On ne connaît pas la date exacte de la fondation du monastère, mais on l'estime à peu près du VIIe au VIIIe siècle, peut-être même IVe siècle. Selon la tradition, il aurait été fondé au temps des premiers chrétiens et était alors dénommé Aïrivank ou « monastère rupestre ». Selon la tradition, de nombreux moines auraient mené une vie ascétique dans les grottes à flanc de falaise accessible uniquement par des échelles ou des cordes à l'époque ; saint Grégoire l'Illuminateur y aurait vécu, ainsi que le catholicos Sahak Parthev pendant la création de l'alphabet arménien. Il va devenir un grand centre du christianisme en Arménie avec une école de manuscrits et une académie de musique[1].

Pendant l'invasion arabe, il sert de refuge à la population, mais est pillé par le régent Nasr en 920 et détruit, seuls quelques bâtiments subsistant. Le monastère actuel a été fondé au XIIIe siècle, par la famille des Prochian ; l'église principale est construite en 1215 et les chapelles en 1225. Le monastère devient alors un site important de pèlerinage en raison des reliques de la Sainte Lance[2] ainsi que d'un fragment de l'Arche de Noé que les moines affirmaient posséder.

Le monastère est à nouveau détruit par les Mongols, puis par Tamerlan. Il a été aussi maintes fois endommagé par des tremblements de terre (1127, 1679, 1840) mais toujours reconstruit. Le monastère est classé depuis l'an 2000 au patrimoine mondial de l'UNESCO[3].