Raja Ampatöarna beboddes troligen av melanesier redan ca 1500 f.Kr. och har länge legat inom sultanatet Tidores inflytandeområde.

I slutet på 1600-talet anlände Holländare från Vereenigde Oostindische Compagnie (Holländska Ostindiska Kompaniet) till ögruppen som kring slutligen hamnade under nederländsk överhöghet.

Nederländerna behöll kontrollen över ön, förutom en kort tid under andra världskriget då området ockuperades av Japan, fram till Indonesiens självständighet 1949.

2003 blev ögruppen en egen kabupaten (provins) efter att tidigare tillhört i Irian Jaya Baratprovinsen.

2005 sattes ögruppen upp på Unescos världsarvlista grundad på den biologiska mångfalden i det rika havslivet med såväl koraller (cirka 75 % av världens kända korallarter finns bland revområden här), havsväxter, blötdjur (över 700 arter) och fiskar (över 1000 arter). Senare uppmärksammat i Sveriges television.[1]