Le site est tout d'abord occupé par un monastère remontant à l'époque de saint Grégoire l'Illuminateur mais détruit par les Arabes ; il est le premier à être reconstruit à la fin de la période arabe[1].

Les sources tant historiques qu'épigraphiques s'accordent pour dater la fondation du monastère actuel en 874[2]. D'après une inscription retrouvée dans Sourp Arakelots, le monastère a été fondé par la princesse Mariam, fille d'Achot Bagratouni et épouse de Vasak V, prince de Siounie occidentale[3]. L'historien arménien du XIIIe siècle Stépanos Orbélian précise que le complexe est érigé à la suite d'une vision du futur Catholicos Machtots : les douze figures des Apôtres lui seraient apparues au-dessus du lac Sevan et lui auraient indiqué l'emplacement où construire un monastère ; un autre historien arménien du XIIIe siècle, Kirakos de Gandzak, confirme le lien entre le Catholicos et le monastère[4].

On sait peu de choses au sujet de son histoire. Ses bâtiments ont été restaurés aux XVIIe et XVIIIe siècles[1], et le monastère, couplé à une forteresse dont rien n'a subsisté[2], est un lieu de production de miniatures actif au long de ce dernier siècle[5], avant d'entrer en période de déclin ; on raconte même qu'au XVIIIe siècle, attendant une visite du Catholicos de l'époque, les moines, honteux de l'état dans lequel se trouvaient leurs manuscrits, les jetèrent dans le lac[4].

Au XIXe siècle, c'est un lieu de redressement pour moines pénitents d'Etchmiadzin, au régime strict : ni vin, ni viande, ni jeunes, ni femmes n'y sont admis, selon l'explorateur français Jean-Marie Chopin qui le visite en 1830[6]. L'explorateur énumère en outre à cette époque les propriétés de l'établissement : cinq villages, quatre moulins, une laiterie en ruine, quarante-six fermes, des jardins et des champs[4].

Dans les années 1930, une grande partie du monastère est détruite par les autorités soviétiques, qui ne laissent subsister que les deux églises[1]. Ces deux dernières sont toutefois restaurées en 1956-1957[2].

Aujourd'hui intégrées au séminaire adjacent, l'Académie théologique Vazkenian[7], les deux églises servent de lieu de culte tant à ses étudiants qu'aux résidents de la proche ville de Sevan[8] (même si, pour ces derniers, la situation pourrait changer avec la construction d'une nouvelle église[9]). Le monastère est en outre un des lieux les plus visités par les touristes en Arménie[10].