Lo stesso argomento in dettaglio: Storia dell'Uzbekistan.

I territori dell'attuale Uzbekistan furono compresi nelle satrapie di Sogdiana e Corasmia dell'impero achemenide, fino alla conquista di Alessandro Magno. Successivamente la regione entrò a far parte degli Stati Partico e sasanide. Nel Medioevo emerge per la prima volta l'elemento turco con la potenza qaraqanide (IX-XII secolo), che si rafforzerà dall'XI secolo a spese del regno persiano dei Samanidi. Questa verrà poi soppiantata dai Mongoli all'inizio del XIII secolo, che fonderanno il regno centroasiatico del Chagatay, peraltro rapidamente turchizzandosi nella lingua e nei costumi. Successivamente, con l'emergere della figura di Tamerlano che si riproponeva di rinnovare i fasti e le conquiste di Gengis Khan, Samarcanda diverrà uno dei grandi centri della civiltà timuride e dell'Asia Centrale musulmana.

Dal XVI secolo, con la dinastia di origine mongola degli Shaybanidi il paese comincia a chiamarsi Uzbekistan e nella seconda metà del secolo la capitale viene spostata a Bukhara. Emergono successivamente due formazioni destinate a durare tra alterne vicende fino alla metà del XIX secolo: il Khanato di Khiva e il Khanato di Bukhara, spesso in conflitto tra loro, e dal Settecento si formerà, più a est, il Khanato di Kokand. La regione fu per tutta l'epoca dell'Impero Safavide (XVI secolo - metà del XVIII secolo) al centro di conflitti sia con i sovrani persiani che, più tardi, con la nascente potenza russa. Nel XIX secolo, l'impero russo cominciò la sua espansione nell'Asia centrale; ma a differenza di altri territori turchi centroasiatici (Kazakistan, Kirghizistan), Khiva e Bukhara non vennero subito annesse, bensì divennero emirati vassalli della Corona Zarista.

Sullo sfondo è il periodo del "Grande gioco", ovvero del confronto geopolitico e militare tra Impero russo e Impero britannico, che si fa solitamente iniziare nel 1813 e finire con la convenzione anglo-russa del 1907. All'inizio del XIX secolo circa 2000 miglia separavano l'India britannica e le regioni periferiche della Russia zarista. Gran parte di quelle terre non erano neanche tracciate sulle mappe. Dopo la rivoluzione bolscevica del 1917 seguì una seconda fase dei rapporti con la Russia, con la creazione, dopo varie complesse vicende, della Repubblica bolscevica di Bukhara. In seguito, nonostante alcune prime resistenze ai bolscevichi, l'Uzbekistan entrò a far parte dell'Unione Sovietica.

Il 1º settembre 1991 l'Uzbekistan, seppur riluttante, dichiarò l'indipendenza. Mentre le tre repubbliche baltiche guidarono la battaglia per l'indipendenza, quelli dell'Asia centrale ne ebbero timore. "Le forze indipendentiste che spingevano per la separazione dall'Unione (Sovietica) erano molto deboli in Asia centrale. Dopo il tentativo di colpo di Stato dell'agosto 1991, tutte le nazioni dell'Asia centrale ritennero che l'Unione fosse qualcosa da preservare", scrisse Michael McFaul nella sua "Russia's Unfinished Revolution"[senza fonte]. Il 30 Luglio 2004 si verificarono gli Attentati alle ambasciate di Tashkent. Il 13 maggio 2005, violente dimostrazioni di protesta scoppiarono nella città di Andijan, nella regione di Ferghana, in seguito alle azioni di antiterrorismo del governo, che portarono all'arresto di 23 cittadini accusati di essere integralisti islamici. In seguito ai tumulti i soldati spararono sulla folla uccidendo molte centinaia di persone (meno di 200 secondo le fonti ufficiali)[1][2]. I dimostranti per ritorsione presero in ostaggio 30 persone. Nello stesso giorno a Taškent, un sospetto kamikaze venne colpito ed ucciso all'esterno dell'ambasciata d'Israele. La repressione del presidente Islom Karimov, poi estesa, si ritiene che abbia provocato anche altre vittime, non conteggiate negli elenchi ufficiali. In seguito alla repressione si ritiene che comunque i capi più importanti della rivolta "islamista" siano fuggiti ed abbiano trovato rifugio in Afghanistan, dove è stata segnalata la loro presenza nella regione del Vaziristan pakistano.