Fondée à l'origine au XIIe siècle par l'ordre des bénédictins afin que la population locale vivant aux alentours de l'abbaye puisse prier individuellement, dans une église paroissiale plus simple et personnelle, l'église Sainte-Marguerite fut reconstruite de 1486 à 1523 et fait historiquement partie du hundred de Ossulstone (en), dans le comté du Middlesex[1].

Elle devint l'église paroissiale du palais de Westminster en 1614, lorsque les Puritains du XVIIe siècle, mécontents de l'abbaye jugée trop liturgique, choisirent de célébrer les offices parlementaires dans l'église Sainte-Marguerite, censée être plus « appropriée ». Depuis cette époque, la coutume persiste. Le pasteur de l'église Sainte-Marguerite est un chanoine de l'abbaye de Westminster.

La tour nord-ouest fut reconstruite par John James de 1734 à 1738; à cette même période, la totalité du bâtiment fut recouvert en pierre de Portland. Les deux porches situés sur les côtés est et ouest furent ajoutés plus tard par John Loughborough Pearson (en). L'intérieur de l'église fut considérablement restauré et transformé par Sir George Gilbert Scott en 1877[2], afin de devenir ce qu'il est actuellement, bien que l'on puisse encore y voir de nombreuses caractéristiques correspondant au style Tudor.