Samarcanda è una delle più antiche città del mondo, che ha prosperato per la sua posizione lungo la Via della seta, la maggiore via commerciale di terra tra Cina ed Europa. Un tempo Samarcanda fu la città più ricca dell'Asia centrale e per la maggior parte della sua storia fece parte del Primo impero Persiano. Fondata tra il VII e il V secolo a.C.[1], Samarcanda era già capitale della satrapia della Sogdiana sotto gli Achemenidi di Persia quando Alessandro Magno (nella cultura persiana noto come Iskander Khan) la conquistò nel 329 a.C. Sotto i Sasanidi, Samarcanda rifiorì e diventò una delle città maggiori del loro Impero.

Dal VI al XIII secolo la popolazione si espanse e divenne più popolosa anche della moderna Samarcanda. In quegli anni la città conobbe l'invasione araba (che portò il suo alfabeto e convertì all'Islam la sua popolazione), quella dei Persiani e di diverse successive dinastie turche, che ne fecero una delle città più ricche di tutto il mondo islamico. Fu saccheggiata nell'anno 1220 dai Mongoli e sopravvisse solo una minima parte della popolazione, che dovette affrontare anche un sacco successivo, condotto da un altro condottiero mongolo: Barak Khan. La città impiegò decenni per ristabilirsi da quei disastri.

Qui passò anche Marco Polo, che così descrisse la città:

Nel 1370 Tamerlano decise di abbellire Samarcanda e usarla come capitale dell'impero timuride che avrebbe costruito e che si sarebbe esteso dall'India alla Turchia. Per 35 anni la città fu ricostruita e fu piena di cantieri, con artigiani e architetti provenienti dalle parti più disparate dell'Impero timuride. Tamerlano fece così sviluppare la città, che divenne il centro della regione chiamata in Occidente Transoxiana e, similmente, dagli Arabi, per i quali era Mā warāʾ al-Nahr, «Ciò che è al di là del fiume Oxus».

Suo nipote Uluğ Bek governò il paese e la sua capitale per 40 anni. Creò varie scuole attente allo studio delle scienze, della matematica e dell'astronomia. Ordinò anche la costruzione di un grande osservatorio, di cui restano imponenti tracce.

Nel XVI secolo gli Uzbeki spostarono la capitale a Bukhara e Samarcanda iniziò un lento declino. Dopo l'assalto dei Persiani guidati da Nadir Shah, la città fu abbandonata nel XVIII secolo. L'emiro di Bukhara tentò di ripopolare la città alla fine di quel secolo.

Nel 1868, la città divenne parte dell'Impero russo, essendo stata conquistata dal colonnello A.K. Abramov, nonostante il contrattacco da parte di forze guidate da Abdul Malik Tura, figlio dell'emiro di Bukhara, e dal Bek di Shahrisabz. Abramov divenne il primo governatore militare della città di Okrug che i Russi scelsero come capitale amministrativa della zona. La città divenne successivamente capitale del Turkestan russo e venne raggiunta dalla ferrovia transcaspica nel 1888. Divenne capitale della Repubblica Socialista Sovietica Uzbeka dal 1925 fino al 1930.

La città è reclamata dai nazionalisti tagiki che, oltre a essere maggioranza nel luogo, vorrebbero che essa tornasse a far parte del Tagikistan, al quale dicono essa apparterrebbe storicamente[2].