La mer Morte s'est déjà complètement asséchée il y a environ 120 000 ans (une période interglaciaire chaude et sèche qui a suivi la glaciation de Riss, troisième glaciation de l'ère quaternaire). De petits cailloux arrondis tels que ceux présents le long de ses rives, ont été trouvés lors d'un forage à 235 m de profondeur au centre de cette mer. Immédiatement sous ces petits galets, se trouve une couche de sel de 45 mètres d'épaisseur. L'association galets ronds et couche de sel permet de conclure à cet assèchement total, et de rendre plus probable un prochain assèchement de la mer Morte dont le niveau baisse de 70 cm par an depuis que le Jourdain est largement détourné pour l'irrigation[1].

La baisse de la pluviométrie, amorcée il y a 40 000 ans environ, a entraîné, en raison d’une très forte évaporation, une régression du lac et une augmentation constante de sa salinité.

La carte de Madaba qui date du VIe siècle montre une mer Morte sans langue de terre, sur laquelle voguent deux bateaux, tous détails qui pourraient montrer des conditions moins difficiles[2].

Comme la mer d'Aral et le lac Tchad, la mer Morte a perdu, ces cinquante dernières années, le tiers de sa superficie. Le dessèchement est tel qu’une large bande de terre craquelée la scinde désormais en deux bassins distincts. La cause essentielle en est l’assèchement du Jourdain, l'une de ses sources d’eau douce avec les bassins versant du désert de Judée et de son vis-à-vis jordanien. Une autre cause majeure est l’évaporation de volumes importants d’eau par les usines de production de sel de la mer Morte. Elles seraient responsables de l’évaporation de 300 millions de mètres cubes d’eau par an[réf. nécessaire].

La réduction de la superficie de la mer Morte se poursuit jour après jour, et crée à terme un risque écologique, économique et géostratégique dans la région.

En 1837, Gotthilf Heinrich von Schubert est le premier, avec son compagnon de voyage Johannes Roth, à relever que le niveau de la mer Morte est de plusieurs centaines de mètres au-dessous de celui de la Méditerranée[3].