Suor Serafina di Dio, al secolo Prudenza Pisa, invocò l'arcangelo Michele affinché liberasse Vienna dall'assedio degli ottomani, che perdurava da due mesi: fu così che il 12 settembre 1638 il re Giovanni III Sobieski, a capo della coalizione cristiana, riuscì nell'impresa di sconfiggere l'esercito nemico, nei pressi del Kalhenberg[1]. Per mantenere fede al voto fatto la suora iniziò la costruzione di sette monasteri di clausura[2], tutti che si ispiravano alle regole dettate da santa Teresa d'Ávila, in diversi punti della Campania, precisamente a Capri, ad Anacapri, a Vico Equense, a Fisciano, a Torre del Greco e due a Massa Lubrense[1]. Quello di Anacapri, che ospitava monache di clausura, venne ricavato riutilizzando un conservatorio musicale e verteva intorno a due chiostri[3].

Circa un decennio dopo la fondazione del monastero[4], precisamente nel 1698, suor Serafina volle edificare anche una chiesa[1]. Con molta probabilità si occupò del progetto Domenico Antonio Vaccaro[5]: la chiesa, nelle sue forme infatti, risulta essere molto simile alla chiesa di Santa Maria della Concezione a Montecalvario a Napoli[6], realizzata dallo stesso Vaccaro pochi anni dopo; inoltre, presumibilmente, l'artista era già stato sull'isola di Capri per un suo intervento durante la costruzione della chiesa di Santa Sofia[6]: tuttavia anche di questo non si ha la certezza. Due storici, Camillo Napoleone Sasso e Roberto Pane non citano però nei loro testi il Vaccaro: in un secondo momento però Pane sembra concordare con quanto detto da Amedeo Maiuri per l'attribuzione del disegno all'architetto napoletano[6]; inoltre è noto un carteggio tra le monache e il Vaccaro nel 1715 ed un pagamento effettuato a suo nome nel 1719[7]. I lavori di costruzioni iniziarono nel luogo in cui precedentemente sorgeva la chiesa di San Nicola, di cui si conserva il chiostro e il campanile[1], utilizzando, secondo Niccolò Antonio Squillace, le offerte di quindicimila ducati napoletani[2] di Antonio Migliacci, un gentiluomo sardo che soleva risiedere sull'isola di Capri durante il periodo estivo, invece di restare a Napoli, città dove viveva. Tuttavia i lavori si fermarono per mancanza di fondi[2]: fu soltanto grazie a monsignore Michele Gallo di Vandeneynde, vescovo di Capri dal 1690 al 1727, che, utilizzando interamente il suo patrimonio personale[2], la struttura venne portata al termine. La chiesa venne consacrata nel 1719[5].

Tra il 1806 e il 1808, durante l'occupazione inglese, il tempio venne soppresso[8] e con l'arrivo dei francesi, nel 1808, fu soppresso anche il monastero: l'intero complesso venne utilizzato come deposito e alloggi per i militari[9]. Nel 1814, quando i militari abbandonarono la struttura per una sistemazione più comoda, furono avanzi dei progetti di restauri: questi iniziarono nel 1815, per terminare nel 1817, quando la chiesa venne riaperta al culto, precisamente il 10 giugno, grazie ad un regio decreto firmato da Ferdinando I delle Due Sicilie, il quale l'affidava alla Congregazione laica dell'Immacolata Concezione, fondata nel 1865; il convento venne venduto a privati[10]. La congrega, nel corso degli anni, si è occupata del mantenimento e dei successivi restauri della chiesa.[11]