1146 gründeten die Brüder Ulrich und Cholo von Wilhering mit einem Teil des väterlichen Erbes ein Kloster. Nach Ulrichs Tod übertrug Cholo die Stiftung dem Zisterzienser-Orden, woraufhin es dreizehn Mönche besiedelten, die aus Stift Rein in der Steiermark kamen. Ende des 12. Jahrhunderts wurden ein erster Klosterbau und eine Kirche errichtet. Schenkungen, vor allem durch die Grafen von Schaunberg (in zwei gotischen Hochgräbern links und rechts des Kircheneingangs ruhen Mitglieder der Familie), brachten bald beträchtlichen Wohlstand. Im Mühlviertel erfüllten die Mönche von Wilhering große kolonisatorische Tätigkeit. Mit der Pfarre Gramastetten beginnend fielen dem Stift beinahe alle in diesem Gebiet bestehenden Pfarren zu. Stift Wilhering nahm in der Folge bedeutenden wirtschaftlichen und kulturellen Aufstieg, dass es selbst Tochterklöster gründen konnte, wie Kloster Hohenfurth um 1259, Stift Engelszell im Jahr 1293 und Stift Säusenstein 1336 (die beiden letzteren ebenfalls an der Donau gelegen).[1]

In der Reformationszeit flüchtete der zum Protestantismus übergetretenen Abt Erasmus Mayer nach nur 9 Monaten Amtszeit 1544 mit der Klosterkasse nach Nürnberg. Von da ab bis 1545 verwaltete Landeshauptmann Balthasar von Presing das Stift.[2] Im Zug der Gegenreformation wurde der aus Lugano stammende Benediktinermönch Alexander a Lacu 1587 Abt des Stiftes. Er war vorher Hofkaplan Erzherzog Ernsts von Österreich und (gegen)reformierte ab seiner Ernennung das unter dem Einfluss Protestantismus stark dezimierte Kloster. Als er nach Garsten berufen wurde, übernahmen zwischenzeitlich vier Administratoren die Leitung des Stifts, bis der letzte von ihnen zum Abt ernannt wurde.

1733 wurde das Stift infolge von Brandstiftung fast vollständig zerstört. Unter Abt Johann (IV.) Baptist Hinterhölzl wurde die Kirche neu errichtet,[2] in der Folge auch die durch den Brand vernichteten Gebäudeflügel. Aus der Anfangszeit des Klosters sind – vom Brand unversehrt geblieben – ein romanisches Portal, Teile des gotischen Kreuzganges und zwei wertvolle Gräber erhalten.

Mitte des 18. Jahrhunderts erwarb Stift Wilhering den gesamten Kürnbergerwald und die dazugehörige Jagd aus landesfürstlichem Besitz.

Von den Reformen Kaiser Josephs II. blieb auch Stift Wilhering nicht verschont. Um der Schließung der Stiftskirche zu entgehen, wurde sie 1784 zur Pfarrkirche Wilhering umgewandelt.

Die Wilheringer Stiftsschule, in der junge Konventuale seit dem 16. Jahrhundert Elementarunterricht erhielten, wurde vor 1787 zu einem Sängerknabenkonvikt ausgebaut. Ab 1895 machte es Abt Theobald Grasböck schrittweise zu einem Gymnasium mit Internat. 1955 wurde an das Stiftsgebäude ein Westflügel angehängt, der der Erweiterung des Gymnasiums diente. Das Stiftsgymnasium wird derzeit von rund 500 Schülern besucht.

Kurz nach dem „Anschluss Österreichs“ im März 1938 starb Abt Gabriel Fazeny. Sein Freund, der Offizier Johann Blumenthal besuchte das Stift auch nach Fazenys Tod gelegentlich. Im Sommer 1939 erzählte er anlässlich eines Besuchs, dass er einer Widerstandsgruppe angehöre, der sich Pater Gebhard Rath anschloss. Im Frühjahr 1940 begann er Untergruppen der Großösterreichischen Freiheitsbewegung in Oberösterreich aufzubauen. Die Mitbrüder Sylvester Birngruber, Stefan Plohberger, Amadeus Reisinger, Eduard Haiberger und Theoderich Hofstätter schlossen sich ihm an und warben Sympathisanten in ihren Heimatpfarren an. Durch Verrat des Gestapo-Spitzel Otto Hartmann, der sich in Wien in die Gruppe einschleichen konnte, kam es im Sommer zu einer Verhaftungswelle durch die Gestapo. Am 26. Juli 1940 wurde Rath gefangen genommen, in den nächsten Tagen auch die anderen Patres. Die Aufdeckung der Widerstandsgruppe lieferte dem nationalsozialistischen Regime einen guten Grund, das Kloster zu enteignen und Abt Bernhard Burgstaller zu verhaften. Er starb 1941 an Unterernährung im Gefängnis.[3]

Nachdem die verbleibenden Brüder ausgewiesen worden waren, wurden bessarabiendeutsche Umsiedler im Kloster untergebracht und die Räumlichkeiten für Schulungen der NSDAP genutzt. Ab 1943 wurde hier die Technische Hochschule Linz als Reichshochschule installiert, die nur wenige Hörer hatte. 1942–1945 fungierte das Kloster auch als Kriegsgefangenenlager. Bei Kriegsende wurde hier kurzzeitig ein Lazarett eingerichtet.[4] Nach Kriegsende kehrten die des Klosters verwiesenen Mönche nach Wilhering zurück, woraufhin der Konvent bald auf über 60 Mönche anwuchs. Der Klostergemeinschaft gehören aktuell 18 Priestermönche an.[5][6][7][8]