Sous la protection du prince Ivanê Zakarian[1], lors de la « renaissance zakaride » succédant aux invasions seldjoukides et à la libération du nord de la Grande-Arménie par les Géorgiens appuyés par les Arméniens[2], le monastère est fondé en 1181 par Mkhitar Goch sous le nom de Nor-Getik[3] (« Nouveau Getik »[4])[5], à la suite de la destruction par un séisme du monastère de Getik[6] (dont il ne subsiste que des ruines[7]), 20 km plus à l'est[1]. Il semble que le site ait été l'emplacement d'une forteresse de l'âge du fer, comme le laissent croire les ruines du réfectoire[7].

 Le monastère avant sa dernière restauration.

Deux premières églises en bois (Sourp Grigor Lousavorich et Sourp Karapet Hovnan, dont il ne subsiste rien[5]) font rapidement place à un premier bâtiment en pierre, Sourp Astvatsatsin[6]. Devenant un centre majeur d'enseignement sous son maître principal Mkhitar Goch[8] et participant ainsi au renouveau de l'Arménie zakaride[9], le monastère, dont la réputation s'étend jusqu'en Cilicie[10], prend son nom actuel à la mort de son fondateur (1213)[11]. Parmi les étudiants célèbres du monastère figurent Hovhannès Vanakan[12], Kirakos de Gandzak, qui en a laissé une description à son époque[13], et Vardan Areveltsi[14].

D'autres bâtiments sont érigés sous le supérieur Magistros (1213-1252) au XIIIe siècle, mais le complexe est abandonné à la fin du XIVe siècle lors des invasions timourides (avec notamment l'incendie de la bibliothèque et de ses 15 000 volumes[15]) ; il renaît du XVIIe au XIXe siècles avant d'être à nouveau abandonné[6].

Une première restauration intervient sous l'ère soviétique, de 1957 à 1966, et un petit musée est créé en 1972[16]. Une deuxième restauration a été menée après l'indépendance du pays, dans les années 2000, avec notamment la pose de toits transparents sur certains des édifices.