כבר בתקופה הרומית הייתה באזור קובנט גארדן התיישבות כפרית (שנעזרה במרכז העירוני הרומאי הקרוב - לונדיניום).

השם "קונבנט גארדן" (באנגלית: "גן המנזר" - שם ששובש מאוחר יותר לשם הנוכחי "קובנט גארדן") ניתן למקום בתקופת מלכותו של המלך ג'ון (1199 -1256) והתייחסה לשטח של כ-160,000 מ"ר במחוז מידלסקס. באזור זה היה למנזר סנט פיטר שבווסטמיסטר גן מטבח בו גידלו מזון עבור המנזר ועבור העיר לונדון.

בעת ביטול המנזרים על ידי המלך הנרי השמיני החרים בית המלוכה את האדמות. הנרי השמיני החכיר את האדמה לג'ון ראסל, הרוזן הראשון מבדפורד שהיה ראש הצי הבריטי באותה עת. המלך אדוארד השישי נתן את שארית הגן לאדוארד סימור, דוכס סומרסט בשנת 1547, והוא בנה במקום את בית סאמרסט בצידו הדרומי של הסטרנד שנה מאוחר יותר. כאשר הוצא סימור להורג בגין בגידה בשנת 1552 הוחרם השטח על ידי בית המלוכה.

במאה ה-17 פותח האזור על ידי פרנסיס ראסל, הרוזן הרביעי של בדפורד, על פי תוכניות של האדריכל איניגו ג'ונס.

האזור הפך מרכז מסחרי עיקרי בלונדון מאחר שהשרפה הגדולה של לונדון בשנת 1666 העלתה באש את השווקים האחרים. השוק שימש בעיקר שוק מזון, אולם מוצרים אקזוטיים רבים יובאו לאנגליה והובאו ללונדון דרך התמזה ונמכרו בשוק המצוי בקרבת הנהר.

מופע פאנץ' וג'ודי הראשון המתועד (ביומנו של סמיואל פיפס) נערך בשוק בשנת 1662.

מבנה קובנט גארדן של ימינו נבנה ב-1830 עבור הסוחרים בשוק והוא פעל בתפקידו זה במשך כמעט 150 שנה, אלא שבתחילת שנות ה-70 של המאה ה-20 כבר לא ניתן היה לשלוט בפקקי התנועה סביב השוק שנגרמו בשל המשאיות שהביאו תצרוכת לשוק. בעקבות כך נערכו תוכניות להריסת הבניינים, אך בשל התנגדות ציבורית לפרויקט הורה רוברט קאר, שר הפנים דאז, על מתן מעמד של בניינים היסטוריים לבנייני הכיכר ובכך מנע הריסתם.

בשנת 1973 עבר השוק לאתר חדש (ונקרא שוק קובנט גארדן החדש) והכיכר שופצה והפכה למרכז קניות וחנויות בשנת 1980. במקום ממוקם מוזיאון התחבורה של לונדון ובית האופרה המלכותי של לונדון.