L'Entrée de Saint Bavon au monastère de Rubens (1623), Cathédrale Saint-Bavon.

La plus ancienne mention de l'un des plus spectaculaires lieux de prière de Flandre remonte au Xe siècle. Transmarius, évêque de Tournai et de Noyon, fit ériger à cet endroit une chapelle qui portait alors le nom d'église de Saint-Jean. Au XIIIe siècle, l'église fut rénovée et agrandie ; on y ajouta une église supérieure et les chapelles rayonnantes. Le chœur fut complété d'une voûte en bois et on ajouta une tour ouest à l'édifice gothique. En 1543, on coiffa l'église d'une flèche.

La cathédrale Saint-Bavon ne porte ce nom que depuis 1559. En 1536, Charles Quint, né à Gand, prit une série de mesures répressives à l'encontre de la ville qui s'était rebellée contre l'impôt de guerre levé par l'empereur. Parmi ces mesures était prévue la construction d'une citadelle afin de surveiller la ville : ces travaux furent confiés à Adrien de Croÿ.

Il choisit l'emplacement de l'abbaye Saint-Bavon, au bord de la Lys, qu'il aménagea en citadelle, rasant les bâtiments jugés inutiles. Avec l'accord du pape, les moines en avaient été chassés en 1536. Ils reçurent en compensation l'église Saint-Jean : un chapitre y est créé dont ils sont devenus les 'chanoines', leur église devenant collégiale Saint-Bavon. En 1559, avec la réorganisation des structures ecclésiastiques dans les Pays-Bas, Gand est érigé en diocèse et la collégiale devient cathédrale Saint-Bavon.

En 1566, des iconoclastes détruisirent les vitraux offerts par Charles Quint, Marie de Hongrie et Philippe II.

Deux incendies successifs détruisirent la flèche ainsi qu'une partie du bâtiment en 1628 et 1640.