L'ultimo khan di Bukhara, spodestato dai bolscevichi nel 1920, viveva nell'Ark.

L'Ark venne costruita sui resti di strutture precedenti, che costituiscono uno strato di una ventina di metri di profondità sotto l'arco di base, gli strati indicano che le fortezze precedenti erano state costruite e distrutte sul sito.

Il primo riferimento conosciuto per l'Ark è contenuto nella "Storia di Bukhara" di Abubakra di Narshakhi (899-960). Abubakra ha scritto "Biden, il sovrano di Bukhara, costruì questa fortezza, ma ben presto venne distrutta. Molte volte è stata ricostruita, più volte distrutta." Abubakra dice che quando l'ultimo sovrano per ricostruire chiese consiglio ai suoi saggi, essi gli suggerirono di costruire la fortezza attorno a sette punti, che si trovano nello stesso rapporto tra loro come le stelle della costellazione dell'Orsa Maggiore. Così costruita, la fortezza non fu mai più distrutta.[1]

 Mura dell'Ark

L'età dell'Ark non è stata stabilita con precisione, ma dal 500 d.C. era già la residenza dei governanti locali. Qui, nella solidità della cittadella, hanno vissuto gli emiri, il loro gran visir, i capi militari e numerosi servitori.

Quando i soldati di Gengis Khan hanno preso Bukhara, gli abitanti della città hanno trovato rifugio nell'Ark, ma i conquistatori hanno fracassato le difese e saccheggiato la fortezza.

Nel Medioevo nella fortezza lavorarono Rudaki, Ferdowsi, Avicenna, al-Farabi, e più tardi Omar Khayyam. Anche qui è stata mantenuta una grande biblioteca, di cui Avicenna ha scritto:

Molto probabilmente, la biblioteca è stata distrutta in seguito una delle conquiste di Bukhara.

Durante la guerra civile russa, l'Ark è stata notevolmente danneggiata dalle truppe dell'Armata Rossa sotto il comando di Michail Frunze durante la battaglia di Bukhara del 1920. Frunze ordinò il bombardamento aereo dell'Ark, che ha lasciato una grande parte della struttura in rovina. Vi è anche ragione di credere che l'ultimo emiro, Alim Khan (1880-1944), che fuggì in Afghanistan con il tesoro reale, abbia ordinato di far saltare in aria l'Ark in modo che i suoi luoghi segreti (in particolare l'harem) non potessero essere profanati dai bolscevichi.