Une chapelle en ruines, sur la plus grande île du loch, est pensée être la première demeure de saint Finan, un maître de saint Columba, sur le sol écossais.

Plus tard, en 1140, c'est à Acharacle, au sud du loch, que Somerled a vaincu les envahisseurs Vikings ; cette victoire lui a permis de fonder la dynastie des Seigneurs des Îles. Le loch Sheil a conservé une importance stratégique durant de nombreux siècles ; son étendue faisait en effet de lui une route de communication au travers des montagnes, et la rivière Sheil, aisément navigable, offrait un accès à la mer. Ainsi, en 1745, le prince Charles Édouard Stuart, ayant débarqué à Moidart, remonta depuis la mer en bateau afin de dresser son étendard à Glenfinnan, à l'extrémité nord du loch.