O mosteiro foi fundado no século XIV por Changzem Tserab Zangpo, um discípulo de Tsongkhapa, o fundador da seita Gelug.[1] A história do vale de Nubra e do mosteiro só é conhecida a partir do século XIV. O ladaque era então governado pelo rei Grags-pa-‘bum-lde (1400–1440) e pelo seu irmão, que tentaram, sem sucesso apoderar-e, do vale de Nubra, que estava sob o domínio de um governante local chamado Nyig-ma-grags-pa. Este apoiou a seita Gelug na construção do mosteiro em Diskit e na divinização do ídolo de Tsongkhapa do mosteiro.[2]

Durante o reinado de Blogros-chog-idan (1440–1470), que chegou a controlar o Tibete Ocidental, Panchen Lha-btsun, um natural do vale de Nubra, estudou no Tibete e depois foi assistente do fundador do mosteiro de Tashilhunpo, antes de, nos últimos anos de vida, voltar a Nubra. Em 1500, o Ladaque era governado por Bkra-shis-rnam-rgyal, que combateu o invasor Mirza Haider, da Ásia Central, no vale de Nubra e perto de Lé. O invaor acabou por ser vencido e Nubra passou a ser controlado pelo rei ladaque. Não obstante, os líderes locais mantiveram algum poder em Diskit e Hunder. Após esta guerra, começaram a instalar-se em Nubra muçulamos xiitas. O filho de Bkra-shis-rnam-rgyal, Tshedbang-rnam-rgyal governou o Ladaque a partir de 1530 e expandiu o reino. Os habitantes de Nubra impediram-no de invadir Hor, em Sinquião (Xinjiang), pois o comércio com Iarcanda era considerado crucial para Nubra.[2]

Segundo os registos históricos, durante o reinado de Jams-dbang-rnam-rgyal os habitantes de Nubra pagaram tributo ao rei do Ladaque. O rei Bde-‘Idanrnam-rgyal (1620–1645) derrotou os baltis e os mogois. Os reis Rgyal eram muito religiosos e construíram muros de pedras manis por todo o reino, além de contratrarem monges para recitarem hinos de Mani-tung chur no vale de Nubra e outras áreas vizinhas. Em meados do século XVIII, Tshe-dbang-rnam-rgyal entregou o controlo do mosteiro de Diskit ao Rinpoche do mosteiro de Thiksey, uma situação que se mantém até hoje.[2]