Con l'unificazione territoriale avvenuta sotto la I dinastia[N 1], si rese necessaria la scelta di una nuova capitale che i re meridionali, venuti dall'Alto Egitto, decisero di creare alla confluenza del Nilo con l'estesa area del Delta. Alla fine della II dinastia tale città sarà nota come Ineb Hedj, ovvero "il Muro Bianco", che i greci denomineranno Menfi [N 2]

Necessitando, in assonanza di quanto praticato nella terra d’origine, di creare un’area da destinare a necropoli ai margini della città, venne scelta, come area della necropoli reale, Saqqara (a circa 30 km) ove, direttamente derivanti dal tumulo primordiale[1] e dalle pietre sovrapposte a protezione delle sepolture più antiche, furono ideate strutture più squadrate ed architettonicamente più definite, complesse e monumentali: le mastabe [N 3]. Queste, di forma tronco-piramidale, al pari dei tumuli di pietre, di fatto proteggevano sepolture sotterranee ed erano, in origine, prive di locali interni[N 4][2]. Esternamente le mastabe erano caratterizzate da un'altezza media di circa 6 m, con pareti a "rientranze e sporgenze" in mattoni cotti al sole[2] che ricordavano la cosiddetta facciata di palazzo, rivestite di latte di calce, ad imitazione di stuoie e tende policrome in tessuto[1].

Con il collasso del potere centrale e la fine dell'Antico Regno, Saqqara perderà la sua popolarità; purtuttavia anche nel Primo Periodo Intermedio non mancheranno sepolture reali caratterizzate da una cappella con falsa porta fiancheggiata da mura decorate a rilievo. La rilevanza della necropoli di Saqqara verrà confermata anche nel Nuovo Regno quando, nonostante il trasferimento della capitale a Tebe e, per una breve parentesi, ad Akhetaton, qui verranno ancora realizzate tombe per funzionari della Corte[N 5]. Durante la XIX dinastia, sotto Ramses II qui verranno realizzate le necropoli degli animali sacri quali immagini viventi degli dei: i babbuini per Thot, i tori Api, i cani per Anubi, i gatti per la dea Bastet.

Sebbene successivamente sostituita dalla necropoli reale di Giza e in seguito, con la XVIII dinastia, da quella della Valle dei Re presso Tebe, rimase un'importante località di seppellimento e culto per più di 3 000 anni fino al periodo Tolemaico e all'occupazione romana.

Nel ventennio 1936-1956, sotto la guida dell'egittologo britannico Walter Bryan Emery [N 6] vennero scavate numerose mastabe di Saqqara riscontrando che, alcune di esse, presentavano riferimenti a re della I e II dinastia di cui erano già note le tombe ad Abido[3]: questo fece supporre che le mastabe di Saqqara, località legata territorialmente alla nuova capitale, fossero in realtà cenotafi delle sepolture autentiche di Abido o viceversa[4] considerando, peraltro, che tale seconda località era intimamente connessa al culto del dio dei morti Osiride.

 Planimetria del sito di Saqqara

Le più antiche sepolture di nobili risalgono alla I dinastia ma è solo con la II dinastia che compaiono sepolture reali tra cui quelle di Hotepsekhemwy e Ninetjer.

 La colossale statua di Ramses II nel 1927

Il sito ospita anche alcune dozzine di piramidi accessorie, di regine e principi reali, in vari stati di conservazione. Quella di Unis, faraone della V dinastia, posta a sud della piramide a gradoni, ospita il più antico esempio di Testi delle piramidi considerati i precursori del Libro dei morti del Nuovo Regno.
Saqqara ospita anche un grande numero di tombe a mastaba che, essendo stati i complessi funerari coperti dalla sabbia per quasi due millenni, si sono preservate intatte sia nelle strutture esterne che nelle decorazioni interne. Particolare importanza è offerta, per lo studio della storia dell'Egitto, da un dipinto, scoperto nel 1861 in una tomba risalente al Nuovo Regno, in cui sono elencati i cartigli di cinquantasette sovrani dai quali afferma di discendere Ramses II. Cinquantadue di tali nomi sono tuttora leggibili e costituiscono la Lista reale di Saqqara.

Mentre la maggior parte delle sepolture risale comunque all'Antico Regno, è di particolare interesse la presenza della tomba del generale Horemheb, ultimo sovrano della XVIII dinastia, realizzata a Saqqara prima della sua ascesa al trono.
Ulteriore monumento di rilevante importanza è il Serapeo: una galleria di enormi tombe, tagliata nella roccia, che avrebbero dovuto conservare i corpi mummificati di ben 64 tori Api, adorati a Menfi come personificazione del dio Ptah.[5] Scoperte nel novembre del 1851 da Auguste Mariette, le tombe si sono rivelate vuote; si è ipotizzato un saccheggiamento già nell'antichità, ma l'ipotesi è poco credibile vista la pesantezza delle lastre di copertura difficilmente rimovibili.[6] Fu ritrovata una sola camera intatta, murata nel trentesimo anno del regno di Ramses II.[7]

Nei pressi del Serapeo si trova un gruppo di statue di epoca tolemaica conosciute come il Circolo dei filosofi, queste, erette da Tolomeo I, comprendono immagini di grandi poeti e pensatori greci: Esiodo, Omero, Pindaro, Platone, Protagora ed erano verosimilmente posizionate nei pressi di un tempio di cui non resta traccia.

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