Il primo nucleo della raccolta museale risale alla collezione del nobile perugino Francesco Filippo Friggeri, donata alla città nel 1790 ed esposta nel Palazzo dei Priori; nel secolo successivo, grazie all'attività dell'archeologo Giovan Battista Vermiglioli (1769-1848), le collezioni furono ulteriormente incrementate e si arricchirono di importanti materiali etruschi provenienti dalle necropoli perugine e dal territorio circostante. La raccolta museale iniziò a costituirsi in questo periodo a cura del Comune e dell'Università: i materiali dei Musei Civici furono esposti nel Convento di Montemorcino, allora sede dello Studium cittadino. I successori di Vermiglioli sulla cattedra di Archeologia e alla guida dei Musei Civici, Ariodante Fabretti (1846-1849), Giancarlo Conestabile (1850-1877), Giovan Battista Rossi Scotti (1877-1885), Luigi Carattoli (1885-1894), contribuirono alla crescita del museo con materiali degli scavi e con l'acquisizione di alcune collezioni private, tra cui quella di Mariano Guardabassi[1].

Dopo un periodo di attività di una commissione istituita per l'ordinamento del Museo, la direzione fu affidata a Giuseppe Bellucci. Alla sua morte, nel 1921, la sua ricchissima collezione privata, costituita da materiale preistorico e protostorico proveniente da varie località dell'Italia centrale, fu acquistata col concorso dello Stato, della Provincia e del Comune di Perugia. Nel 1948 tutta la raccolta archeologica dei Musei Civici, conservata in varie sedi, fu trasferita e ordinata nel convento di San Domenico. Dal 1925 al 1958 la direzione del museo fu tenuta da Umberto Calzoni, che arricchì le collezioni del materiale preistorico e protostorico proveniente dalle sue ricerche in Umbria e soprattutto sulla montagna di Cetona[2], in Toscana.

Nel 1957 le collezioni archeologiche dei Musei Civici furono donate dal Comune allo Stato, che subentrò nella direzione del Museo dal 1960. A seguito delle ricerche e degli scavi compiuti negli anni recenti, soprattutto dopo l'istituzione, nel 1964, della Soprintendenza alle Antichità dell'Umbria (poi Soprintendenza per i Beni Archeologici dell'Umbria[3]), sono entrati nel Museo molti reperti provenienti sia da ritrovamenti fortuiti sia, soprattutto, da scavi scientifici. Attualmente, il patrimonio del Museo Archeologico Nazionale dell'Umbria si compone di una serie di nuclei collezionistici storici e dei reperti rinvenuti nel territorio regionale nel corso dell'attività di ricerca e tutela svolta dalla Soprintendenza per i Beni Archeologici dell'Umbria.