Tempelkomplexet byggdes omkring år 850 av antingen Rakai Pikatan, kung av den andra Mataramdynastin eller Balitung Maha Sambu under Sanjayadynastin.

Inte långt efter dess färdigställande, övergavs templet och började förfalla. En rekonstruktion av området gjordes 1918. Huvudbyggnaden stod dock inte klar förrän 1953, då det, på grund av stöld och återanvändning, är så när som omöjligt att hitta de ursprungliga stenarbetena. Ett tempel återuppbyggs endast om minst 75% av ursprungsstenarna finns. Därför är idag endast grundmurarna av de flesta mindre helgedomar synliga och de kommer inte återuppbyggas.

Prambanan är sedan 1991 ett världsarv och ett av de största hinduistiska templen i Sydostasien. Det karaktäriseras av sin stora spetsiga arkitektur, typisk för denna religions tempelbyggnader, och av den 47 meter höga centrala byggnaden innanför ett stort komplex av fristående tempel.

Templet skadades av jordbävningen på Java i maj 2006. Tidiga fotografier visade att även om komplexet tycks vara strukturellt intakt, har det fått betydande skador, med stora stenstycken, inklusive skulpterade sådana, spridda över marken. Templet stängdes därför för allmänheten till dess skadornas omfattning fastställts. Ledningen av Yogyakartas arkeologiska skyddsbyrå sade att "det kommer att ta månader att identifiera skadornas storlek".[1] Senare samma år återöppnades Prambanan, dock är området alldeles intill templet fortsatt avspärrat av säkerhetsskäl.