元々は洗礼者ヨハネに献堂され、「聖（シント）ヤン教会」の名称だった[1]。ヘントの城壁内で最も古い教会であるが、教区民の寄進によって建設が行われたため、完成までに長期間を要している[2]。

毛織物職人のヨース・フェイトは、聖ヤン教会の管財人を務めており、1410年から1420年にかけて行われた[3]南側の礼拝堂建設に際して寄進を行った[4]。このときフーベルト・ファン・エイクに祭壇を飾る絵を注文し、これが後に『神秘の子羊』（ヘントの祭壇画）となった[4]。祭壇画は1432年に完成した。

1500年2月24日、ブルゴーニュ公フィリップの長男としてカール（のち神聖ローマ皇帝兼スペイン王）が誕生し、3月7日にその洗礼式を本教会で執り行った[5]。1538年頃、ヘントの市民たちが叛乱を企てるが、フランス王フランソワ1世から支援を得ることに失敗し、1540年2月24日に君主であるカールに無血開城する[6]。カールは首謀者らを即処刑し、ヘントの様々な特権が剥奪された[7]。この時、カールはスペイン兵を駐屯させるため聖バーフ修道院を取り壊して要塞としたため、同修道院から聖堂参事会を聖ヤン教会に移す許可を与えた[8]。以後、聖バーフ教会として知られる。

カールの長男であるスペイン王フェリペ2世がネーデルラントを継承し、1559年5月12日、司教区を再編させ、聖バーフ教会をヘント教区（英語版）の司教座聖堂とした[8]。

『神秘の子羊』は、18世紀以降、散逸及び損傷したが、1919年のヴェルサイユ条約によりドイツからベルギーに返還された[9]。しかし、1934年に盗難事件により、1枚のパネルが現在まで行方不明となっている[9]。第二次世界大戦中は、フランスに疎開させたが、ヴィシー政権からナチス・ドイツの手に渡り[注釈 1]、戦後、ヘントに返還された[10]。1986年まで、フェイト礼拝堂に飾られていたが、盗難防止等のため旧洗礼堂に移設された[11]。フェイト礼拝堂は狭く、絵全体を見ることが困難だった[12]。祭壇画は2012年から2017年にかけて、最新の科学技術を用いて修復された後、再び聖バーフ大聖堂に戻されている[13]。

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