Affreschi volta navata. Statua della Madonna di Trapani di Antonello Gagini.Epoca aragonese 1398, È documentata la chiesa di Sant'Elia a «Porta Giudaica».[1]Epoca spagnola 1557 - 1565, La corporazione dei falegnami per ordine del Viceré di Sicilia Juan de la Cerda 4º duca di Medinaceli, è costretta ad abbandonare la primitiva chiesa di San Giuseppe contigua al monastero di Montevergine. I falegnami ottengono la chiesa di Sant'Elia a «Porta Giudaica» con l'obbligo di non mutare il titolo.[2] XVI secolo, Muta il nome del luogo di culto divenuto chiesa di San Giuseppe dei Falegnami.

I Padri Teatini giungono da Napoli per stabilirsi a Palermo intorno al 1600 su invito del Senato e dalla nobiltà palermitana. La loro prima sede è il convento adiacente alla chiesa di Santa Maria della Catena.

1602, I Teatini ottengono la chiesa di Santa Maria della Catena ma, non godono dei privilegi e delle rendite ad essa assegnati. 1602, I religiosi ottengono la chiesa di San Giuseppe dei Falegnami dal ceto omonimo con l'impegno di costruire una cappella nella nuova chiesa, l'Oratorio di San Giuseppe dei Falegnami e festeggiare le ricorrenze annuali di San Giuseppe e di Sant'Elia[non chiaro], santi protettori titolari del luogo di culto. 1603, Insediamento nella chiesa di San Giuseppe dei Falegnami.

La costruzione dell'edificio e delle pertinenze s'inserisce nel grande progetto urbanistico della città che prevede la realizzazione della principale arteria cittadina costituita dal taglio della via Maqueda, in onore del Viceré Bernardino de Cárdenas y Portugal Duca di Maqueda, che interseca perpendicolarmente il primitivo Cassaro. Si assiste quindi alla demolizione di antiche strutture per l'edificazione di manufatti che costituiscono la quasi totalità dei tesori artistici che compongono attualmente il patrimonio storico e artistico di Palermo. L'architetto non fu Giacomo Besio o Jacopo, savonese dell'Ordine Chierici Regolari Teatini e conosciuto a Genova come squisito scalpellino nella chiesa di San Siro. Non diventò mai sacerdote, fu autore della sola sacrestia della chiesa palermitana e direttore dei lavori di costruzione fino al compimento.

1612, Avvio lavori dell'attuale chiesa, arcivescovo Giannettino Doria.[3] Architetto Pietro Caracciolo[4], Giacomo Besio autore della sacrestia.[5] 1632, Inaugurazione presenti l'arcivescovo Giannettino Doria e il Viceré Fernando Afán de Ribera y Enríquez, duca d'Alcalà.[6] 1645, Perfezionamento di Piero Faxardo Zuniga y Requesens, marchese de Los Veles, e dei Padri dell'Ordine dei Teatini. 1677, Consacrazione solenne da parte del vescovo Giuseppe Cicala.Epoca contemporanea XX secolo, Restauro: la riscoperta e la rivalorizzazione di molteplici tesori d'arte. 1943 1º marzo e 9 maggio 1943, Bombardamenti di Palermo. 1950 - 1954, Gli affreschi della volta della navata centrale sono gravemente danneggiati durante le incursioni aeree e interamente rifatti insieme alla decorazione plastica. La volta centrale è totalmente ricostruita grazie all'apporto fotografico, così pure il pavimento. 2011, Restauro promosso dal Ministero dell'Interno per la minaccia concreta di infiltrazioni dal tetto per la prevenzione di conseguenti danni alla volta e alle pareti.