המבנה מבוסס על קפלת יוחנן המטביל, שנבנתה מעץ. היא נחנכה על ידי טרנסמארוס, בישוף טורנה ונואיון. שרידים מהמבנה המקורי נמצאים בקריפטה מ-942.

הקפלה הורחבה בסגנון רומנסקי ב-1038 ושרידים לכך נמצאים בקריפטה.

במהלך המאה ה-14 ועד המאה ה-16 הורחבה הקתדרלה באופן רציף, בסגנון הגותי. בית מקהלה חדש ושווה נוספו למבנה, הטרנספט הורחב, נבנה בית מועצה לכנסייה וספינות משניות. כמו כן, נבנה מגדל יחיד במרכז חזית המבנה. עבודות אלה על הכנסייה הושלמו ב-7 ביוני 1569.

ב-1539, כתוצאה ממרד נגד קרל החמישי, קיסר הקיסרות הרומית הקדושה, פורק מנזר באוו הקדוש. אב המנזר והנזירים הפכו לקאנונים במועצת הכנסייה, שהוקדשה לבאוו הקדוש. כאשר הוקמה הדיוקסיה של גנט ב-1559 הפכה הכנסייה לקתדרלה. בכנסייה הוטבל גם הקיסר קרל החמישי.

הקתדרלה ידועה בזכות יצירות האמנות שלה, בהן ציור המזבח בקפלת Joost Vijd הידוע כ"הערצת השה" מאת הוברט ואן אייק ויאן ואן אייק. ציור זה נחשב ליצירת מופת של ואן אייק וכאחד מהיצירות החשובות ביותר ברנסאנס של ארצות השפלה. בקתדרלה נמצאת גם יצירת האמנות "באוו הקדוש נכנס למנזר גנט" מאת פטר פאול רובנס. יצירות המזבח נבזזו במלחמת העולם השנייה על ידי הנאצים והוחזרו בידי צוות אנשי המונומנטים[1].