Las catacumbas se construyeron a finales del siglo II,[1]​ con algunos subterráneos cristianos privados y de un área funeraria directamente dependiente de la iglesia romana.[2]​[3]​[4]​ Toman nombre del diácono Calixto I, propuesto por el papa Ceferino a la administración del cementerio mismo.[5]​ Subió a su vez al trono pontificio, Calixto amplió el complejo funerario, que bien pronto se convirtió en una iglesia oficial.[1]​[5]​[2]​

La catacumbas cayeron en desuso tras el entierro del Papa Cornelio en el año 253 d. C. y en siglos posteriores solo eran conocidas por un pequeño grupo de frailes locales que solían visitar las catacumbas períodicamente para realizar servicios religiosos y rezar sus oraciones (sobre todo durante el siglo XV),[6]​ aunque nunca trataron de mantener la existencia de las catacumbas en secreto ni de resguardarlas para evitar la entrada de otras personas y por tanto varios locales curiosos e incluso turistas llegaron a visitarlas a lo largo de los siglos;[6]​ por ejemplo, cuando se redescubrieron las catacumbas en 1852, se encontró grabado el nombre "Johannes Lonck" con la fecha de 1432, grabado por algún visitado del norte de Europa.[7]​[8]​

No sería hasta 1848 cuando el afamado arqueólogo italiano Giovanni Battista de Rossi las redescubrió, las reportó de manera oficial a todo el mundo y dio comienzo a las investigaciones científicas y arqueológicas formales.[6]​[7]​