ Pardo y Lavalle implementó importantes reformas de tipo liberal en la organización del Estado. Sin embargo la principal fuente de recursos del Estado, el guano, sobre-explotado, se empezó a agotar y resultó inevitable una crisis económica que el sucesor de Pardo, el ya anciano Mariano Ignacio Prado tuvo que afrontar, en medio de una virtual bancarrota del Estado.

Para 1859 habían muerto unos 41 000 peruanos en las constantes guerras civiles que sacudieron el país desde 1829.[55]​ Gracias al dinero de la venta del guano, el Perú empezó a modernizarse con distintas obras públicas como los ferrocarriles; creció la burocracia civil y militar; los indígenas dejaron de pagar tributo y los esclavos alcanzaron su libertad; empezó la política de migraciones de alemanes, austriacos, irlandeses e italianos.[56]​

 

Batalla de Arica, óleo de Juan Lepiani.

El 5 de abril de 1879, Chile declaró la guerra al Perú, desatando la guerra del Pacífico. El casus belli fue el enfrentamiento entre Bolivia y Chile por un problema de impuestos en el cual el Perú se vio comprometido por el Tratado de Alianza Defensiva firmado con Bolivia en 1873. Sin embargo, la historiografía peruana es unánime al sostener que la causa profunda de esta guerra fue la ambición de Chile de apoderarse de los territorios salitreros y guaneros del sur del Perú.[57]​ En una primera etapa de la guerra, la campaña naval, la marina peruana repelió el ataque chileno hasta el 8 de octubre de 1879, día en el que se libró el combate naval de Angamos, en donde la armada chilena con sus buques Cochrane, Blanco Encalada, Loa y Covadonga acorraló al monitor Huáscar, el principal buque de la marina peruana comandado por el Almirante AP Miguel Grau, quien murió en la refriega y se convirtió desde entonces en el mayor héroe del Perú.

Luego de vencer a la escuadra peruana, Chile dio inicio a la campaña terrestre de la guerra. Esta comenzó con el desembarco de Pisagua y se desarrolló durante cuatro años (incluyendo la ocupación de Lima), hasta que luego del Grito de Montán, el gobierno de Miguel Iglesias, firmó el Tratado de Ancón que puso fin a la guerra, a pesar de la oposición del gobierno de Lizardo Montero y la resistencia en la sierra peruana comandada por Andrés Avelino Cáceres, el cual vislumbraba el cercano agotamiento de las fuerzas chilenas para derrotarlas.[58]​

 

Augusto Leguía en una portada de la revista Time (8 de septiembre de 1930). En su gobierno se dio el mayor dominio económico de los Estados Unidos en el Perú.

Tras la guerra, se inició un período de «Reconstrucción Nacional» que, aunque de relativa calma, no conoció la reactivación económica ni la paz política hasta 1895 con la presidencia de Nicolás de Piérola.[59]​ Con el gobierno de Piérola, se materializó una política pluto-aristocrática con unas clases alta y media que vivían acomodadamente al auspicio de los grandes capitales estadounidenses y un pueblo llano con diversas carencias, frente a las cuales reclamaron, principalmente ante las malas condiciones laborales.

Esta época, conocida como la República Aristocrática, concluyó con la asunción de Augusto Leguía, quien permaneció en el poder durante once años —el Oncenio— con una política paternalista hacia los indígenas, la creación de una momentánea bonanza, la manipulación del orden jurídico y la amedrentación de la oposición. El Oncenio de Leguía, terminó en 1930 con el popular pronunciamiento de Luis Miguel Sánchez Cerro,[60]​ que inició un período de gobiernos militares y de irrupción de movimientos populares –como la Alianza Popular Revolucionaria Americana o el Partido Comunista Peruano– en el escenario político.

Al final de este tercer militarismo se sucedieron presidentes democráticos interrumpidos primero por el Ochenio de Manuel Odría y un breve golpe militar para continuar con la sucesión presidencial. Hacia los años 1950 se inició el éxodo rural, principalmente desde la sierra hacia las urbes de la costa, en busca de mejores condiciones de vida y educación para sus hijos. Gradualmente, durante los años 1960 la crisis política se hizo patente, lo que propició en 1968 la llamada Revolución de la Fuerza Armada, la toma del poder político por parte de las Fuerzas Armadas del Perú al comando del general Juan Velasco Alvarado con un mensaje antiimperialista, especialmente anti-estadounidense, y antioligarca.[61]​

Se instauró un régimen de corte nacionalista y reformista de "progreso social y desarrollo integral", influida por las tesis de la CEPAL sobre la dependencia y el subdesarrollo. Seis días después del golpe, Velasco nacionalizó la International Petroleum Corporation (IPC), la empresa norteamericana que explotaba el petróleo peruano, y luego lanzó una reforma del aparato estatal, y una reforma agraria. Se trata de la mayor reforma agraria emprendida en América Latina: abolió el sistema de latifundio y modernizó la agricultura mediante una redistribución más equitativa de la tierra (el 90% de los campesinos formaron cooperativas o sociedades agrarias de interés social). Como la tierra debe ser propiedad de quienes la cultivan, se expropió a los grandes terratenientes. Las únicas grandes propiedades permitidas eran las cooperativas. Entre 1969 y 1976, 325.000 familias recibieron tierras del Estado con un tamaño medio de 73,6 acres. El "gobierno revolucionario" también planificó inversiones masivas en educación, elevó la lengua quechua -hablada por casi la mitad de la población pero hasta entonces despreciada por las autoridades- a un estatus equivalente al del español, y estableció la igualdad de derechos para los hijos naturales. Perú quiso liberarse de la dependencia y aplicó una política exterior tercermundista. Estados Unidos respondió con presiones comerciales, económicas y diplomáticas. En 1973, Perú pareció superar el bloqueo financiero impuesto por Washington al negociar un préstamo del Banco Internacional de Desarrollo para financiar su política de desarrollo agrícola y minero. Las relaciones con Chile se vieron gravemente afectadas tras el golpe de Estado del general Pinochet. El General Edgardo Mercado Jarrín (primer ministro y comandante en jefe del Ejército) y el Almirante Guillermo Faura Gaig (ministro de Marina) escaparon a intentos de asesinato con semanas de diferencia. Hacia fines de los años 1970, el gobierno militar se encontró frente al descalabro económico. En 1975, el general Francisco Morales Bermúdez Cerruti tomó el poder y rompió con la política de su predecesor. Su régimen participó ocasionalmente en la Operación Cóndor en colaboración con otras dictaduras militares de América Latina apoyadas por los estadounidenses.[62]​[63]​ Se redactó una nueva constitución mediante una Asamblea Constituyente en 1979 y se convocó a elecciones en 1980.[63]​

 

Cuerpos de las personas asesinadas por Sendero Luminoso en la masacre de Lucanamarca.

Durante la década de 1980, el Perú enfrentó una fuerte crisis económica y social, debido al descontrol del gasto fiscal, una considerable deuda externa y la creciente inflación junto con un conflicto armado interno, propiciado por la insurrección de los grupos terroristas Sendero Luminoso y el Movimiento Revolucionario Túpac Amaru de inspiración maoísta y marxista-leninista, que pretendían tomar el poder mediante la lucha armada. El terrorismo obtuvo una respuesta represiva de las Fuerzas Armadas, la Policía primero y el Ejército después. Los combates entre ambos bandos provocaron la muerte de cerca de 70 000 personas entre combatientes, campesinos y habitantes de las ciudades.[64]​

La crisis entró en su fase más crítica a finales de la década, durante el primer gobierno de Alan García, cuando el país sufrió una fuerte crisis económica debido al descontrol del gasto fiscal y la consiguiente hiperinflación que llegó a un máximo de 7,649 % en 1990,[65]​ mientras que Sendero Luminoso incursionó en las grandes ciudades del país, iniciando la fase más dura del conflicto armado interno.

El primer gobierno de Alan García terminó en medio de una creciente impopularidad. En las elecciones de 1990, se dio un reñido balotaje entre el escritor liberal Mario Vargas Llosa y Alberto Fujimori, quien ganó la presidencia. Desde el inicio de su mandato encontró una fuerte oposición en el Congreso por parte de la Alianza Popular Revolucionaria Americana y del Frente Democrático. En su primer año, aplicó una política de choque a la cual se había negado durante su campaña electoral, que se hizo conocido como el fujishock. Finalmente, implementó una serie de reformas de corte neoliberal, alineándose al Consenso de Washington. Paralelamente, el asesor presidencial Vladimiro Montesinos fue nombrado jefe del Servicio de Inteligencia Nacional del Perú, posición desde la cual dirigió la cleptocracia en la que derivó el gobierno de Fujimori.[66]​

 

La difusión de los vladivideos precipitó la caída del gobierno fujimorista y la transición a la democracia en el año 2000.

La madrugada del 5 de abril de 1992, Fujimori desató una crisis constitucional cuando disolvió el Congreso de la República y restringió la libertad de prensa con apoyo de las fuerzas armadas.[67]​ Posteriormente, convocó a la Asamblea Constituyente que produjo una nueva constitución política promulgada en el año 1993. Fujimori se mantuvo como presidente tras la promulgación de la constitución y logró ser reelegido en 1995, aunque no consiguió solucionar la larga recesión económica que afectaba al país. El 9 de abril de 2000, tras unas cuestionadas elecciones, Alberto Fujimori logró un tercer mandato.[68]​ La oposición, conformada por los diversos partidos políticos y organizaciones civiles de diversa índole, intentó evitar la juramentación del tercer periodo presidencial de Fujimori pero no lo logró.

Seis semanas después, el 14 de septiembre, se difundieron filmaciones donde se mostraba claramente el soborno de algunos Congresistas de la oposición y empresarios para que favorezcan al Gobierno, lo que precipitó la caída del régimen. Fujimori abandonó el país solicitando permiso para participar en la cumbre del Foro de Cooperación Económica Asia-Pacífico para luego dirigirse a Japón, país del cual era ciudadano y desde el cual renunció por fax y donde se refugió.[69]​ El Congreso no aceptó la renuncia y lo destituyó, inhabilitándolo para ejercer todo cargo político por 10 años.[68]​

El 22 de noviembre de 2000 el entonces Presidente del Congreso, Valentín Paniagua, fue investido como nuevo Presidente de la República ante la renuncia de los dos vicepresidentes.[70]​ El gobierno de transición se orientó a la organización de nuevas elecciones y a una profunda campaña de moralización del aparato público y las fuerzas militares que habían caído bajo la influencia del sistema. El Presidente firmó contratos de explotación para los yacimientos de gas de Camisea, y convocó a una polémica Comisión de la Verdad para investigar la lucha contra el terrorismo de los últimos años.[71]​

 

Ollanta Humala junto a otros mandatarios en la cumbre de Unasur, realizada tras ser elegido como nuevo presidente del Perú.

En las elecciones del 8 de abril de 2001, Alejandro Toledo fue declarado como nuevo Presidente de la República. Estas se caracterizan también por el retorno de Alan García y su muy sorpresivo segundo lugar en la contienda electoral. La paradoja del gobierno de Toledo es que gozó de baja popularidad, envuelto en acusaciones de corrupción de la más variada índole, mientras la economía peruana logró superar la recesión y tuvo un gran crecimiento especialmente en la capital, la sierra central y la costa norte.[72]​[73]​ En este período se inició la negociación de un Tratado de Libre Comercio con los Estados Unidos el cual en su momento no era visto con buenos ojos por los campesinos del país porque temían que tuviera un efecto negativo sobre sus economías.[74]​

En las elecciones del 9 de abril y el 4 de junio de 2006 fue reelegido Presidente Alan García, (con un discurso y perfil más moderado y reivindicador pese a su primer gobierno) frente al exmilitar Ollanta Humala.[75]​ En las elecciones de 2011, Humala pasó a segunda vuelta junto con Keiko Fujimori, hija del expresidente Alberto Fujimori, preso por delitos de lesa humanidad. Humala ganó en la primera vuelta dejando a Keiko Fujimori en empate técnico ante el economista y candidato liberal, Pedro Pablo Kuczynski. En la segunda vuelta, el nacionalista Ollanta Humala fue elegido Presidente, por un margen de 2 % de ventaja.[76]​ En las elecciones generales del 2016, el economista Pedro Pablo Kuczynski fue electo Presidente luego de vencer a Keiko Fujimori con un margen muy ajustado.[77]​

 

Pedro Pablo Kuczynski durante el primer intento de vacancia. El vicepresidente Martín Vizcarra (primero a la izquierda) terminaría asumiendo la presidencia unos meses después tras la renuncia de Kuczynski en medio de un segundo intento de vacancia.

El 15 de diciembre de 2017 el Congreso del Perú admitió un pedido de vacancia presidencial el cual no alcanzó el mínimo de 87 votos necesarios para ser aprobado.[78]​ Días después Kuczynski le concedió un indulto humanitario y derecho de gracia al expresidente Alberto Fujimori, quien cumplía una condena de 25 años por crímenes contra los derechos humanos.[79]​ El 20 de marzo de 2018, a dos días de un segundo pedido de vacancia presidencial decidió renunciar a la presidencia, ocupando su lugar el vicepresidente Martín Vizcarra.[80]​

El gobierno de Vizcarra, si bien heredó la debilidad parlamentaria de su predecesor, intentó en un principio mantener buenas relaciones con la oposición. Sin embargo, el escándalo dentro del Consejo Nacional de la Magistratura reinició el enfrentamiento entre el Congreso y el Ejecutivo.[81]​ Las iniciativas reformistas gubernamentales fueron acogidas con rechazo por la oposición, por lo que el gobierno empleó la cuestión de confianza ministerial y convocó a un referendo (9 de diciembre) para lograr su aprobación.[82]​

Tras ello, el Ejecutivo continuó sus iniciativas reformistas (incluyendo varios proyectos de reforma política) para mejorar las relaciones y el equilibrio entre ambos poderes. Sin embargo, el Congreso nuevamente acogió con reticencias esos proyectos y, tras la recomposición de la oposición, se exacerbó el enfrentamiento. Tras el rechazo de su iniciativa de adelanto de elecciones generales y la inminente elección de miembros del Tribunal Constitucional, se empleó nuevamente la figura de cuestión de confianza, que fue rechazada. Posteriormente, Vizcarra disolvió el Congreso y convocó a elecciones parlamentarias (30 de septiembre de 2019).[83]​ El nuevo Congreso fue elegido en enero de 2020.

Desde marzo de 2020, el gobierno peruano enfrenta a la pandemia de COVID-19. En noviembre de ese año, en un segundo intento, el Congreso destituyó por incapacidad moral a Vizcarra.[84]​ La sucesión presidencial recayó sobre Manuel Merino, hecho que desencadenó manifestaciones en su contra. En menos de una semana, y tras la muerte de dos manifestantes, Merino renunció al cargo. El 17 de noviembre, el Congreso eligió a Francisco Sagasti como nuevo Presidente de la República, que gobernó bajo el autodenominado «gobierno de transición y emergencia». Durante su corto período, inició una campaña de vacunación contra la covid-19, heredó una crisis política causada por el denominado vacunagate y, tras una reñida elección, entregó el poder a su sucesor Pedro Castillo.[85]​ Su gobierno estuvo marcado por la polémica debido al nombramiento de funcionarios públicos no idóneos e incluso con antecedentes penales, así como una animadversión con gran parte de la prensa y acusaciones de corrupción, lo que agravó la crisis política.[86]​ [87]​

Cerca de un tercer proceso de vacancia presidencial por parte del Congreso, el 7 de diciembre de 2022, Castillo anunció el cierre del Congreso y la instauración de un «gobierno de excepción», lo que fue considerado un autogolpe de Estado.[88]​[89]​[90]​ La medida fue condenada por los organismos judiciales,[91]​[92]​ y originó la renuncia de gran parte de la cartera de ministros.[93]​ El mismo día, el Congreso votó a favor de la destitución de Castillo y fue detenido por la Policía Nacional.[94]​ Horas más tarde, la vicepresidenta Dina Boluarte asumió el cargo vacante, por sucesión constitucional, convirtiéndose en la primera mujer en ocupar la presidencia del país.[95]​Este conjunto de eventos dio inicio a una serie de protestas y violencia por parte de un sector opositor de la población peruana y diversas organizaciones sociales, especialmente en la sierra del país.[96]​[97]​[98]​[99]​[100]​