Fossilfynd tyder på att öarna har varit bebodda av Homo erectus (Javamänniskan) redan för mer än en miljon år sedan. Homo floresiensis ("hobbitar") levde kvar på ön Flores fram till relativt nyligen, kanske 12 000–20 000 år sedan. Moderna människor (Homo sapiens) kom till regionen för 50 000–60 000 år sedan. Sannolikt rörde det sig om förfäder till Australiens aboriginer. Det malajiska folk som utgör majoritet kom till området omkring 1000 f.Kr., och de idealiska odlingsförhållandena fick till följd att de utvecklade en avancerad risodling kring vilken städer, byar och kungadömen växte upp. Omkring första århundradet e.Kr. etablerades handelsförbindelser med Kina och Indien, varmed hinduism och sedan buddhism fick fäste i landet.

Under 600-talet e.Kr. uppstod Sriwijaya-riket på hinduismens och buddhismens grundval. Det blev en mäktig kuststat som genom handeln upplevde en ekonomisk och kulturell blomstring, men gick under på 1100-talet. Under 700–900-talen bildades buddhistkungadömet Sailendra och hindukungadömet Mataram i inlandet, och från denna tid kommer flera monument, som Borobudur och Prambanan. I östra Java bildades hindukungadömet Majapahit 1294, vilket omkring år 1350 utbredde sig över större delen av Indonesien. Denna epok brukar kallas landets "guldålder".

Med handelsförbindelser kom islam till Indonesien från och med 1100-talet, och araberna bildade bosättningar i bland annat Acehprovinsen. Religionen spreds, invånarna konverterade under huvudsakligen fredliga omständigheter, och bildade den indonesiska formen av islam. Under 1200-talet besökte Marco Polo öområdet, och beskrev bland annat Sumatra, av honom kallat Java minor, som bestod av åtta kungariken: ”Ön har skatter i överflöd och alla sorters kryddor, aloeträ, sandelträ, ebenholts och många andra specerier, som på grund av resans längd och den farliga seglatsen inte förs till vårt land utan finner vägen till provinserna Manji och Kataia”.[1]

Europeiska kolonisatörer kom till området under 1500-talet, och försökte få monopol på vissa naturtillgångar. Portugisen Francisco Serrão var den förste europé som kom till landet i denna avsikt, 1512, och därefter följde britter och nederländare. Portugal var huvudsakligen intresserad av kryddorna i landet, varför Moluckerna kallas Kryddöarna; Östra Timor var koloniserat av Portugal till 1975. Nederländerna vann striden om större delen av landet, och grundade 1602 Nederländska Ostindiska Kompaniet (VOC). Det varade till omkring 1800 då kompaniet gick i konkurs, varmed nederländska staten tog över kontrollen över Indonesien, och ombildade det till en koloni. Nederländarna grundade handelsstaden Batavia (Jakarta) 1619. De infödda tvingades som småskaliga jordbrukare att producera de varor som kolonisatörerna begärde.

År 1903 intog Nederländerna Acehprovinsen och behärskade då nästan hela dagens Indonesien. Under 1900-talet växte det fram ett starkt motstånd mot kolonialmakterna, med nationalistiska, kommunistiska och islamistiska partier, som förbjöds av staten. 1908 bildades Indonesiens första nationalistparti, småningom även ett islamiskt parti och ett kommunistparti: Kommunistpartiet förbjöds av holländarna på 1920-talet. 1927 grundade den 26-årige militären Sukarno det nya Indonesiens nationalistparti (PNI), som snabbt upplöstes av holländarna. Sukarno fängslades och deporterades till en avlägsen ö.

Den nederländska koloniseringen avbröts först med andra världskriget, då Japan ockuperade landet. Många invånare var först positiva till ockupationen, som sågs som en befrielse från det hatade nederländska styret. Men japanerna förde en brutal ockupationspolitik. Många i den lokala befolkningen tvingades gå med i Japans armé. Eftersom indoneserna emellertid fick börja arbeta inom statsförvaltningen stärktes deras självkänsla.

Efter att japanerna gett upp och lämnat landet, förklarade sig Indonesien under Sukarno självständigt från Nederländerna den 17 augusti 1945. De allierade valde ändå att återlämna landet till Nederländerna. Till att börja med tog brittiska trupper kontrollen över Indonesien. Strider utbröt mellan de indonesiska nationalisterna på ena sidan och holländarna och britterna på den andra. Britterna drog sig tillbaka 1946, medan kriget mot holländarna fortsatte, det Indonesiska självständighetskriget. Ärendet togs upp i FN, men först 1947 krävde Säkerhetsrådet eldupphör.

Efter medling och rekommendationer från FN, erkände Nederländerna Republiken Indonesiens förenta staters självständighet den 27 december 1949. Den 28 september 1950 blev Indonesien medlem av FN.

Sukarno blev Indonesiens förste president, och försökte balansera de motstridiga krafterna i landet av en mäktig militär, islam, och kommunism, samt att stävja separatistiska grupper. År 1950 återkallades den federala författningen. Indonesien blev en unionsstat i enlighet med nationalisternas slagord "ett land, ett språk, ett folk". En provisorisk författning antogs som föreskrev att regeringen skulle vara ansvarig inför ett folkvalt parlament. Sukarnos maktbefogenheter inskränktes därmed avsevärt. Det parlamentariska systemet ledde emellertid till ständiga regeringskriser. samtidigt som landet splittrades av militära och muslimska motståndsrörelser. För att ena landet införde Sukarno 1959 ett system han kallade "styrd demokrati". 1945 års författning med starkt presidentstyre återinfördes. De enda grupperna med politiskt inflytande, utöver presidenten, var armén och Indonesiens kommunistparti (PKI), vilka Sukarno ömsom sökte stöd hos, ömsom spelade ut mot varandra.[2]

Sukarnos styre utmärktes framför allt av sekularisering och nationellt enande av de många olikartade öarna. År 1962 intog han Irian Jaya, och han vägrade året därefter att erkänna staten Malaysia. Detta och landets ekonomiska problem ledde slutligen till folkligt missnöje. FN tvingades ingripa i Irian Jaya. Under lång tid framöver stod FN för administrationen i området, eftersom invånarna saknade utbildning. Den 1 maj 1963 överlämnade FN Irian Jaya till Indonesien, och med hjälp av FN uppnåddes vapenstillestånd i slutet av september samma år. Sedan dess är landet en indonesisk provins. Under 1963 och 1964 skedde väpnade konflikter med Malaysia.

1955 hade Sukarno organiserat Bandung-konferensen som ett svar på att USA skapat SEATO, en politisk-militär allians mellan länder i området för att "hålla tillbaka kommunismen". I den indonesiska staden Bandung hade neutraliteten utropats som det som den underutvecklade världen skulle hålla sig till. Under det indonesiska valet 1955 försökte CIA hindra såväl Sukarnos nationalistparti som PKI genom att ge miljontals dollar till Masjumipartiet, en centerkoalition av muslimska organisationer, Försöket misslyckades.[3] 1957 ansåg CIA att det krävdes ett mer direkt agerande. Man kontaktade indonesiska arméofficerare och andra som av olika anledning ville få bort Sukarno. Dessutom agerade CIA för att få till stånd en militär aktion från USA:s sida. Organisationen spred rykten om Sukarno och försåg USA:s utrikes- och försvarsdepartement med alarmerande rapporter innan man lade fram förslaget att stödja indonesiska militärer som ville minska Sukarnos makt. Sedan CIA:s plan godkänts i november 1957 startades den paramilitära organisationen. Huvudkvarter för operationen lades i Singapore. Upprorsmän beväpnades, utrustades och utbildades av den amerikanska armen. Amerikanska flottans ubåtar patrullerade utanför Sumatras kust och landsatte trupper med förnödenheter och kommunikationsutrustning. USA:s flygvapen släppte ned vapen på indonesiskt territorium. En eskader med 15 stycken B26-bombplan gjordes tillgänglig för operationen.

Upproret började bryta ut i början av 1958 på en del av den indonesiska ökedjan, för att sedan sprida sig. Den 15 maj hade ett CIA-plan bombat Ambons marknadsplats och dödat ett stort antal civila. Tre dagar senare bombades Ambon ytterligare en gång och en CIA-pilot vid namn Allen Lawrence Pope sköts ned och tillfångatogs.[3] Sedan det avslöjats att en CIA-pilot bombat och upprorsmännen dessutom hade föga framgångar, beslöt CIA att avsluta operationen, I slutet av juni hade de indonesiska trupperna som var lojala mot Sukarno helt krossat upproret.

Den 30 september 1965 genomfördes en blodig statskupp, möjligen av kommunistpartiet PKI som pekades ut som ansvariga. Den misslyckade kuppen åtföljdes av en motkupp, och armén som tagit makten under general Suhartos ledning startade ett blodigt massmord på påstådda kommunister och kommunistsympatisörer. Antikommunistiska organisationer och individer, i synnerhet muslimer, uppmuntrades att deltaga i mördandet av alla som misstänktes för att vara PKI-sympatisörer. Indoneser av kinesiskt ursprung föll också offer, Massakern i Indonesien 1965–1966 blev en av 1900-talets värsta massakrer. Det dödades mellan 100 000 och 2 miljoner människor; uppgifterna varierar.

I mars 1967 övertog generalmajor Suharto makten från Sukarno. Under hans styre förbjöds kommunistiska partier, regimkritiker fängslades, och censuren var utbredd. De första fem åren försökte presidenten införa det slags demokratiska struktur som finns i västvärlden, men från 1970 blev hans styre allt mera auktoritärt.

Suharto styrde landet 1967-1998 och anklagas för både korruption och folkmord.

När Suharto tog makten 1965 hade Amnesty ännu inga resurser att bevaka skeendet med egna utredare. En första utredning på plats gjordes i januari 1975, och då gällde det främst de politiska fångar som fanns i landet. Man konstaterade att det fanns minst 55 000 personer fängslade utan rättegång eller dom. Det stora flertalet av dem som greps 1965 satt fortfarande fängslade, i den mån de hade överlevt.[4][5][6][7]

Åren 1997–1998 drabbades Indonesien hårt av den ostasiatiska finanskrisen, och Suharto anklagades samtidigt för korruption. Den 21 maj 1998 avgick han som president efter massiva protester mot hans styre. Hans avgång inledde den epok som kallas reformationen. Vicepresident Habibie efterträdde honom, och kvarblev på posten till valet 1999, som skedde efter flera demokratiska reformer vilka Habibie införde. Med 35 % blev PDI-P vinnare, och Abdurrahman Wahid valdes till landets president. Efter flera anklagelser mot honom, avgick han varefter vicepresident Megawati Sukarnoputri den 23 juli 2001 tillträdde som president; hon var för övrigt dotter till Sukarno. Megawati genomförde flera fundamentala demokratiska reformer. År 2004 hölls det första direkta presidentvalet i landet, varmed Susilo Bambang Yudhoyono blev president.

År 1975 invaderade Indonesien Östtimor, och ockuperade området i 25 år. Under den tiden skedde flera brott mot de mänskliga rättigheterna, vilket har fördömts internationellt. Bland de värre övergreppen var Santa Cruz-massakern 1991. År 1999 hölls ett val i Östtimor om dess framtid, då majoriteten röstade för självständighet, och efter svåra övergrepp från Indonesiens militär samt deporteringar, överlämnade Indonesien landet till FN samma år.

I provinserna Aceh, Papua och Papua Barat har det förekommit väpnade konflikter och gerillakrig med separatiströrelser. Det område som idag är Papua och Papua Barat utgör den västliga delen av ön Nya Guinea (se Västpapua) och annekterades av Indonesien 1969 efter att först ha ockuperats 1961. Indonesien har mycket hårt slagit tillbaka alla krav på självständighet, som bland annat höjts av separatiströrelsen Organisasi Papua Merdeka (OPM). Det uppskattas att hundratusentals inhemska papuaner har fått sätta livet till i konflikten.

På Bali och Jakarta har islamister genomfört terrorbombningar. Den värsta attacken var 2002, då även turister drabbades, vilket har påverkat landets turistnäring mycket negativt. Lördagskvällen den 12 oktober 2002 utgör en vattendelare i indonesisk politik. Då utfördes tre samordnade sprängattentat i turistområdet Kuta Beach på Bali. 202 människor dödades och över 300 skadades. Flertalet dödsoffer var utländska turister, däribland 88 australier och sex svenskar. Bakom dådet låg den regionala muslimska extremistgruppen Jemaah Islamiah (JI), som slogs för en islamistisk stat i den muslimska delen av Sydöstasien. Numera är JI splittrad i en mängd mindre grupper.

En väpnad kamp för självständighet pågick i provinsen Aceh på Sumatras nordspets mellan 1976 och 2005, då ett fredsavtal kunde ingås. Kriget utspelades mellan den separatistiska gerillan Rörelsen för ett fritt Aceh (Gerakan Aceh Merdeka, GAM) och den indonesiska regeringen och militären. Det beskrevs oftast som lågintensivt med perioder av offensiver från militärens sida.

Indonesien har sedan slutet av 1990-talet utvecklats i tydlig demokratisk riktning, även om rättssäkerheten ännu är svag och korruptionen utbredd. Militären har lyckats behålla ett informellt inflytande över politiken. Indonesien betecknas dock numera som en demokrati där de politiska ledarna utses i fria och rättvisa val.

I parlamentsvalet i april 2009 indikerade de första röstresultaten en seger för president Susilo Bambang Yudhoyonos parti PD.[8] Partiet har profilerat sig som reformsinnat med korruptionsbekämpning som en av de viktigaste frågorna.[9]

Joko Widodo, tidigare möbelfabrikör och guvernör i Jakarta, valdes till Indonesiens president i juli 2014. Därmed fick landet sin första statschef utan bakgrund i den traditionella politiska och/eller militära eliten. Widodo, som valdes om för en ny femårsperiod i april 2019, har fått erkännande för sina ambitiösa satsningar på infrastruktur. Samtidigt har han fått kritik för landets relativt svaga ekonomiska utveckling och – av en del konservativa krafter – för att vara "oislamisk".[10]