La località è citata dalle cronache medievali per essere quella in cui, nel 1218, San Francesco costruì una capanna nel punto in cui aveva piantato una rosa e un alloro e da cui era sgorgata miracolosamente una fontana. La capanna fu realizzata con una pianta palustre di nome Scarza, da cui deriverebbe il nome Scarzuola. Successivamente, per ricordare l'avvenimento, i conti di Marsciano vi fecero costruire una chiesa e successivamente un convento, entrambi affidati ai Frati Minori, che vi rimasero fino agli ultimi anni del Settecento, quando ne presero possesso i marchesi Misciatelli di Orvieto.[senza fonte] La chiesa divenne così, a partire dal 1243 e per quasi sette secoli, patronato e luogo privilegiato di sepoltura dei conti di Marsciano e delle loro mogli, tanto che qui vennero tumulati una novantina di membri, fino al 1820, anno in cui venne qui sepolto il conte Francesco di Marsciano, ultimo dei Marsciano che riposano alla Scarzuola.[1].

Nella seconda metà del Novecento, più precisamente nel dicembre 1957, l'architetto milanese Tomaso Buzzi acquisì la proprietà dell'intero complesso, creandovi accanto una "città ideale" che lo rappresentasse, una vera e propria allegoria escatologica dell'esistenza, adottando il linguaggio ermetico caratteristico dell'aristocrazia massonica del Settecento.