מלזיה יושבה עוד בתקופה הפרה-היסטורית. במאה ה-14 כבשו המוסלמים את מלזיה והשליטו את דתם בארץ. ב-1511 כבשו הפורטוגלים את מלאקה וב-1641 נכבשה מלאקה בידי ההולנדים. במאות ה-18 וה-19 החלה בריטניה אט אט לבסס את שליטתה במלזיה וב-1914 שלטה במדינה כולה שכללה בזמנה גם את סינגפור. כלכלתה של מלזיה החלה לצמוח הודות למטעי הגומי הרבים ולמכרות הבדיל. מהגרים רבים ממדינות שכנות (בעיקר סין והודו) החלו לחפש את פרנסתם במלזיה.

במלחמת העולם השנייה נכבשה מלזיה על ידי יפן ולאחר המלחמה שבה להיות תחת מרות בריטית עד שנת 1957 שבה זכתה לעצמאות מלאה. בשנת 1963 התאחדה המדינה, שעד אז נקראה פדרציית מלאיה, עם סינגפור ועם מדינות סבה וסראוואק שבצפון האי בורנאו והפכה לפדרציה אחת תחת השם מלזיה. ב-1965 התנתקה סינגפור ממלזיה על רקע סכסוך אתני בין הסינים וההודים שבתחומה לבין המלאים. אינדונזיה נלחמה נגד מלזיה על רקע רצון הבריטים לספח את סבה ואת סראוואק אל מלזיה, אך בזכות עמידתם האיתנה ושיתוף פעולה עם הבריטים נחתם הסכם שלום בין המדינות ב-11 באוגוסט 1966 והיא הכירה בעצמאותה המדינית המלאה.