Epoca araba 884, È documentato il convento e il tempio di San Filippo d'Argirò fondato dai monaci basiliani[1] per opera dei genitori di San Filippo diacono palermitano.[2]Epoca normanna 1072, Roberto il Guiscardo e la moglie Sichelgaita promuovono ed edificano sul preesistente luogo di culto la badia di Santa Maria alla Grotta retta secondo la regola basiliana.[3][4] Gli storici commentatori Goffredo Malaterra, Tommaso Fazello e Rocco Pirri fanno riferimento nelle loro opere all'impianto normanno. L'attuale Cappella di Sant'Anna sovrasta la Grotta. 1128, Cristodulo Rozio, ammiraglio antiocheno al servizio di Ruggero II di Sicilia, finanzia l'istituzione.[3] 1130, Ruggero II di Sicilia dona al monastero di Santa Maria della Grotta dell'Ordine basiliano di Marsala l'isola di Mozia comprendente la chiesa di San Pantaleo e le Saline. A questi possedimenti si aggiungono la chiesa di San Giovanni Battista al Boeo sul promontorio Lilibeo, la chiesa di Santa Croce. Fuori città la chiesa di San Michele Arcangelo (o Sant'Angelo) al Rinazzo presso il feudo Farchina, la chiesa di Santa Venera e un ampio giardino in località Eraclia, l'odierna Rakalia.[5] Da Agostino Inveges a Palermo, per converso sono documentate come dipendenze della chiesa di Santa Maria della Grotta: la chiesa dei Santi Cosma e Damiano,[4] la chiesa di San Michele de Indulcis e la chiesa di San Leonardo de Indulcis rispettivamente le odierne chiesa di San Michele Arcangelo e chiesa dei Santi Crispino e Crispiniano. È documentata l'esistenza della chiesa di San Pantaleone al Cassaro. 1131 maggio, Decreto di Ruggero II di Sicilia, con il quale sancisce l'elevazione del monastero del Santissimo Salvatore ubicato sulla "lingua phari" di Messina a «mandra» o «Mater Monasteriorum» ossia guida di tutti i monasteri basiliani di Sicilia e di Calabria. Pertanto entrambe le abbazie di Santa Maria della Grotta di Palermo e Marsala dipendevano dall'Archimandritato del Santissimo Salvatore di Messina.Epoca sveva 1197, Enrico VI di Svevia e Costanza d'Altavilla aggregano la struttura palermitana con l'omonima chiesa di Santa Maria della Grotta di Marsala, unione confermata da bolla pontificia di Papa Innocenzo III.[6] Grazie ai privilegi concessi l'abbazia palermitana ha la supremazia numerica, di prestigio e di potere. Accentra le pertinenze basiliane appartenenti alla sede lilibea. In epoca sveva non è ricostituita la diocesi di Marsala, essa confluisce ed è amministrata territorialmente dalla diocesi di Mazara del Vallo. 1220, Pietro Chiaramonte, fratello del beato Atanasio Chiaramonte, è abate del monastero di Santa Maria alla Grotta.[6] 1498, Commendatario De Leo.[4]Epoca spagnola 1549, I Gesuiti sbarcano a Palermo insediandosi prima nelle case di Sigismondo Platamone, messe a disposizione dal Senato palermitano, presso la chiesa della Madonna della Misericordia ai «Lattarini»[7] sotto la protezione del viceré di Sicilia Juan de Vega, già promotore dell'insediamento dei Gesuiti a Messina, dove venne fondato il primo collegio della Compagnia di Gesù nel 1548. 1551, Successivamente la compagnia trasferisce le scuole presso la chiesa di Sant'Antonio.[7] L'«asilo degli orfani» fu temporaneamente allocato presso le strutture della chiesa di San Giacomo la Mazzara. 1553, Grazie al successo riscontrato nell'insegnamento, con l'intermediazione dell'imperatore Carlo V d'Asburgo,[4] i religiosi ottengono la chiesa di Santa Maria alla Grotta.[7] Ai Gesuiti è riconosciuto il diritto di sedere al ventunesimo posto nel Parlamento siciliano come rappresentanza ecclesiastica, funzione svolta da un procuratore nominato allo scopo. 1564 - 1577, Avvio e costruzione del primo impianto conventuale della Compagnia di Gesù sotto il patrocinio del Senato di Palermo e direzione dei lavori a cura del fratello architetto Giovanni Tristano, «consiliarius aedificiorum» in trasferta da Roma. È mutato il titolo in chiesa dei Santi Filippo e Giacomo[4] per essere in seguito cambiato in chiesa di Gesù di Casa Professa.[4][8] La costruzione della chiesa annessa iniziò contemporaneamente alla casa madre (Casa Professa). La grande costruzione venne ideata da Giovanni Tristano, sul modello della Chiesa del Gesù a Roma con unica navata con ampio transetto e ampie cappelle laterali. Agli inizi del XVII secolo per adeguarla alle esigenze di grandiosità tipiche dell'architettura gesuita, su progetto di Natale Masuccio e Tommaso Blandino furono abbattuti i muri divisori delle cappelle, ottenendo così tre navate. 1571 - 1586, Fondazione e edificazione del Collegio Massimo al «Cassaro»[9] per opera di Giuseppe Giacalone.1604, Demolizione delle chiese e dei manufatti preesistenti compresa la chiesa della confraternita di San Cosma e Damiano. Il luogo di culto sorgeva sull'area corrispondente all'attuale Cappellone, Cappella di San Giuseppe, Cappella di San Francesco Saverio.[8] È altresì aggregata la Grotta di San Calogero. Il luogo era tradizionalmente rifugio di eremiti, in particolare San Calogero dimorò nella grotta: tuttora vi si trovano catacombe paleocristiane. 1606, Il venerabile Antonino Natoli da Patti, autore di diverse grazie e miracoli, visitò a lungo la Chiesa. 1610, Demolizione della chiesa e dell'Ospedale di San Dionisio l'Aeropagita.[8] 1615, Riedificazione del monumento. Rientra nelle possibilità economiche dei Gesuiti il rifacimento e l'abbellimento della chiesa. Completamento della chiesa di Santa Maria della Grotta al Cassaro. 1622, Anno della canonizzazione di Sant'Ignazio di Loyola e San Francesco Saverio. 1628, Demolizione della chiesa della Madonna delle Raccomandate e dell'Ospedale dei Convalescenti.[10]1636 16 agosto, Solenne consacrazione presieduta dal cardinale Giannettino Doria.[11] 1658, Realizzazione e completamento della cupola. Nel processo d'ingrandimento del cantiere e nella realizzazione di nuovi ambienti si alternano alla direzione dei lavori l'architetto Alfio Vinci, per la cupola Agazio Stoia da Napoli. 1670, Anno della canonizzazione di San Francesco Borgia.Epoca contemporanea  Intarsi marmorei. Intarsi marmorei. Intarsi marmorei.1767, Soppressione della Compagnia di Gesù. A Palermo ai gesuiti è riconosciuto il solo compito dell'insegnamento scolastico. In tale contesto la gestione del tempio è affidata al parroco dell'Albergaria. 1781 20 febbraio - 1801 3 giugno, Durante i restauri della cattedrale di Palermo il Capitolo metropolitano e gli uffici parrocchiali sono trasferiti presso Casa Professa che in tale frangente assume il titolo e ricopre le funzioni di Concattedrale. 1805, Ristabilimento della Compagnia e restauro della chiesa. 1860, I Gesuiti sono cacciati da Palermo. 1866, Leggi eversive. Trasferimento al demanio di tutti i beni. Gran parte dei quadri e degli arredi sono asportati e collocati nel museo nazionale. 1892, Il cavaliere Salvatore Di Pietro, rettore di Casa Professa, ottiene tramite il ministro della pubblica istruzione Paolo Boselli che il tempio sia dichiarato monumento nazionale. 1937, Causa infiltrazioni è decretata la distruzione della volta pericolante e del ricchissimo ciclo di affreschi. 1943 9 maggio, I bombardamenti della seconda guerra mondiale pongono fine all'uso scriteriato dell'insigne monumento. Durante un'incursione una bomba s'abbatté proprio sulla cupola della chiesa causandone il crollo che danneggiò i manufatti interni adiacenti. Andò perduta gran parte delle pitture del presbiterio e del transetto. La cupola fu interamente ricostruita con tecniche moderne che prevedevano l'utilizzo del calcestruzzo armato realizzando una struttura a doppia calotta nervata, dissimulata dai rivestimenti esterni. Il progetto ed i calcoli strutturali vennero redatti dall'ing. Giovanni Crinò (n. 1903). 1954 - 1956, Conclusione ciclo di restauri e riapertura al culto, l'esteso affresco della volta della navata centrale è opera di Federico Spoltore e Guido Gregorietti.