Nos séculos VII e VI a.C. pertencía á anfictionía chamada "dos Minias", cuxo emprazamento estaba situado na illa de Calauria.[1] A finais do século VI estaba gobernada polo tirano Procles, que deu a súa filla Melisa en matrimonio a Periandro, tirano de Corinto.[2] Periandro atacou Epidauro e fixo prisioneiro a Procles conquistando a cidade. Despois da tiranía volveu a oligarquía.

En época histórica, oligarcas dóricos continuaban sendo os dirixentes da cidade, que era unha das principais cidades comerciais do Peloponeso, e colonizou Exina que, durante moito tempo foi unha dependencia súa. Tamén colonizou Cos, Calimnos (Calidnos) e Nisiros, pero cando o comercio creceu, Exina aumentou a súa importancia e suplantou á metrópole no século VI a.C.

 

Estadio de Epidauro.

Epidauro foi sempre fiel aliada de Esparta mentres que coa súa metrópole, [[Argos (Grecia|Argos), rompeu relacións despois da instauración nesta cidade da democracia. A cidade de Epidauro estaba gobernada por artinos (artynae) que presidían un Consello de 180 membros; os habitantes orixinais non dorios eran os konípodes, que traballaban a terra para os seus amos dorios, pero non eran escravos.

Nas Guerras Médicas a cidade enviou oito naves á Batalla de Artemisio, 800 homes á Platea e 10 barcos á Salamina. Ao acabar a guerra, Salamina aliouse con Esparta e entrou na Liga do Peloponeso, contra Atenas e a confederación de Delos. Tomou parte no "asunto de Corcira" e proporcionou trirremes a Corinto. Epidauro constituíu un punto neurálxico do enfrontamento entre Atenas e Esparta.

No 419 a.C., durante a Guerra do Peloponeso, os arxivos intentaron conquistar a cidade, pero foron rexeitados.

Na época clásica, Epidauro gozou dun gran renome grazas ao seu santuario consagrado a Asclepio, onde se practicaba a medicina pola interpretación dos soños. Comprendía varios edificios públicos, entre os cales había un gran templo construído no século IV a.C. En honor de Asclepio organizábanse as Asklepieia, Xogos Panhelénicos pentétericos que comprendían carreiras de cabalos e, a partir do século IV, concursos de poesía. O culto de Asclepio tivo o seu apoxeo na época helenística.

En 243 a.C. Epidauro reuniu á Liga Aquea. No verán do 225 a.C. foi tomada por Cleómenes III, rei de Esparta.[3] E converteuse en aliada de Roma.

Baixo dominio romano perdera toda importancia e era practicamente o porto do templo de Asclepio. Pausanias dá unha lista dos seus edificios principais: o templo de Atenea Cisea na acrópole, o templo de Dioniso, o de Artemisa, o de Afrodita e, por suposto, o de Asclepio, nas aforas; e o de Hera no porto,[4] probabelmente no actual Cabo Nicolau.

Na cidade había tamén ximnasio, palestra, teatro, construído aproveitando a vertente dunha montaña, cun diámetro de 112 metros e 32 filas de asentos na parte baixa, 20 na parte central e 24 na superior, con capacidade para 12.000 espectadores, e o proscenio.

Escipión Emiliano visitouna en 168 - 167 a.C., na mesma época que outros grandes lugares do helenismo, como Atenas, Delfos e Olimpia.[5] En 87 a.C., foi arrasada por Sila, que saqueou o tesouro do templo.

A última mención de Epidauro remóntase ao século VI, no Synekdemos de Hierocles, unha obra que describe as divisións administrativas do Imperio bizantino.