El territori del que avui es coneix com l'Equador fou habitat per diverses cultures des d'uns 15.000 anys aC, i potser, fins i tot, des d'uns 30.000 anys. El període prehistòric (anterior a l'arribada dels conquistadors espanyols) s'acostuma a dividir en quatre grans etapes: el període paleoindi (fins a uns 3500 anys aC), el període formatiu (del 4500 al 300 aC), el període de desenvolupament regional (300 aC - 800 dC) i el període d'integració (800 - 1534). Entre les cultures més importants de l'època prehistòrica, podem destacar la cultura valdivia (3500 - 1500 aC), la cultura chorrera (900 - 300 aC), la cultura de La Tolita (600 aC - 400 dC) i la cultura cañari (400 -1532), entre d'altres.

Poc abans de la conquesta inca, es formaren grans confederacions de pobles, com la quitu o caranqui (coneguda posteriorment amb l'equívoc nom de "Regne de Quito") o la cañari. Pels voltants de 1450, l'inca Túpac Yupanqui començà la conquesta del territori equatorià, completada uns 30 anys després. La dominació incaica s'estroncà amb l'arribada dels espanyols, que sobre l'antic territori del "Regne de Quito" crearen la Reial Audiència de Quito, dins del Virregnat del Perú.

El moviment d'independència s'inicià ja al final del segle xviii, amb els escrits d'Eugenio Espejo i altres il·lustrats. El primer grito d'independència es produí el 10 d'agost de 1809 a Quito, però no fou fins al 24 de maig de 1822, després de la Batalla del Pichincha, quan quedà establerta la independència formal de la nova república. Entre aquest any i el 1830, l'Equador quedà integrat a la Gran Colòmbia. La nova república independent visqué uns primers anys força inestables, sota el govern del general Juan José Flores i els seus successors. Els darrers anys del segle xix estan dominats per les grans figures antagòniques de Gabriel García Moreno, conservador, i Eloy Alfaro, progressista.

El segle xx es caracteritza per una certa inestabilitat política (57 presidents des del 1900) i per guerres periòdiques amb el Perú (1941, 1981 i 1995) a causa dels drets sobre grans àrees de territori amazònic i de límits fronterers, segellades amb el tractat de pau de 1998 signat pels presidents Alberto Fujimori i Jamil Mahuad. Els anys 1970 i 1980 veuen una certa estabilitat i prosperitat econòmica gràcies a les primeres grans explotacions petrolieres de la selva amazònica. El 1978, després de la dictadura de Guillermo Rodríguez Lara (El bombita) s'inicia el període democràtic més llarg que ha viscut el país i que dura (si bé de manera inestable en molts casos) fins a l'actualitat.

A final dels anys 1970 i principis de 1980, el país és dirigit per polítics capaços i dinàmics, com Jaime Roldós o Osvaldo Hurtado, però diversos conflictes i divisions polítiques trenquen aquesta tendència. El darrer període està marcat per la crisi dels anys 1990, que ha donat lloc al fenomen migratori més important del país, i a la dolarització de l'economia l'any 2000, que tot i que ha aconseguit deturar la inflació, ha abocat una part de la població a la pobresa.

El 24 de juny de 2009 s'uní a l'Aliança Bolivariana per les Amèriques,[1] que va deixar en agost de 2018.[2]