La més antiga menció d'aquesta catedral del comtat de Flandes es remunta al segle x. Transmarius, bisbe de Tournai i de Noyon, va fer crear en aquest indret una capella que portava llavors el nom d'església de Saint-Jean. Al segle xiii, l'església va ser renovada i ampliada; s'hi va afegir una església a sobre i capelles laterals; esdevingué cripta l'església originària. El cor va ser completat amb una volta en fusta i es va afegir una torre oest a l'edifici gòtic. El 1543, es va posar a l'església una fletxa. La catedral de Sant Bavó porta aquest nom des de 1540. En aquella època, Carles I, nascut a Gant, va prendre una sèrie de mesures repressives a la ciutat que s'havia rebel·lat contra l'impost de guerra aixecat per l'emperador. Entre aquestes mesures estava prevista la construcció d'una ciutadella per tal de vigilar la ciutat: aquests treballs van ser confiats a Adrien de Croy.

Va escollir l'emplaçament de l'abadia de Sant Bavó, que va arrasar en gran part malgrat les vanes súpliques dels frares. El capítol va ser llavors traslladat a l'església de Saint-Jean, que va ser rebatejada amb l'advocació de sant Bavó.

No va ser fins al 1559 que l'església va ser escollida pel papa com a església episcopal de Gant i es va convertir en catedral.

El 1566, els iconoclastes van destruir les vidrieres ofertes per Carles I, Maria d'Habsburg i Felip II.

Dos incendis successius van destruir la fletxa, així com una part de l'edifici, el 1628 i 1640.