La mosquée Malindi est une mosquée de Stone Town, Zanzibar, Tanzanie, située près du port. Il date des années 1830 mais a peut-être été construit sur le site d'une ancienne mosquée qui aurait pu remonter au 17ème siècle ou avant. Certains guides de voyage revendiquent une origine au XVe siècle.

La mosquée actuelle a été construite en 1834-1835/1250 AH par Muhammad ben Abdulkadir al-Mansaby de la côte de Benadir en Somalie. Il était un riche marchand à Zanzibar des années 1820 aux années 1840. Le bâtiment a été agrandi deux fois en 1841 et 1890.

Il présente des caractéristiques architecturales inhabituelles, notamment un minaret en forme de cône (l'un des trois minarets de cette forme en Afrique de l'Est) et une plate-forme carrée.