Civita venne fondata 2500 anni fa dagli Etruschi. Sorge su una delle più antiche vie d'Italia, congiungente il Tevere (allora grande via di navigazione dell'Italia centrale) e il lago di Bolsena.

All'antico abitato di Civita si accedeva mediante cinque porte, mentre oggi la porta di Santa Maria o della Cava, ne rappresenta quella principale, inoltre è possibile accedere a Civita dalla valle dei calanchi attraverso una galleria scavata nella roccia. La struttura urbanistica dell'intero abitato è di origine etrusca, costituita da cardi e decumani secondo l'uso etrusco e poi romano, mentre l'intero rivestimento architettonico risulta medioevale e rinascimentale. Numerose sono le testimonianze della fase etrusca di Civita, specialmente nella zona detta di San Francesco vecchio; infatti nella rupe sottostante il belvedere di San Francesco vecchio è stata ritrovata una piccola necropoli etrusca. Anche la grotta di San Bonaventura, nella quale si dice che san Francesco risanò il piccolo Giovanni Fidanza, che divenne poi san Bonaventura, è in realtà una tomba a camera etrusca. Gli Etruschi fecero di Civita (di cui non conosciamo l'antico nome) una fiorente città, favorita dalla posizione strategica per il commercio, grazie alla vicinanza con le più importanti vie di comunicazione del tempo.

Del periodo etrusco rimangono molte testimonianze: di particolare suggestione è il cosiddetto "Bucaione", un profondo tunnel che incide la parte più bassa dell'abitato, e che permette l'accesso, direttamente dal paese, alla valle dei calanchi. In passato erano inoltre visibili molte tombe a camera, scavate alla base della rupe di Civita e delle altre pareti di tufo limitrofe che, nel corso dei secoli, furono in gran parte fagocitate dalle innumerevoli frane. Del resto, già gli stessi Etruschi dovettero far fronte ai problemi di sismicità e di instabilità dell'area, che nel 280 a.C. si concretarono in scosse telluriche e smottamenti. All'arrivo dei Romani, nel 265 a.C., furono riprese le imponenti opere di canalizzazione delle acque piovane e di contenimento dei torrenti avviate dagli Etruschi.

Come detto sopra, il problema dell'erosione era già all'epoca degli Etruschi molto importante. Quindi misero in atto alcune opere che avevano il preciso scopo di proteggere Civita dai terremoti e dagli smottamenti, arginando fiumi e costruendo canali di scolo per il corretto deflusso delle acque piovane.}} I Romani ripresero le opere dei loro predecessori, ma dopo di loro queste furono trascurate e il territorio ebbe un rapido degrado che portò, infine, all'abbandono della Civita.