קתדרלת סנט פול הישנה לפני 1561, אז נהרס הצריח הגבוה. הקתדרלה בשנת 1896. אולם התווך של הקתדרלה

בתקופה הרומית עמד במקום שבו עומדת הקתדרלה מקדש לאלה דיאנה, שניצב בקו ישר עם מקדש לאל אפולו שעמד בווסטמינסטר.

כנסייה לפול הקדוש עמדה במקום החל משנת 604. זו נשרפה בשנת 675 ונבנתה מחדש באותה שנה. את הכנסייה השנייה שרפו הוויקינגים בשנת 962. בשנת 1087 החלו הנורמנים לבנות כנסייה חדשה באותו מקום, והעבודות הסתיימו בשנת 1310. הקתדרלה שנבנתה הייתה הגדולה באנגליה והשלישית בגודלה באירופה. צריח הכנסייה היה המבנה הגבוה באירופה עד שנת 1561, אז נשרף על ידי ברק שפגע בו, ולא נבנה מחדש. הקתדרלה נשרפה בשנת 1666 בשרפה הגדולה של לונדון. בשנת 1668 מונה כריסטופר רן לתכנון ולבנייה מחודשת של הקתדרלה זו וכ-50 כנסיות אחרות.

בתקופת הבליץ במלחמת העולם השנייה, נפגעה הקתדרלה בהפצצות ב-10 באוקטובר 1940 וב-17 באפריל 1941. ב-12 בספטמבר 1940 נוטרלה והוצאה מהקתדרלה פצצה שטרם התפוצצה, ועלולה הייתה להרוס את הקתדרלה כליל, כפי שהסתבר בעת שפוצצה מאוחר יותר באופן מבוקר.

בהתקפת האוויר בלילה שבין 29-30 בדצמבר 1940, שכונתה לאחר מכן השרפה הגדולה השנייה של לונדון, כמעט כל בניין שסביב קתדרלת סנט פול, ברובע הסיטי של לונדון, חרב או ניזוק בהתקפה. הקתדרלה עצמה לא חרבה בזכות מאמצים עילאיים: מכבי האש של לונדון לחמו להרחיק את הלהבות ממנה, וקבוצה מסורה של כבאים וצופי אש, שגויסו למטרה זו בהמרצתו של ראש הממשלה וינסטון צ'רצ'יל, פעלו בחירוף נפש לכבות כל פצצת תבערה שנחתה על גג המבנה או בסביבתו. בסך הכל נפלו על הקתדרלה או בסביבתה 29 פצצות תבערה, שאחת מהן כמעט והציתה את גג המבנה. צילום מפורסם, "סנט פול שורדת" מנציח את כיפת הקתדרלה כשהיא מוקפת עשן ובניינים בוערים, אך שלמה.

בכנסייה זו התחתנו המלך צ'ארלס והנסיכה דיאנה בשנת 1981.

בעקבות המשבר הכלכלי העולמי, הקימה תנועת אוקיופיי מאהל מחאה בכניסה לקתדרלה, שנשאר במקום במשך כשנה. חלק מהבישופים והכמרים של הכנסייה האנגליקנית אף תמכו במחאה[1].