Secondo la leggenda, le origini della basilica sono connesse a una visione del doge Jacopo Tiepolo, che donò nel 1234 l'oratorio di San Daniele ai frati domenicani, presenti in città da oltre dieci anni. Subito si costruì la chiesa duecentesca, dedicata ai martiri romani del IV secolo Giovanni e Paolo. L'aumento dell'attività dei frati domenicani impose ben presto un ampliamento, che fu diretto dai due frati domenicani Benvenuto da Bologna e Nicolò da Imola; il cantiere fu chiuso nel 1343, ma i lavori di abbellimento durarono ancora quasi un secolo: il 14 novembre 1430, la chiesa fu solennemente consacrata. Nel 1581, il monastero ospitava 35 religiosi ed era uno dei più grandi della città.[1] Da allora fu continuamente arricchita di monumenti sepolcrali, dipinti e sculture opera dei maggiori artisti veneziani, finché nel 1807, in piena età napoleonica, i domenicani vennero allontanati dal loro convento, trasformato in ospedale, e la chiesa viene privata di numerose opere d'arte. Nella notte tra il 15 e il 16 agosto 1867 un incendio distrusse completamente l'annessa Scuola Grande del Rosario (ora cappella), insieme ai dipinti che vi erano conservati. Il restauro di questa cappella si concluse nel 1959.