La cattedrale fu fatta costruire dal duca Mansone I a partire dall'anno 987 accanto a quella del IX secolo. In quei tempi i due luoghi di culto venivano ad essere officiati contemporaneamente come avveniva in tutte le chiese paleocristiane della Campania.

Ben presto le due chiese, entrambe a tre navate, furono unite e formarono così un'unica chiesa in stile romanico a sei navate (già dal 1176 l'edificio più antico è menzionato come semplice navata della cattedrale[1]). A partire dal 1266 le navate si ridussero a cinque a seguito dell'abbattimento della navata sinistra della chiesa più antica per consentire la costruzione del chiostro del Paradiso.

Nel periodo successivo alla controriforma i due originari edifici sacri tornarono ad essere distinti e quello più antico divenne la basilica del Crocifisso. Ulteriori interventi avvennero tra il XVI secolo e il XVIII secolo.

Il 24 dicembre 1861 sotto l'azione di un forte vento, un tratto del coronamento della facciata, in cattivo stato di conservazione, cadde sfondando una o due volte del sottostante atrio. Tale accadimento, grazie al parere favorevole al restauro stilistico della Giunta delle Belle Arti ha fatto sì che, nonostante il danno fosse leggero, le stratificazioni sulla facciata (dell'epoca rinascimentale, barocco, ecc.) siano state cancellate, ricostruendola secondo lo stile dell'architetto Lorenzo Casalbore, che demolì il portico, i capitelli, le cornici, lo stesso intonaco e le basi e le paraste del Settecento, messe in opera da Arcangelo Guglielmelli, al fine di riprodurre l'originario stile della chiesa. La rimozione dell'evento dalla memoria collettiva degli amalfitani contribuì a fortificare la tesi che mise in atto il sindaco del paese Salvatore Amatruda per giustificare questo "rinnovamento" della facciata, ovvero che la chiesa era, quasi del tutto, crollata. Alcune fonti scritte, probabilmente appartenenti agli esperti di restauro che furono nominati dalla Giunta delle Belle Arti, dicono: "Se questo ragguardevole monumento fosse liberato e svestito dalle sovrapposizioni barocche che in tempo più vicino a noi lo hanno deturpato e travisato, presenterebbe una singolare novità di stile, così nell'insieme della sua struttura, come nelle decorazioni veramente stupende. Intanto è opera certamente lodevole il poter ridare a questo monumento almeno l'antico aspetto nella parte che riguarda la fronte esterna".[2]